Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,233,675 | A→C | 10.3% | L464V (TTG→GTG) | PP_3711 ← | diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,233,675 | 0 | A | C | 10.3% | 101.7 / 2.9 | 37 | L464V (TTG→GTG) | PP_3711 | diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/20); new base C (2/2); total (15/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTTTGACACTGAAGGGGTATGTGTCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAG > NC_002947/4233528‑4233814 | gTTTTGACACTGAAGGGGTATGTGTCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGtgcaactgcaac > 2:258986/1‑149 (MQ=255) tGAAGGGGTATGTGTCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGt > 5:271562/1‑149 (MQ=255) tATGTGTCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCt < 8:126745/149‑1 (MQ=255) gtgtCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGGCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCtgt < 1:258986/148‑1 (MQ=255) tgtCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGGGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAGCGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCtgtg < 6:270353/148‑1 (MQ=255) tAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTg < 5:243303/134‑1 (MQ=255) tAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTg > 6:243303/1‑134 (MQ=255) tAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAg > 1:152681/1‑149 (MQ=255) aaaTGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCg < 2:200098/149‑1 (MQ=255) aaaTGAAGTCCATCGGCATGAACATGCCCCGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCAGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGTTGCAGCGCGGTGCGCAGGTCg > 3:81106/1‑149 (MQ=255) aaTGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCACCTG‑GGGCAGTTGCAgtt > 6:136688/1‑132 (MQ=255) aaTGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCACCTG‑GGGCAGTTGCAgtt < 5:136688/134‑3 (MQ=255) aGTCCATCGGCAGGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTc < 7:234815/148‑1 (MQ=255) ccATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGcaactgcaactg < 6:307159/112‑1 (MQ=255) ccATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGcaactgcaactg > 5:307159/1‑112 (MQ=255) cATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTccac > 7:171971/1‑147 (MQ=255) aTGCGACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACTGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTggcg < 4:132214/149‑1 (MQ=255) ccACGGGGCGGGGGTTCCCAGCTCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTggcgggc < 6:225210/149‑1 (MQ=255) gtgtgtTACCAGCTCAGCAGATCCTCATAACGTGTAACGATGCTGGTCGGATGATCGAATACCTGCTCGTACTGCATCAGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCTCAGGACGCTTTCCACCCTGCGGCGCGGGCGGGCGGCACCGTc > 8:235352/3‑149 (MQ=255) gggtGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTc < 8:36734/149‑1 (MQ=255) gaatgatCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTc < 8:277139/143‑1 (MQ=255) ttCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTTCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGtt < 3:151512/149‑1 (MQ=255) ttCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGtt < 3:156260/149‑1 (MQ=255) cccAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCACCTG‑GGGCAGTTGCAgt < 2:299403/92‑2 (MQ=255) cccAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCACCTG‑GGGCAGTTGCAgt > 1:299403/1‑91 (MQ=255) cccAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTc < 1:318467/148‑1 (MQ=255) agcagcGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTGCCCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGgcggcg < 1:62440/117‑1 (MQ=255) agcagcGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGgcggcg > 2:62440/1‑116 (MQ=255) cTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCAt < 6:271562/149‑1 (MQ=255) aCCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGAt > 2:193158/1‑149 (MQ=255) gctgctGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGt > 7:86120/1‑115 (MQ=255) gctgctGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGt < 8:86120/115‑1 (MQ=255) gctgctGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGcc < 1:274604/147‑1 (MQ=255) gctgctGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGcc > 2:274604/1‑147 (MQ=255) gTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCtt < 8:171971/149‑1 (MQ=255) tCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCTGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTg < 2:152681/149‑1 (MQ=255) gatgatCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGcc > 7:293023/1‑149 (MQ=255) atgatCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTgg < 7:235352/146‑1 (MQ=255) cGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTAAGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCa > 7:178532/1‑149 (MQ=255) tAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGc > 7:26484/1‑149 (MQ=255) tgcaactgcaacTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCg > 6:136473/1‑147 (MQ=255) gcaactgcaactG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACGTCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAg > 3:236500/1‑149 (MQ=255) gcaactgcaactG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAg > 4:3454/1‑149 (MQ=255) gcaactgcaactG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAg > 4:111962/1‑149 (MQ=255) aactg‑cCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTgg < 2:71655/120‑1 (MQ=255) aactg‑cCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTgg > 1:71655/1‑120 (MQ=255) | GTTTTGACACTGAAGGGGTATGTGTCTAGAAAATGAAGTCCATCGGCATGACCATGCCACGGGTCGGGTGTTCCCAGCGCAGCAGCGCCTCATAACCGGTAACGCTGCTGGTCTGATGATCGACTACCGGCTGGTAGTGCAACTGCAACTG‑CCCCAGGTGCAGCGCTGTGCGCAGGTCGGTTTCCACCAGGCGGCGCTGGCGGGCGGCAACGTCCAGTTCGACATCGAAGCATTCATAACGATTACGGCCGTTACGCTTGGCCTGGTACAGCGCCATGTCAGCGTAG > NC_002947/4233528‑4233814 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |