| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,811,856 | G→A | 15.1% | A60A (GCG→GCA) | PP_3368 → | MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,811,856 | 0 | G | A | 15.1% | 72.0 / 5.9 | 33 | A60A (GCG→GCA) | PP_3368 | MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/11); new base A (3/2); total (20/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
TAAAAACACCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGT > NC_002947/3811709‑3812002 | tAAAAACACCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGCGCCATGCCATCAGcgcg > 7:224061/1‑148 (MQ=255) ccAAGAGGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatggca < 7:180412/149‑7 (MQ=255) aTGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatg < 8:40107/141‑4 (MQ=255) aTGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCATACGCGCTgatg > 7:40107/1‑138 (MQ=255) gCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGTGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACt > 3:180933/1‑149 (MQ=255) cACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTg > 1:296893/1‑149 (MQ=255) cACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTg > 8:57177/1‑149 (MQ=255) cTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCAATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCg > 4:237460/1‑149 (MQ=255) ttGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGt > 4:162549/1‑149 (MQ=255) cATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGc < 3:270976/147‑1 (MQ=255) cATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGc > 4:270976/1‑147 (MQ=255) aTCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCa > 5:295172/1‑148 (MQ=255) cGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGTGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACtgctgc < 3:18083/149‑1 (MQ=255) gCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTgcgc < 5:216500/149‑1 (MQ=255) gCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTgcg > 6:216500/1‑148 (MQ=255) tcatGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACAtgctg > 7:59859/1‑149 (MQ=255) atGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGccc > 2:308645/1‑100 (MQ=255) atGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTCGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGccc < 1:308645/100‑1 (MQ=255) aTGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGAt > 3:227001/1‑149 (MQ=255) cATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGt < 7:57177/149‑1 (MQ=255) tGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGTGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCaa < 4:180933/148‑1 (MQ=255) gCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACt < 6:295172/149‑1 (MQ=255) gAACCGCAGGTGGGACATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATACTCGGTGCCAAACTGCTACGCAACCACATGCTGCTCCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTCGCCACTGc > 4:204110/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGcc > 2:303114/1‑148 (MQ=255) aCCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGcc < 1:303114/148‑1 (MQ=255) aCCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACATGGCCACTGCCt > 8:299544/1‑149 (MQ=255) cGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCttt > 3:199206/1‑149 (MQ=255) gTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGcccc < 2:296893/149‑1 (MQ=255) tgccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCg > 4:74630/1‑149 (MQ=255) gccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCt < 7:3207/122‑1 (MQ=255) gccatCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCt > 8:3207/1‑122 (MQ=255) ccccAGCGCATACGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTg > 3:295738/4‑149 (MQ=255) cccAGCGCATACGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTgg > 1:267377/3‑149 (MQ=255) tCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGc < 7:299544/149‑1 (MQ=255) gcgTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTTCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGt < 3:204110/149‑1 (MQ=255) | TAAAAACACCGTCGCCAAGATGGAAGCCGCCATGGCACTGGGCAGCTTTGCCATCGGCACCGGCGAATTCGCCATCATGGGCCTGATGCCCGACATTGCCAGCAATTTGCAGTTGAGCGAACCGCAGGTGGGCCATGCCATCAGCGCGTATGCGCTGGGGGTAATGGTTGGCGCCCCGACACTGGCCATTCTCGGTGCCAAACTGCTGCGCAAGCACATGCTGCTGCTGTTGATGCTGCTGTATGCCGTGGGCAACCTGGCCACTGCCTTTGCCCCCTCGTTCGGTGGCCTGGT > NC_002947/3811709‑3812002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |