| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 344,041 | Δ1 bp | 13.7% | intergenic (+130/+59) | PP_5440 → / ← PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 344,041 | 0 | A | . | 13.7% | 213.7 / 29.8 | 73 | intergenic (+130/+59) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/30); new base . (8/2); total (41/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
GACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATT > NC_002947/343903‑344188 | gACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGt > 3:53366/1‑149 (MQ=255) gTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 2:55964/1‑149 (MQ=255) gTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 8:219998/149‑1 (MQ=255) aaGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCTATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttg < 3:244152/148‑1 (MQ=255) aGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTttgtt < 7:121354/149‑1 (MQ=39) ggTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgttg < 5:268351/149‑1 (MQ=255) ggTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt > 1:317980/1‑145 (MQ=255) ggTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 2:317980/145‑1 (MQ=255) gTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTtgttgt > 8:224781/1‑149 (MQ=255) tttGGCCCGCAGTCTGGTCCTGGCTGCTTGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTGGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑CCGGGTTTCTTGTTGTc < 5:254007/149‑1 (MQ=255) ccGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCg > 2:277386/1‑149 (MQ=255) cTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTtgttgt > 2:39523/1‑132 (MQ=38) cTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTtgttgt < 1:39523/132‑1 (MQ=38) cTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgt < 5:154351/129‑1 (MQ=255) cTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgt > 6:154351/1‑129 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgt > 4:318293/1‑128 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgt < 3:318293/128‑1 (MQ=255) tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTg > 5:189876/1‑148 (MQ=255) aTGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgttg > 1:169280/1‑128 (MQ=255) aTGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgttg < 2:169280/128‑1 (MQ=255) 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cATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAggtgg < 4:53366/148‑1 (MQ=255) aTGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGgtggtg > 3:113440/1‑149 (MQ=255) aTGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGgtggtg > 2:115548/1‑149 (MQ=255) ggCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGc > 5:197759/1‑148 (MQ=255) cgatttccTTCAGGTTGC‑GTTGTGATGTCTCGTGTTATTCGACGTCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGAAAACAAAAATCGCGCAATTG‑GAGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTATCTTTGCAACGACCAGAATGTTGTAGGTGGTGc < 8:296132/142‑1 (MQ=255) 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gTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTc > 4:320461/1‑149 (MQ=255) tgAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAGAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCgg > 1:55696/1‑91 (MQ=255) tgAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCgg < 2:55696/90‑1 (MQ=255) tctcGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGacac > 8:277107/1‑148 (MQ=255) gtgtTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCg > 5:197290/1‑132 (MQ=255) gtgtTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCg < 6:197290/132‑1 (MQ=255) cttcGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGAtttt < 3:320461/148‑1 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGa < 4:29777/135‑1 (MQ=255) ttcGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTc > 7:79213/1‑148 (MQ=255) cGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAAt > 7:17178/1‑149 (MQ=255) gACGCCGCCTTAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATc < 8:60485/149‑1 (MQ=255) 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aagaaaCCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac > 2:148315/4‑149 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac > 3:287441/1‑148 (MQ=255) aaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAg < 8:17178/149‑1 (MQ=255) ccGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCt < 4:167703/135‑1 (MQ=255) ccGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCt > 3:167703/1‑135 (MQ=255) ccGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTg > 3:95420/1‑148 (MQ=255) cACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAAtt < 8:79213/149‑1 (MQ=255) | GACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGC‑GTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAA‑AAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACGAGGTGAATT > NC_002947/343903‑344188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |