Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,056,326 | C→T | 7.7% | A446T (GCC→ACC) | PP_3575 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,056,326 | 0 | C | T | 7.7% | 149.8 / 2.2 | 52 | A446T (GCC→ACC) | PP_3575 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/24); new base T (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.14e-01 |
GTGCGGCCACCGGGTCGTAGAGGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGCACCATAGGCCAGCAGCGATTCGCT > NC_002947/4056179‑4056470 | gTGCGGCCACCGGGTCGTAGAGGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCg > 3:141614/1‑149 (MQ=255) ggCCACCGGGTCGTAGAGGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTgc < 8:273741/149‑1 (MQ=255) ccACCGGGTCGTAGAGGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTgcgc > 8:256849/1‑149 (MQ=255) gggTCGTAGAGGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGa < 8:165326/149‑1 (MQ=255) agGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGATCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCg > 8:293990/1‑149 (MQ=255) ggTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCgg < 2:303127/149‑1 (MQ=255) gTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCggg > 8:9753/1‑149 (MQ=255) ggCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCAc > 4:28885/1‑128 (MQ=255) ggCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCAc < 3:28885/128‑1 (MQ=255) gcgcCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCAc < 4:8184/127‑1 (MQ=255) gcgcCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCAc > 3:8184/1‑127 (MQ=255) ggCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCt < 7:256849/149‑1 (MQ=255) aGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCa < 8:66586/114‑1 (MQ=255) aGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCa > 7:66586/1‑114 (MQ=255) gcgcgcCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATCGCGGTTCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACgg < 2:15246/149‑1 (MQ=255) cccGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAg > 2:290057/1‑148 (MQ=255) cgTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCg < 1:167886/149‑1 (MQ=255) tGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCg > 2:268550/1‑149 (MQ=255) aGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGtt < 7:293990/148‑1 (MQ=255) aTGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGAt < 2:178664/149‑1 (MQ=255) tGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATc < 1:268550/149‑1 (MQ=255) agtaATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGt < 5:104141/138‑1 (MQ=255) agtaATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGt > 6:104141/1‑138 (MQ=255) agtaATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGa > 6:166329/1‑148 (MQ=255) gtaATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGaca > 5:91344/1‑149 (MQ=255) taATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCg < 2:221040/145‑1 (MQ=255) taATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCg > 1:221040/1‑145 (MQ=255) gTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGTGGTGCGCACCGACTCg < 1:145091/84‑1 (MQ=255) gTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGTGGTGCGCACCGACTCg > 2:140235/1‑84 (MQ=255) gTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGTGGTGCGCACCGACTCg < 1:140235/84‑1 (MQ=255) gTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGTGGTGCGCACCGACTCg > 2:145091/1‑84 (MQ=255) ccAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCa < 7:9753/147‑1 (MQ=255) cAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAgg > 2:321454/1‑148 (MQ=255) aGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGaa < 6:91344/149‑1 (MQ=255) gTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCGCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGACATGGCGGTGCGCACCGACTCGACCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGCTGAACGACACGTTTAGGCGCAGGAAg > 7:202906/1‑148 (MQ=255) tCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACTAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCa > 4:295334/1‑149 (MQ=255) cTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGt < 4:141614/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTgcg > 1:196101/1‑149 (MQ=255) gCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCTCCGAGTCGTCCCGGGTAAAGTCACTCGGCTTCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGAGCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTgcgcgc < 5:230163/148‑1 (MQ=255) gCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTg < 7:145996/101‑1 (MQ=255) gCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTg > 8:145996/1‑101 (MQ=255) gCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACCGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGCAAGTCAAGCTTGCTCTTgcgcgc > 6:230163/1‑148 (MQ=255) ccGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGCGCGCACCGACTCGTccc < 7:257441/55‑1 (MQ=255) ccGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGCGCGCACCGACTCGTccc > 8:257441/1‑55 (MQ=255) ccGGTACTGAACCAGGCACGTAAACCCGCCATGGCGGGGCGCACCGCCCGGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGcc < 8:202906/149‑1 (MQ=255) tATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAAcc < 1:290057/149‑1 (MQ=255) tGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGc < 2:196101/149‑1 (MQ=255) aaCCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGCAc > 3:162123/1‑148 (MQ=255) gTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGc > 5:229066/1‑141 (MQ=255) gTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGc < 6:229066/141‑1 (MQ=255) aCGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGCACCATAGGc > 7:177378/1‑147 (MQ=255) aTGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGCACCATAGGCCAGCAGCGATTCGCt > 7:32998/1‑149 (MQ=255) | GTGCGGCCACCGGGTCGTAGAGGTTGCTCGGCGCCGAGGCATAGCGCGCCCCGCCGTTGGTGAAGTCCATGTAGTAATAGGTGGCGGCCAGGTTCAGCTCGTGGCTCACCGGCCCGGTATGGAACCAGTGACGTAAACCAGCCATGGCGGTGCGCACCGACTCGTCCCGGGTAAAGTCACGCGGCTGCACGGTAAAGTCGCCGGCATCGTTGGTGATCGACACGTTATGGCGCAGGAAGTCATGGTTGCTCTTGCGCGCGCCAACCGCACCATAGGCCAGCAGCGATTCGCT > NC_002947/4056179‑4056470 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |