Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,212,988 | T→A | 9.8% | L19M (TTG→ATG) | mexC → | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,212,988 | 0 | T | A | 9.8% | 137.3 / 5.8 | 51 | L19M (TTG→ATG) | mexC | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base A (2/3); total (27/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 |
AGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTG > NC_002947/3212845‑3213131 | atattCTTTTATTATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCAAGGCGATCGCCATGGc < 5:276657/144‑1 (MQ=255) agagTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCAAGGCGATCGCCATGGcc < 4:57761/149‑1 (MQ=255) agagTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCAAGGCGATCGCCATGGc > 3:57761/1‑148 (MQ=255) agagTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGAAAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGcc > 1:119354/1‑149 (MQ=255) gagTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCg > 6:84785/1‑149 (MQ=255) agTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCgg < 5:84785/149‑1 (MQ=255) agTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCgg > 7:219833/1‑149 (MQ=255) cTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCAAGGCGATCGCCATGGccaat > 4:155385/1‑144 (MQ=255) cTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCAAGGCGATCGCCATGGccaat < 3:155385/147‑4 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATAGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTAc > 1:233986/1‑149 (MQ=255) gCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg < 4:263992/148‑1 (MQ=255) gCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg > 7:149449/1‑148 (MQ=255) gCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTg < 8:111748/148‑1 (MQ=255) gCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCg > 2:259557/1‑149 (MQ=255) 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5:218198/120‑1 (MQ=255) ttGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCt > 6:218198/1‑120 (MQ=255) gATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAgg > 5:160879/1‑149 (MQ=255) tCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTg > 2:318971/1‑149 (MQ=255) | AGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAGCCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTG > NC_002947/3212845‑3213131 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |