| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,819 | A→C | 13.7% | intergenic (‑69/+60) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,819 | 0 | A | C | 13.7% | 100.8 / 8.4 | 43 | intergenic (‑69/+60) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/15); new base C (4/2); total (25/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
AGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACA > NC_002947/337671‑337967 | aGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTTCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCc‑aca < 1:120114/149‑1 (MQ=255) cTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTATCGCGCC‑ACCGTGAAGGGTgg > 8:221965/1‑149 (MQ=255) ggAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTacac > 2:201644/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=18) tggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCAAAACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCATTGGCACGCATACACGCGCAACCAgcg > 6:226577/1‑149 (MQ=37) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCGGT‑GGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTc > 7:248516/1‑149 (MQ=255) gtggtccTCTTCGCGGGAACGCCCGTTCCAACAGTTTTAGGGCA‑AAATTCAAGGTTGGGGCTACACGTGT‑GGTAGGGGGGGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCcag < 8:248516/143‑1 (MQ=255) gAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCGGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAGCAGTAAGTGAGGTATCAGCGGCCATGGCAGGCAACCACGCGCAACCACCCCTCcag > 6:107710/1‑148 (MQ=37) ggCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCagcagc > 7:83244/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTTCCCCTGG‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCGTCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAg > 3:210754/1‑149 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg > 8:149114/1‑130 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg < 7:149114/130‑1 (MQ=255) cgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt > 3:300034/1‑149 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc > 8:140796/1‑149 (MQ=255) 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ccACAGGTATAGCGCC‑ACATTCCAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTGGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 7:203194/1‑148 (MQ=255) acaGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 4:132319/1‑146 (MQ=25) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGa < 1:264348/144‑1 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGa > 2:264348/1‑144 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 8:112079/1‑146 (MQ=255) aGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa 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taGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAcc < 4:210754/148‑1 (MQ=255) gcC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg > 1:38428/1‑148 (MQ=255) cc‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:288271/137‑1 (MQ=255) cc‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 1:288271/1‑137 (MQ=255) cc‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTCCCCGCGAGGCAGTAAGTGAGGTCACAGCGCCATTGGCAGGCATCCACGCGCACCCAGCGCTCCCGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGAAGGACCGAGATcccaa > 2:116300/1‑140 (MQ=255) c‑acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg > 2:291537/1‑60 (MQ=255) c‑acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg < 1:291537/60‑1 (MQ=255) acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 7:140796/149‑1 (MQ=255) acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 7:136592/149‑1 (MQ=255) aTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCGGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAaca > 3:280526/1‑149 (MQ=255) | AGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACA > NC_002947/337671‑337967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |