Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,781,959 | G→C | 7.3% | Q278H (CAG→CAC) | nikB → | nickel ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,781,959 | 0 | G | C | 7.3% | 164.9 / 4.0 | 55 | Q278H (CAG→CAC) | nikB | nickel ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/23); new base C (2/2); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 |
GCCTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCC > NC_002947/3781813‑3782106 | gCCTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTg > 1:291690/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGAAGCACTg > 6:33928/1‑149 (MQ=255) ccTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGt > 1:118117/1‑147 (MQ=255) ccTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGt < 2:118117/147‑1 (MQ=255) gCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCa < 5:228029/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCAcc < 3:173236/147‑1 (MQ=255) ccGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCAcc > 4:173236/1‑147 (MQ=255) ccGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGAAGCACTGCATCAccgg < 5:223777/149‑3 (MQ=255) ccGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCCGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGAAGCACTGCATCAcc < 5:33928/147‑1 (MQ=255) gCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTg > 8:1724/1‑148 (MQ=255) aCGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCTGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGAc > 8:291575/1‑149 (MQ=255) ggCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGt > 2:235747/1‑121 (MQ=255) cATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCtga < 2:118211/149‑1 (MQ=255) acaTCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATc > 2:101389/1‑149 (MQ=255) aTCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCt > 2:146502/1‑148 (MQ=255) aTCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCt < 1:146502/148‑1 (MQ=255) cGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCTGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCCGATGATCTGTAAcc < 7:291575/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGt > 6:206526/1‑149 (MQ=255) ggcggcGCACTGGTGCTCGAGACGCTCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGCCTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGCTCTGTAACCTGATAGTc > 1:282213/1‑147 (MQ=255) ggcggcGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGa < 2:291690/149‑1 (MQ=255) ggcggcGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGGTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGa > 1:277606/1‑149 (MQ=255) aTCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTg > 3:298617/1‑149 (MQ=255) tCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTgg > 4:168460/1‑149 (MQ=255) gagaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCt > 8:136700/1‑149 (MQ=255) aCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCt < 1:266226/146‑1 (MQ=255) aCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCt > 2:266226/1‑146 (MQ=255) cTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTc > 5:90626/1‑149 (MQ=255) cGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTc < 5:206526/146‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGc < 7:1724/149‑1 (MQ=255) gTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAgg < 6:90626/149‑1 (MQ=255) ttGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAggg < 7:136700/149‑1 (MQ=255) gTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGt > 8:9429/1‑148 (MQ=255) gTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGt < 3:168460/148‑1 (MQ=255) cGTGTTGCGGTGTCGGCAGGGCGTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGaa < 2:282213/149‑1 (MQ=255) ggtttGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGaa < 2:277606/146‑1 (MQ=255) ttttGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCt < 5:331681/135‑1 (MQ=255) ttttGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCt > 6:331681/1‑135 (MQ=255) ttGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGc < 1:101389/148‑1 (MQ=255) ttGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGc < 3:172239/148‑1 (MQ=255) cGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGc < 2:310894/145‑1 (MQ=255) cGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGc > 1:310894/1‑145 (MQ=255) cGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCAt > 5:28165/1‑147 (MQ=255) tgtCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGt < 7:113569/136‑1 (MQ=255) tgtCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGt > 8:113569/1‑136 (MQ=255) ggCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGa > 1:18099/1‑142 (MQ=255) ggCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGa < 2:18099/142‑1 (MQ=255) aCCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCTTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGACTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGc > 3:166656/1‑149 (MQ=255) aCCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGc < 4:298617/149‑1 (MQ=255) ccGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCg > 7:181770/1‑149 (MQ=255) ccGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCg > 3:123434/1‑149 (MQ=255) cTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGaa < 2:313577/117‑1 (MQ=255) cTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGaa > 1:313577/1‑117 (MQ=255) cagggTGAAGCACTGCATCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCAtt > 7:186237/4‑149 (MQ=255) ggTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATtgct > 4:77024/1‑149 (MQ=255) aGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGcgcc > 4:112295/1‑149 (MQ=255) | GCCTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTGCTGCGCC > NC_002947/3781813‑3782106 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |