| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 90.3% | 89.2 / 4.0 | 31 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (13/15); total (14/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
ACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTG > NC_002947/4585924‑4586198 | aCCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACCAGGG‑ACC‑CTGCCCGCCTTg > 5:338660/1‑148 (MQ=38) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATTACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGaa < 7:305564/149‑1 (MQ=38) cGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑c > 7:228284/1‑149 (MQ=39) cGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATg‑c < 2:196752/149‑1 (MQ=39) ccGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGgcgc < 3:40584/149‑1 (MQ=39) ccGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGgcgc < 5:118971/149‑1 (MQ=39) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCACTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGcccc < 2:318786/149‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑G‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGc > 7:175838/1‑149 (MQ=17) tCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 8:228284/148‑1 (MQ=39) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg > 3:158798/1‑149 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAg > 3:48892/1‑143 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAg < 4:48892/143‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 6:338567/146‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 4:308601/145‑1 (MQ=38) gctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑G‑CAGCGCC‑GCATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 8:175838/149‑1 (MQ=14) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc < 4:158798/149‑1 (MQ=38) cATTGAACGGTGGAGGATGCCCGGGGGCTTGGCCAGGTGACGCTCTTGCAGTGCGCGGGCCGGCCG‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GGGCCGGCCTTGAAGG‑CGGCGCGGCCCCGGGTAGGAGCGGGGTTACCcg < 7:77434/147‑1 (MQ=16) ttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGGGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 5:122637/149‑1 (MQ=38) ttGAAAGGTTGAGCCTGACGGGGGGCTTGGCATGGTGACTTGCTTGCTTTGATCGGGCCGGCCTGTTCGGG‑GGTAACCCCGCCCCTACCAGGGCC‑C‑GTGCCGGCGTTGAAGG‑GGGGGCTGCCCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 6:338660/149‑1 (MQ=255) aaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAAt > 1:200240/1‑107 (MQ=37) aaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAAt < 2:200240/107‑1 (MQ=37) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc < 4:329695/137‑1 (MQ=37) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAccc > 3:329695/1‑137 (MQ=37) gcgggTAAACACGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGATCGGGTTTACCCTCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCCCATCACCCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCCCACTGATCTCACGCa > 2:55274/4‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGc > 4:330082/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt > 6:230485/1‑148 (MQ=255) ccGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt > 2:141515/1‑148 (MQ=255) cGCTCCTACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc < 5:230485/149‑1 (MQ=255) tACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 1:213248/1‑149 (MQ=255) tACCAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc > 1:239200/1‑149 (MQ=255) cAGGG‑ACC‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg > 8:353156/1‑149 (MQ=255) | ACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCT‑CTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑C‑GTGCCGGCCTTGAATG‑CGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTG > NC_002947/4585924‑4586198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |