Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,142,565 | C→G | 6.7% | A233G (GCC→GGC) | PP_3646 → | aldehyde dehydrogenase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,142,565 | 0 | C | G | 6.7% | 193.5 / 4.0 | 60 | A233G (GCC→GGC) | PP_3646 | aldehyde dehydrogenase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/25); new base G (2/2); total (33/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 |
CATCCTCGAGCTGGCCCGACTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCGGCATCTATGCCGCGT > NC_002947/4142422‑4142711 | cATCCTCGAGCTGGCCCGACTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCAccg > 6:260060/1‑149 (MQ=255) ccTCGAGCTGGCCCGACTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGGCGGCAccgccg < 6:49744/149‑2 (MQ=255) tCGAGCTGGCCCGACTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCCACGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGAGCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCAccgcccg > 1:215785/1‑149 (MQ=255) ccGACTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTAc > 7:294775/1‑149 (MQ=255) aCTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACgca < 8:57528/149‑1 (MQ=255) cccTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACgcagca < 5:139264/147‑1 (MQ=255) cccTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACgcagca > 6:139264/1‑147 (MQ=255) cTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAgcgc < 7:161070/149‑1 (MQ=255) gCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGGCGGCAccgccg < 6:319815/121‑2 (MQ=255) gCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGGCGGCAccgccg > 5:319815/1‑120 (MQ=255) gCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGaaaa > 2:32237/1‑149 (MQ=255) cGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCTCCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTTGTACGCAGCAGCGCCGa < 5:164351/144‑1 (MQ=255) cGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGa > 6:164351/1‑144 (MQ=255) cTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCg < 3:198339/149‑1 (MQ=255) cggccggTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAg > 6:158688/1‑149 (MQ=255) gccggTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCt < 7:140369/149‑1 (MQ=255) gtgtGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCg < 3:65292/149‑1 (MQ=255) gTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGGAGGTGCGCAAGATCGCCTTCCCCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTgg > 1:249826/1‑148 (MQ=255) gTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTgg > 8:275745/1‑148 (MQ=255) gTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTgg < 6:24509/148‑1 (MQ=255) aaCGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACt > 8:4218/1‑149 (MQ=255) cGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTgg > 5:225987/1‑149 (MQ=255) cGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTgg > 2:106273/1‑149 (MQ=255) ggTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAAc > 1:217134/1‑143 (MQ=255) ggTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAAc < 2:217134/143‑1 (MQ=255) tCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGggcggc < 6:225987/149‑1 (MQ=255) cTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGTTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGc > 4:47437/1‑149 (MQ=255) cGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGa < 5:98805/149‑1 (MQ=255) gCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAAc < 7:4218/149‑1 (MQ=255) ccccAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAAc > 4:309481/1‑148 (MQ=255) aGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAAcatcat > 3:26751/1‑149 (MQ=255) gCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACatcatc < 3:79361/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTc < 4:143547/149‑1 (MQ=255) gcgcTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTcgccgacgc > 1:78604/1‑149 (MQ=255) cgcTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTcgccgacgcc > 6:226229/1‑149 (MQ=255) gACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGt < 1:272332/63‑1 (MQ=255) gACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGt > 2:272332/1‑63 (MQ=255) aCCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCgccgacgccgac < 7:275745/147‑1 (MQ=255) cccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGt < 1:59925/96‑1 (MQ=255) cccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGt > 2:59925/1‑96 (MQ=255) ccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCTGCCACCGCCCGCCACGt > 8:217290/1‑60 (MQ=255) ccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCt > 8:29925/1‑131 (MQ=255) ccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCt < 7:29925/131‑1 (MQ=255) ccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTg > 6:33646/1‑148 (MQ=255) ccGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTg > 7:256839/1‑148 (MQ=255) ccGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAgcgc > 3:20165/1‑149 (MQ=255) cGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGcc < 2:249826/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCAt < 4:26751/149‑1 (MQ=255) aaGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGgcgc > 1:255230/1‑149 (MQ=255) gATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTGCGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAAGTGGGCGGCAAGTCGCCGAACCTCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCg > 4:126839/1‑149 (MQ=255) gATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCg > 2:211111/1‑149 (MQ=255) aTCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCCGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGt > 5:75409/1‑149 (MQ=255) gCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTTCGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGc < 8:256839/149‑1 (MQ=255) ccTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGc > 7:72189/1‑148 (MQ=255) cTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCg < 5:260060/149‑1 (MQ=255) gtggcgggcggTGGCGGCACCGCCGGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACCGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCgg > 6:173294/7‑149 (MQ=255) cACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCgg < 5:158688/147‑1 (MQ=255) cACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCGGc < 2:215785/148‑1 (MQ=255) ggTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCGGCATCTATGc < 3:309481/149‑1 (MQ=255) gTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCGGCATCTATGcc > 4:139489/1‑149 (MQ=255) cgccACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCGGCATCTATGCCGCGt > 6:79138/1‑149 (MQ=255) | CATCCTCGAGCTGGCCCGACTGGCCCTTGAGGCCGGCTTCC‑CGGCCGGTGTGGTCAACGTGGTCACCGGCTACGGCCCCAGCACCGGCGCGGCGCTGACCCGCCACCCGCTGGTGCGCAAGATCGCCTTCACCGGCGGTGCCGCCACCGCCCGCCACGTGGTACGCAGCAGCGCCGAAAACTTCGCCAAGCTGTCGCTGGAACTGGGCGGCAAGTCGCCGAACATCATCTTCGCCGACGCCGACCTGGACAGCGCCATCAATGGCGCCGTGGCCGGCATCTATGCCGCGT > NC_002947/4142422‑4142711 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |