Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,004,300 | G→A | 7.3% | G89D (GGT→GAT) | PP_3533 → | ornithine cyclodeaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,004,300 | 0 | G | A | 7.3% | 161.1 / 2.6 | 55 | G89D (GGT→GAT) | PP_3533 | ornithine cyclodeaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
GACAAGTCCGCGCGCGTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCGGCAACGGC > NC_002947/4004155‑4004448 | gACAAGTCCGCGCGCGTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGgtgt > 1:275646/1‑149 (MQ=255) aCAAGTCCGCGCGCGTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTa > 5:93179/1‑149 (MQ=255) gTCCGCGCGCGTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTgg > 6:112412/1‑149 (MQ=255) cgcgcgcgTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGcc > 7:163969/1‑148 (MQ=255) cgcgcgcgTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGcc > 5:100320/1‑148 (MQ=255) gcgcgcgTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGa < 1:172906/149‑1 (MQ=255) gagcgTTTCCAGCAACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGACGACAAAAGCAGCTATGCATTCAAATACGTCAACGGCAACCCGGACAATACTGCAAGCACCCTGCATACGGTGATGGACTTCGGTGTAATGTCAGATg > 5:160257/3‑149 (MQ=255) cgcgTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACTGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGt < 6:131720/149‑1 (MQ=255) gcgTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTc < 2:275646/149‑1 (MQ=255) ccagccaCTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTcc > 4:311109/1‑149 (MQ=255) agccaCTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCgg < 4:26928/149‑1 (MQ=255) cTCGTAAGTTGTAGTGATCGAACTGATGCCTGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCACATACTTCAAATGCCACACGGCCAATACTTCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGGGTAATGGCCGATGTCGACTCCGGTTAcc < 6:160257/149‑1 (MQ=255) aGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGtgc < 6:93179/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACGTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTgg < 1:27096/103‑1 (MQ=255) aTGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTgg > 2:27096/1‑103 (MQ=255) aTGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGa > 2:283591/1‑145 (MQ=255) aTGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGa < 1:283591/145‑1 (MQ=255) aTGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCAt < 6:44534/149‑1 (MQ=255) gCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCg > 2:202830/1‑149 (MQ=255) gCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCg > 4:231884/1‑149 (MQ=255) cGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGccc > 2:267131/1‑149 (MQ=255) aaaaGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTgcg > 8:208503/1‑149 (MQ=255) aaaGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGAAGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGCTTACCAGGTGCTGCTGTTCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTgcg > 5:271629/1‑148 (MQ=255) aaGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCa < 1:267131/149‑1 (MQ=255) aaGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGCCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTCTCCGAACTGACCTTCGCCACCGCCCTGCGCa > 7:257351/1‑149 (MQ=255) gCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCAcc > 5:240821/1‑149 (MQ=255) tGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGc < 5:112412/147‑1 (MQ=255) cTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACtt > 2:308062/1‑149 (MQ=255) cTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGCGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACtt < 5:322254/149‑1 (MQ=255) ttCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGa < 8:42398/145‑1 (MQ=255) ttCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGa > 7:42398/1‑145 (MQ=255) cAAAAAAGTCAACGTCCACCAGGCCTATAATGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTTTACTGGACGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATAGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCg < 4:264729/148‑1 (MQ=255) tACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGAt < 1:308062/149‑1 (MQ=255) aaCGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGa > 7:296304/1‑103 (MQ=255) aaCGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGa < 8:296304/103‑1 (MQ=255) aaCGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAg < 3:231884/148‑1 (MQ=255) aCGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGcc < 1:202830/149‑1 (MQ=255) cACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAgg > 3:207840/1‑148 (MQ=255) ggCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGTTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTgt < 7:208503/149‑2 (MQ=255) ccAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAAc < 3:24765/87‑1 (MQ=255) ccAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAAc > 4:24765/1‑87 (MQ=255) cTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGgcccgccc < 6:100320/148‑1 (MQ=255) cAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGgcccgcc > 5:195631/1‑140 (MQ=255) cAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGgcccgcc < 6:195631/140‑1 (MQ=255) cATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGAt > 8:47505/1‑149 (MQ=255) ggTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCg > 7:87752/1‑59 (MQ=255) ggTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCg < 8:87752/59‑1 (MQ=255) aTGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGAt > 5:263121/1‑149 (MQ=255) ggCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCg > 8:283714/1‑149 (MQ=255) ggCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCg > 2:229773/1‑149 (MQ=255) tccTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCgg < 1:292598/148‑1 (MQ=255) ccTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCgg > 7:291014/1‑148 (MQ=255) ccTTCGATGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGAt < 6:206099/136‑1 (MQ=255) ccTTCGATGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGAt < 6:201432/136‑1 (MQ=255) ccTTCGATGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGAt > 5:206099/1‑136 (MQ=255) ccTTCGATGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGAt > 5:201432/1‑136 (MQ=255) gtgtACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCGGCAACGgc > 7:243990/1‑149 (MQ=255) | GACAAGTCCGCGCGCGTTGCCAGCCACTCGGAAGTGGGCGTGATCGAACTGATGCCGGTCGCCGACAAAAGCCGCTATGCCTTCAAATACGTCAACGGCCACCCGGCCAATACTGCACGCAACCTGCATACGGTGATGGCCTTCGGTGTACTGGCCGATGTCGACTCCGGTTACCCGGTGCTGCTGTCCGAACTGACCATCGCCACCGCCCTGCGCACCGCAGCGACTTCGCTGATGGCAGCCCAGGCACTGGCCCGCCCGAACGCGCGCAAGATGGCGCTGATCGGCAACGGC > NC_002947/4004155‑4004448 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |