| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,076,094 | T→G | 12.9% | intergenic (‑42/+32) | PP_2685 ← / ← PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,076,094 | 0 | T | G | 12.9% | 67.8 / 3.3 | 30 | intergenic (‑42/+32) | PP_2685/PP_2686 | hypothetical protein/transglutaminase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/12); new base G (2/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
AACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGT > NC_002947/3075949‑3076238 | aacaacTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGTCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTcgc > 5:189959/1‑149 (MQ=255) cTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGTCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGc < 6:189959/149‑1 (MQ=255) ttGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGc > 1:242714/1‑148 (MQ=255) gTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGa < 6:275917/149‑1 (MQ=255) gTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGa > 5:316962/1‑149 (MQ=255) tGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAg < 2:242714/149‑1 (MQ=255) ggCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCAAGAccc < 4:252163/126‑2 (MQ=255) ggCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCGCGAGTGCGGCAAGAccc > 3:252163/1‑125 (MQ=255) gAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTgg < 8:278525/136‑1 (MQ=255) gAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTgg > 7:278525/1‑136 (MQ=255) atgaAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGACGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCt > 7:146090/1‑149 (MQ=255) gcaGACAACCCCGTCCTCCCGGTGCCGGGCGCCACAGGAAGTCATGGCGATCCCCTCGG‑GTTGCGTGCGGAAGGCCCTAGCCGCCCGCCCGCGGCAAGACCGGGCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGc < 8:61978/147‑1 (MQ=255) aaGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTTCCGCACACGCCCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTATGTCACTGGCGATGAACGTGAACGCTGGCCAGCATAGaa > 1:158392/1‑148 (MQ=255) aaGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGAt > 2:120852/1‑149 (MQ=255) aaGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGAt > 2:179108/1‑149 (MQ=255) gCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGt < 4:173305/96‑1 (MQ=255) gCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGt > 3:173305/1‑96 (MQ=255) cAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGcgccgccg > 7:177379/1‑149 (MQ=255) cATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCcgcg < 6:316962/148‑1 (MQ=255) gCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTa < 1:120852/149‑1 (MQ=255) 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gAAGGGTCTTGCCGCACTCTCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCAcc < 2:158392/149‑1 (MQ=255) tCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGa < 8:186903/79‑1 (MQ=255) ttGCCGCGCGAGTGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCtt > 3:182167/1‑149 (MQ=255) aaCTCGCCCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGACACTGGCCATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCCTACGCCCCTCACCGCGCAGACCTCAAGGAAGACCAGGCCCACCGCCAGCATCAgct > 2:99156/2‑146 (MQ=255) | AACAACTTGGTGAACGTGGAGATCTGGTCGATGCCGGCATTAGTGCGTGAGTCGCTGATGAAGACAAGCCCGTCCTCCAGGTGCATGGCGACACAGTAAGTCATGCGGTTTCCCTTGT‑GTTGCGTGTGGAAGGGTCTTGCCGCACTCGCGCGGCAAGACCGGTCTGAAGCCAGTCTGTCACTGGCGATGCACGTGAACGCTGGCCTGCATCGATTCGGCGCCGCCGCCGCGGCGTACGCCCCTGACCGGGCAGGCATCAAGGTAGTCCAGGCCCACCGCCAGCTTCAGGT > NC_002947/3075949‑3076238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |