Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,864,500 | T→G | 7.5% | Q382P (CAG→CCG) | PP_3414 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer/sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,864,500 | 0 | T | G | 7.5% | 166.9 / 4.1 | 53 | Q382P (CAG→CCG) | PP_3414 | methyl‑accepting chemotaxis transducer/sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/21); new base G (2/2); total (30/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGGCATCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGCCAACAGGTTGGTC > NC_002947/3864359‑3864646 | aTGGCATCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGc < 6:154599/147‑1 (MQ=255) tGGCATCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGcacc < 3:78390/149‑1 (MQ=255) gCATCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGcacca > 3:313160/1‑148 (MQ=255) aTCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACAt > 2:265584/1‑149 (MQ=255) tCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTGCGGCAGaaccacgac < 6:26230/149‑4 (MQ=255) cACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATcga > 2:295572/1‑149 (MQ=255) ccGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa < 5:279/149‑1 (MQ=255) gTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAgg < 2:271546/149‑1 (MQ=255) tGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCt > 3:110857/1‑149 (MQ=255) gATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa > 3:6050/1‑134 (MQ=255) gATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa > 3:10475/1‑134 (MQ=255) gATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa < 4:10475/134‑1 (MQ=255) gATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa < 4:6050/134‑1 (MQ=255) tGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTcgcgcg > 1:11829/1‑149 (MQ=255) cACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGc > 3:309030/1‑147 (MQ=255) aCCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCa < 6:151086/148‑1 (MQ=255) ccccGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATcgacga > 2:172449/1‑110 (MQ=255) ccccGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATcgacga < 1:172449/110‑1 (MQ=255) cTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCAcc > 2:64317/1‑148 (MQ=255) cATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTcg > 1:11897/1‑127 (MQ=255) cATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTcg < 2:11897/127‑1 (MQ=255) aTTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCCCCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCAt > 1:36444/1‑149 (MQ=255) cACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCgg < 4:42403/119‑1 (MQ=255) cACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCgg > 3:42403/1‑119 (MQ=255) cACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTg > 2:242430/1‑127 (MQ=255) cACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTg < 1:242430/127‑1 (MQ=255) gTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGccc > 2:35419/1‑149 (MQ=255) gTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGccc > 1:204647/1‑149 (MQ=255) gATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCAcg < 1:295572/149‑1 (MQ=255) gATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCAc < 2:204647/148‑1 (MQ=255) aTTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGGCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCAcgc > 5:219842/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCt > 8:115668/1‑149 (MQ=255) tGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTc > 7:179746/1‑148 (MQ=255) gCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa > 1:192122/1‑55 (MQ=255) gCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCa < 2:192122/55‑1 (MQ=255) gCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGAt > 2:148684/1‑149 (MQ=255) cACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCCCGATgg < 2:11829/149‑1 (MQ=255) ccAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGa < 7:9084/141‑1 (MQ=255) ccAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGa > 8:9084/1‑141 (MQ=255) cAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCAt < 4:309030/149‑1 (MQ=255) aaTAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCAtt < 1:148684/149‑1 (MQ=255) cgtcgatgtggtgCGGCAGAACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGc > 3:13128/8‑148 (MQ=37) aCAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGc > 7:66309/1‑148 (MQ=255) aCAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGc > 2:79435/1‑148 (MQ=255) cAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGcc > 4:248871/1‑148 (MQ=255) tcgatgtggtgCGGCAGAACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTg < 7:273054/102‑1 (MQ=37) tcgatgtggtgCGGCAGAACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTg > 8:273054/6‑107 (MQ=37) tCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGCCAACAg < 1:35419/149‑1 (MQ=255) gTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTaa < 5:264842/137‑1 (MQ=255) gTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTaa > 6:264842/1‑137 (MQ=255) gTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGCCAACAGGt < 7:115668/149‑1 (MQ=255) ttCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGCCAACAGGTtggt > 2:319567/1‑149 (MQ=255) tCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGCCAACAGGTtggtc > 1:158082/1‑149 (MQ=255) | ATGGCATCCACGACGTGCCGTGAGCCTTGCTGGATTTCCATGATCACCGTCCCCGCCTCATTGGCCAGCGCCACGCCGTGACCGGTGCGGTTGAGGCTCGATTGCATGCTGGCCACTGCCAATAGCGACAGGTCGTGGTTCTGCCGCACCACATCGACGATTTCCAGGGTGGCCTTGCTGGTTCGCGCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCCACCACGGCAAAGCCGCGCCCGTGCTCGCCGGCACGCGCTGCCTCGATGGCTGCATTAAGGGCCAACAGGTTGGTC > NC_002947/3864359‑3864646 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |