Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,372,047 | T→C | 7.7% | Q9R (CAG→CGG) | csoR ← | copper utilization transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,372,047 | 0 | T | C | 7.7% | 146.7 / 2.9 | 52 | Q9R (CAG→CGG) | csoR | copper utilization transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/27); new base C (2/2); total (23/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
GGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAA > NC_002947/3371902‑3372183 | ggCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGa < 7:43795/148‑1 (MQ=255) ccTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATgg < 1:119596/149‑1 (MQ=255) ggCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCg > 1:42628/1‑149 (MQ=255) gCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTGTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGcc < 5:97347/147‑1 (MQ=255) gCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGcc < 5:194804/147‑1 (MQ=255) gCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCgt < 7:151286/149‑1 (MQ=255) gtttttCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGa > 1:131293/2‑149 (MQ=255) ttCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCg < 6:222786/148‑1 (MQ=255) cACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTc < 1:288818/148‑1 (MQ=255) aGTTGCTGAGCGATGTCGACGAAGGCCAGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGAGGCCCACCGCACGCTTCAACCTTTTCATGATATCGCTATGACGTTTCTGCTGATGGCCGTCTTCGTGATCCATAATACCTTGAGt > 3:63685/1‑149 (MQ=255) gACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCAt > 4:310745/1‑141 (MQ=255) gACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCAt < 3:310745/141‑1 (MQ=255) gACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGaa < 2:42628/148‑1 (MQ=255) gACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAAt > 7:38189/1‑149 (MQ=255) aCGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTATGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTGCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAAtt < 2:265817/149‑1 (MQ=255) cGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTa < 8:38189/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTAc > 6:274304/1‑149 (MQ=255) cAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATTCTGACGATGCTGCGCAGGTTGCCATCCGCACTCTTCAACCTTTTGATGATATAGCTATGACTTTGGTGCTTATGGCAGTGTTCGTTATCGCTCATGACTTGAGTCTCATGCATCTATGAATTACg < 7:200962/149‑1 (MQ=255) aGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGc > 3:114843/1‑149 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGcc > 6:136396/1‑96 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGcc < 5:136396/96‑1 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCGTGCCTTGAGTCTCAt > 5:196146/1‑128 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCGTGCCTTGAGTCTCAt < 6:196146/128‑1 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCg < 4:101313/134‑1 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCg > 3:101313/1‑134 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCg > 7:48646/1‑148 (MQ=255) cGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCCGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATcccc > 1:179798/1‑149 (MQ=255) cGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCCGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCATATcccc > 1:184622/1‑149 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCAt < 6:279674/107‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCAt > 5:279674/1‑107 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTGATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTTGGGGGGATATGGt > 5:64609/1‑148 (MQ=255) tgcGCAGGTGGCCCTCCGCAAGCTTCAACATTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGAAGTGTTCTTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCACCCTGGAGGGGATATGGTc > 3:177009/1‑148 (MQ=255) cgcAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCaaa < 4:114843/149‑1 (MQ=255) cAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCCGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAAcc < 2:179798/149‑1 (MQ=255) cAGGTGGCACTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCCGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGTGATATGGTCAAAcc < 2:184622/149‑1 (MQ=255) gTGGCCCTCCGCAGTCTTCAATCTTTTGATGATATAGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc < 4:63685/149‑1 (MQ=255) tGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc > 2:264043/1‑148 (MQ=255) gCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAc > 4:1979/1‑149 (MQ=255) ccTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAccc > 2:16599/1‑149 (MQ=255) gCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCa < 1:264043/149‑1 (MQ=255) gtCACCCTTTTGATGATAACGCTATGACTTTGGAGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCAAGCCTGGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaa < 4:38664/148‑1 (MQ=255) tccaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaac > 8:101809/4‑149 (MQ=255) aaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 5:66669/122‑1 (MQ=255) aaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc > 6:66669/1‑122 (MQ=255) atgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATTCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTa < 7:101809/148‑1 (MQ=255) tgttatCTCTATGACTTTGGTGCTGATTGCCGTGTTCGTTATCGCTCATGCCGTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAg < 6:64609/145‑1 (MQ=255) tgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGACTCATGCATCGATGAATTACGCTCGAATCCTATCACCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAATACCCATTCACACAAACCATCCGCtagat > 3:28212/1‑145 (MQ=255) tCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATc < 3:1979/148‑1 (MQ=255) cGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaac > 4:86514/1‑131 (MQ=255) cGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaac < 3:86514/131‑1 (MQ=255) gCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCGCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCaaa < 6:148828/149‑1 (MQ=255) tGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGaa < 5:274304/149‑1 (MQ=255) | GGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAA > NC_002947/3371902‑3372183 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |