| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 302,401 | G→C | 7.7% | S189T (AGT→ACT) | envZ → | osmolarity sensor protein EnvZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 302,401 | 0 | G | C | 7.7% | 203.1 / 6.0 | 65 | S189T (AGT→ACT) | envZ | osmolarity sensor protein EnvZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/28); new base C (2/3); total (34/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GCGTGGGCAGAAGATCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAGTTGATGCTGGCCGGGGTTTCCCACGACTTGCGCACGCCTC > NC_002947/302255‑302544 | gCGTTGGCAGAAGATCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGAGTTGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGTTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGTCCAGGGGCGCAgt < 2:207829/148‑1 (MQ=255) cGTGGGCAGAAGATCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAgtg < 2:256664/148‑1 (MQ=255) ggCAGAAGATCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTgcgc > 2:21880/1‑149 (MQ=255) gaagaTCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGc < 8:25340/149‑1 (MQ=255) gaagaTCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGc < 6:163656/149‑1 (MQ=255) agaTCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCACACTGCGcccctg < 6:53177/148‑5 (MQ=255) agaTCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTAGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCATAACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGcc < 1:249981/149‑1 (MQ=255) cTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGc < 8:233408/143‑1 (MQ=255) cTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGc > 7:233408/1‑143 (MQ=255) ggAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGCGCACACTGCGCCCCTggcc > 1:306730/1‑140 (MQ=255) ggAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGCGCACACTGCGCCCCTggcc < 2:306730/143‑4 (MQ=255) gAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCa < 5:135272/146‑1 (MQ=255) gAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAg < 2:165814/147‑1 (MQ=255) gAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGc > 6:221304/1‑148 (MQ=255) gAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGc < 1:21880/148‑1 (MQ=255) gTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTCGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGAGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGACGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATAc > 4:50637/1‑149 (MQ=255) tgggctggTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGAGGCGCACACTGCGcccctgg < 5:279029/134‑6 (MQ=255) tgggctggTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGAGGCGCACACTGCGcccctgg > 6:279029/1‑129 (MQ=255) ggctggTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATAc < 5:93704/143‑1 (MQ=255) ggctggTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATAc > 6:93704/1‑143 (MQ=255) gTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCgag < 5:221304/148‑1 (MQ=255) tCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGAt > 1:284337/1‑148 (MQ=255) cTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGAc > 4:101643/1‑149 (MQ=255) cTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGAATTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGAc > 1:58551/1‑149 (MQ=255) gCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCg < 3:101643/148‑1 (MQ=255) cATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGACGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAgg > 8:123527/1‑149 (MQ=255) aTTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGgt > 3:252031/1‑149 (MQ=255) ttgttgTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCTGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTAc > 6:297584/1‑147 (MQ=255) ttgttgTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTAc > 8:285771/1‑147 (MQ=255) gtCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGt > 1:113622/1‑149 (MQ=255) gtCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGt > 8:282110/1‑149 (MQ=255) tCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGt < 4:252031/148‑1 (MQ=255) ccGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAAc < 5:68255/149‑1 (MQ=255) ccGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAAc > 5:213848/1‑149 (MQ=255) ggCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATgg > 8:99865/1‑149 (MQ=255) ggCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATg < 6:213848/148‑1 (MQ=255) gATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAgg < 2:284337/149‑1 (MQ=255) tttttGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGAt < 2:58551/149‑1 (MQ=255) tttGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATg < 3:50637/148‑1 (MQ=255) tGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCAGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATCACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTc > 3:292433/1‑148 (MQ=255) gTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑TACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCTTCTTGGCCAGGTGAGGAGTGTGCGCCTGCCGTTCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACTAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCg < 4:292433/148‑1 (MQ=255) cGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCa < 7:282110/149‑1 (MQ=255) gTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGGGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGa < 1:10399/136‑1 (MQ=255) gTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGAGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGa > 2:10399/1‑136 (MQ=255) aGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAg > 1:302637/1‑104 (MQ=255) aGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAg < 2:302637/104‑1 (MQ=255) aGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGc < 7:285771/148‑1 (MQ=255) gCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCa > 1:255558/1‑119 (MQ=255) gCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCa < 2:255558/119‑1 (MQ=255) tCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCggg > 3:80949/1‑149 (MQ=255) cGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGt < 7:99865/149‑1 (MQ=255) tCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAg > 4:35991/1‑149 (MQ=255) 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ccAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAGTTGATGCTGGCCGGGGTTTCCCACGACTTGCGCa > 7:186908/1‑149 (MQ=255) gggCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAGTTGATGCTGGCCGGGGTTTCCCACGACTTGCGCACGc < 5:7179/148‑1 (MQ=255) gggCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAGTTGATGCTGGCCGGGGTTTCCCACGACTTGCGCACGc > 6:7179/1‑148 (MQ=255) gcgcAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAGTTGATGCTGGCCGGGGTTTCCCACGACTTGCGCACGCctc > 2:281576/1‑149 (MQ=255) | GCGTGGGCAGAAGATCTGGAACGTGCTGGGCTGGTTCCTGGCCATTGGCTTGTTGTCCACCGCCTCGGCGTGGATTTTTGTACGTCAGCTCAACCAGCCGCTCA‑AACGCTTGGTGTTCGCCGCCCGCCAGCTTGGCCAGGGGCGCAGTGTGCGCCTGCCGATCAGCGATACCCCCAGCGAGATGACCGAGGTGTACAAGGCGTTCAACCAGATGGCCGAGGATGTCGAGCAGGCCGGGCGCGAGCGTGAGTTGATGCTGGCCGGGGTTTCCCACGACTTGCGCACGCCTC > NC_002947/302255‑302544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |