Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,484,001 | G→C | 8.0% | I641M (ATC→ATG) | PP_3091 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,484,001 | 0 | G | C | 8.0% | 142.8 / 2.0 | 47 | I641M (ATC→ATG) | PP_3091 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/19); new base C (2/2); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATCACGCCAGCGTCGGCCGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGGTGTTGCC > NC_002947/3483857‑3484144 | gATCACGCCAGCGTCGGCCGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATc > 6:308920/1‑148 (MQ=255) aCGCCAGCGTCGGCCGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCTTGCTGGTTCTTTTTTTAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAg < 1:103672/148‑1 (MQ=255) aCGCCAGCGTCGGCCGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATCATCGAGGc < 2:186285/149‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGGCCGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCAc < 6:124055/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGt > 3:285464/1‑149 (MQ=255) cTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCT‑GAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGcc > 8:260408/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGATGGGGACTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGgcgc > 1:257386/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGcc > 2:214101/1‑149 (MQ=255) gCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGa < 5:308920/149‑1 (MQ=255) gcggcgCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCAt > 8:236295/1‑149 (MQ=255) gcTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATt‑tctt < 1:214101/149‑1 (MQ=255) gCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCg < 3:240023/147‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAg < 2:202618/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGt < 3:226086/149‑1 (MQ=255) gggCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGcc < 8:156550/149‑1 (MQ=255) cgacgaAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCAGCTGCTGCTCGTCCAGTCTGCTTATCATT‑TCTTCGGAAATTGACAGCCCACCTGTtgcggct < 4:285464/149‑2 (MQ=255) cgacgaAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGgcggcg < 6:124020/149‑1 (MQ=255) gCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTc > 2:109556/1‑149 (MQ=255) ccGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCg < 7:236295/149‑1 (MQ=255) cGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACa > 5:31284/1‑143 (MQ=255) cGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACa < 6:31284/143‑1 (MQ=255) gTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCTACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATt‑tc < 5:174486/105‑1 (MQ=255) gTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATAGAGGCTACATGCTGATCGTCCAGGCGCCCGAGCATt‑tc > 6:174486/1‑105 (MQ=255) ggCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATt‑tcttc > 6:246390/1‑99 (MQ=255) ggCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATt‑tcttc < 5:246390/99‑1 (MQ=255) ggCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTgg < 2:257386/149‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGACCTCAATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTgg > 1:76673/1‑147 (MQ=255) ggCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGc > 8:273405/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGCCAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGc > 2:302609/1‑148 (MQ=255) cAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGa > 3:101558/1‑149 (MQ=255) aGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTggc < 7:273405/149‑1 (MQ=255) gTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTggcgg > 8:137148/1‑149 (MQ=255) tACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTggcgg > 6:318764/1‑148 (MQ=255) aGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCa > 6:273160/1‑147 (MQ=255) cTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAgg > 4:280580/1‑149 (MQ=255) gAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATTAGGTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGgcg > 1:96598/1‑149 (MQ=255) tgttgtAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAgcg > 1:150668/1‑149 (MQ=255) gtAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCt < 2:162136/105‑1 (MQ=255) gtAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCt > 1:162136/1‑105 (MQ=255) gtAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCgg < 1:109556/148‑1 (MQ=255) gtggCCTCGATCATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGc < 7:211432/111‑1 (MQ=255) gtggCCTCGATCATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGc > 8:211432/3‑113 (MQ=255) tggCCTCGATCATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGgtg > 4:141478/2‑149 (MQ=255) ggCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGgtgt > 1:276852/1‑149 (MQ=255) gCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGt > 8:148910/1‑60 (MQ=255) gCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGt < 7:148910/60‑1 (MQ=255) cTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTAGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGGTGTTGc > 7:302384/1‑149 (MQ=255) gatgatCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGGTGTTGcc < 2:96598/147‑1 (MQ=255) gatgatCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGGTGTTGcc < 8:262388/147‑1 (MQ=255) | GATCACGCCAGCGTCGGCCGGGGTGCCTTCGCCTGCGGCGCTGGCCCAGGCCTGGGGCAGGCTGG‑CAGCGACGAAGGCCGGGTCTGGAT‑GGGCCTGGGGCTCGGTCAGCAACAGGTACAGCTTGAGGGTGTTGTAGGCCTCGATGATCGAGGCCACCTGCTGCTCGTCCAGGCGCCCGAGCATT‑TCTTCGGACAGTGACAGCCCACCGGTGGCGGCGGACAGCTCGGCGCCATCGCTGGCAGTGGCCAGGTTGACCTTGGCGGCATAGGCGCCAGCGCGGGTGTTGCC > NC_002947/3483857‑3484144 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |