Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,928,938 | A→C | 10.8% | K159Q (AAG→CAG) | PP_3464 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,928,938 | 0 | A | C | 10.8% | 100.5 / 5.2 | 37 | K159Q (AAG→CAG) | PP_3464 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/15); new base C (2/2); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 |
TCGAAGACCTGTACCTGGGCTGGCGCTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGAAGTCCGACAACCATTAC > NC_002947/3928798‑3929084 | tCGAAGACCTGTACCTGGGCTGGCGCTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGAc < 6:215429/149‑1 (MQ=255) aCCTGTACCTGGGCTGGCGCTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTgggg < 4:101652/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCTGGCGCTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACt > 3:48323/1‑149 (MQ=255) gcTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGAccatgtg > 6:59557/1‑144 (MQ=255) gcTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCgcggc > 1:125963/1‑149 (MQ=255) gcTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCgcggc > 8:275350/1‑149 (MQ=255) ggCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGACGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTg > 8:26471/1‑149 (MQ=255) gCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGc < 5:49962/149‑1 (MQ=255) cAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCct < 4:138574/149‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCctacta > 8:293234/1‑149 (MQ=255) ttCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCtactac < 4:48323/147‑1 (MQ=255) gcgcTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCcgc < 3:24199/149‑1 (MQ=255) gTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCGGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAg > 8:123812/1‑149 (MQ=255) tGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAgg < 8:166629/149‑1 (MQ=255) gATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCtt > 6:2567/1‑149 (MQ=255) tGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGaccgc < 7:293234/149‑1 (MQ=255) aCATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCt > 1:213597/1‑121 (MQ=255) aCATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCt < 2:213597/121‑1 (MQ=255) cGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGtgc > 8:253542/1‑149 (MQ=255) gccgccAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTgcgc > 5:299386/1‑149 (MQ=255) 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tGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGgc > 4:43669/1‑149 (MQ=255) ccTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGAc < 3:43669/148‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTGGACCTGGGGGCCAACTTGGACCTCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCTAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGTCAACCAGGGCTTGCGCGGTGAcc < 4:274254/148‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCt > 4:263241/1‑149 (MQ=255) cccccaggTCGACCTTGCCCAGGTTGACCGGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTg > 6:313648/7‑148 (MQ=255) ccaggTCGACCTTGCCCAGGTTGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGaa < 7:238561/144‑1 (MQ=255) ccaggTCGACCTTGCCCAGGTTGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGaa > 8:238561/4‑147 (MQ=255) cGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGAAGTcc > 4:213091/1‑149 (MQ=255) aggTCGACCTTGCCCAGGTTGACCGGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGAAGTcc < 5:313648/148‑1 (MQ=255) ccTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCACGGTGACCTGATGTGGTTGAAGTCCGACAAc > 4:215685/1‑148 (MQ=255) gCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGAAGTCCGACAACCATTAc > 6:199521/1‑149 (MQ=255) | TCGAAGACCTGTACCTGGGCTGGCGCTCGGCCAACCTGTTCCCGGCGCTGGGTGAAGATGGCGTGGACATTTCCGGTGGCCGCCAGGTCGTCACCCTGGGTGATGGTTTCCTGATTCAGGGTGACCCGGTCAACCTGGGCAAGGTCGACCTGGGGGCCAACTTCGACCGCGGCGGTGCCTACTACCTGGCCGCGCGCAAGGCCTTCGACCGCACCGCCGTGCTGCGCCTGGGCGGCAACCAGGGCTGGCGCGGTGACCTGATGTGGTTGAAGTCCGACAACCATTAC > NC_002947/3928798‑3929084 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |