Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,358,938 | T→A | 9.3% | I249F (ATC→TTC) | PP_2955 ← | CorA family magnesium/cobalt transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,358,938 | 0 | T | A | 9.3% | 120.2 / 3.7 | 43 | I249F (ATC→TTC) | PP_2955 | CorA family magnesium/cobalt transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/20); new base A (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 |
ACGGCCATGGCCCCGCCAAGTACCGCCATGGCCAGCAGCAGCGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAGGTCATTCAGCATTTC > NC_002947/3358793‑3359082 | aCGGCCATGGCCCCGCCAAGTACCGCCATGGCCAGCAGCAGCGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCAt > 5:161735/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCCCGCCAAGTACCGCCATGGCCAGCAGCAGCGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTc < 6:161735/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGTACCGCCATGGCCAGCAGCAGCGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTgcg > 2:257967/1‑148 (MQ=255) gcagcagcGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCgttg < 3:228933/149‑1 (MQ=255) gcagcagcGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCgttg < 3:233177/149‑1 (MQ=255) aaCGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCAGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGcc > 4:102844/1‑149 (MQ=255) cAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCggg > 3:228979/1‑149 (MQ=255) caccaGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTc > 6:10423/1‑149 (MQ=255) ccaGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGa < 5:10423/149‑1 (MQ=255) ggCATGTCGGAGTTCAGCATGATGACCGCCGGCATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCggg > 4:45463/1‑139 (MQ=38) ggCATGTCGGAGTTCAGCATGATGACCGCCGGCATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCggg < 3:45463/139‑1 (MQ=38) ccGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCACGGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTg < 1:257967/148‑1 (MQ=255) gcggTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTa > 7:97865/1‑147 (MQ=255) atGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTggg < 3:102844/148‑1 (MQ=255) tGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATc > 3:146067/1‑65 (MQ=255) tGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATc < 4:146067/65‑1 (MQ=255) gCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGACGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCt < 6:89458/143‑1 (MQ=255) gCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGACGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCt > 5:89458/1‑143 (MQ=255) tGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGAc > 7:163644/1‑139 (MQ=255) tGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGAc < 8:163644/139‑1 (MQ=255) aaCTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGAACATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATc < 7:146294/123‑1 (MQ=255) aaCTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGAACATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATc > 8:146294/1‑123 (MQ=255) tCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCtt > 2:143763/1‑149 (MQ=255) cGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGt < 6:242699/126‑1 (MQ=255) cGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGt > 5:242699/1‑126 (MQ=255) gACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGc > 8:165819/1‑149 (MQ=255) gACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGAACATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAgg < 7:259309/120‑1 (MQ=255) gACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGAACATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAgg > 8:259309/1‑120 (MQ=255) tGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCctgc < 7:165819/149‑1 (MQ=255) cgccgATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCg > 5:39701/1‑80 (MQ=255) cgccgATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCg < 6:39701/80‑1 (MQ=255) gCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCAt < 4:30548/125‑1 (MQ=255) gCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCAt > 3:30548/1‑125 (MQ=255) gCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGc < 4:228979/147‑1 (MQ=255) gTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCga > 3:114284/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCgat < 8:97865/149‑1 (MQ=255) tCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCAGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCgat > 2:78810/1‑148 (MQ=255) ggCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAg > 8:104876/1‑149 (MQ=255) ggCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAg < 1:143763/149‑1 (MQ=255) gCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAgg < 7:104876/149‑1 (MQ=255) gCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAgg > 4:272779/1‑149 (MQ=255) acaTTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAGGTCATTCAGCAt < 2:292623/149‑1 (MQ=255) ttGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGTCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAGGTCATTCAGCATTTc < 4:60928/149‑1 (MQ=255) | ACGGCCATGGCCCCGCCAAGTACCGCCATGGCCAGCAGCAGCGTGGGGAACGTCAACCACCAGGGCATGCCGGCGGTCATCATGCTGAACTCCGACATGCCGCCGATGCTGGCGAGCAGGTTCAAGGGCAGGAACACCACATTGATCATGGTCA‑GGTTGCGCAGCGCGTGGTTCATGCCGTTGTTGGCCAGGTTGCCGCGGGCCTCGATCAGGTTGGTAAAGACCTGGGCATGGATCTTCGCCTGCTGGTAGCTTTGCTCGTTTTCGATGATCAGGTCATTCAGCATTTC > NC_002947/3358793‑3359082 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |