Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,274,310 | T→A | 11.1% | I23N (ATC→AAC) | eamA → | O‑acetylserine/cysteine export transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,274,310 | 0 | T | A | 11.1% | 93.7 / 3.4 | 36 | I23N (ATC→AAC) | eamA | O‑acetylserine/cysteine export transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base A (2/2); total (18/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
AACTGTGCTGGTCCCTTCTCAAGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTGGGCCA > NC_002947/3274164‑3274457 | aaCTGTGCTGGTCCCTTCTCAAGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGtcatca < 7:190796/149‑1 (MQ=255) tCCCTTCTCAAGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGTCCTc < 4:67714/149‑1 (MQ=255) ccTTCTCAAGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGa < 8:232420/149‑1 (MQ=255) ttCTCAAGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACg > 1:210182/1‑149 (MQ=255) aaGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCt < 7:58495/148‑1 (MQ=255) aaCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCt < 4:307801/128‑1 (MQ=255) aaCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCt > 3:307801/1‑128 (MQ=255) aCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGc < 4:45102/148‑1 (MQ=255) aCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCa > 2:60569/1‑149 (MQ=255) aCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCAACAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCa > 4:1853/1‑131 (MQ=255) aCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCAACAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCa > 4:6362/1‑131 (MQ=255) aCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCAACAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCa < 3:6362/131‑1 (MQ=255) aCGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCAACAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCa < 3:1853/131‑1 (MQ=255) tatGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGGCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCGTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGt < 3:119704/149‑1 (MQ=255) tGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGtt < 1:60569/148‑1 (MQ=255) cAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCg < 4:59436/147‑1 (MQ=255) aGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTc > 2:85939/1‑149 (MQ=255) aaggaagTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTccc > 5:280622/1‑149 (MQ=255) agTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGa > 1:319255/1‑149 (MQ=255) tCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATc > 5:268161/1‑149 (MQ=255) 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aTTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGAt > 8:145704/1‑149 (MQ=255) ttGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTg > 7:286335/1‑113 (MQ=255) ttGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTg < 8:286335/113‑1 (MQ=255) gTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGc > 5:240310/1‑149 (MQ=255) gggCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTg > 1:232078/1‑149 (MQ=255) aaCTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCa < 1:85939/148‑1 (MQ=255) tttGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCAttt > 4:22808/1‑148 (MQ=255) ggTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTa > 1:194922/1‑129 (MQ=255) ggTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTa < 2:194922/129‑1 (MQ=255) gTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTggg < 2:319255/149‑1 (MQ=255) gTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTgg < 6:240310/148‑1 (MQ=255) atcaAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTgg < 7:190744/145‑1 (MQ=255) atcaAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTgg > 8:190744/1‑145 (MQ=255) atcaAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTGGGc > 1:12972/1‑147 (MQ=255) atcaAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTGGGCCa > 8:84133/1‑149 (MQ=255) | AACTGTGCTGGTCCCTTCTCAAGGAATACCGTTATGCTGTAACGAAATATGTCTAAAAAGCCTGCAGAAGGAAGTCGCAATGCCACTCAAGGACCTGCTTATCGCCCTGGTGGTGATTGTCGCCTGGGGCGTCAACTTTGTGGTCATCAAGGTTGGCCTCGACGGGCTGCCACCGATGTTGCTGGGGGCATTGCGTTTCTTGCTGGTGGCGTTCCCGGCGATCTTGCTGGTCAGGCGGCCCAAACTGCCGTGGCGCTGGCTGATCGCTTACGGTGCGACCATTTCACTGGGCCA > NC_002947/3274164‑3274457 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |