Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,289,242 | Δ1 bp | 8.0% | coding (3345/3468 nt) | PP_3761 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,289,242 | 0 | G | . | 8.0% | 156.9 / 7.5 | 50 | coding (3345/3468 nt) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/21); new base . (2/2); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
GGTGTTGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATG > NC_002947/4289102‑4289389 | ggTGTTGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTgg < 3:49517/148‑1 (MQ=255) gtgtTGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCg > 8:280060/1‑149 (MQ=255) gtgtTGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCAT‑GCCTTGGCgg > 8:188249/1‑149 (MQ=255) gtgtTGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCAT‑GCCTTGCCgg > 4:102216/1‑149 (MQ=255) ttGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTc < 5:161457/149‑1 (MQ=255) gTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATc < 1:262575/149‑1 (MQ=255) aaTTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCgg > 3:196899/1‑147 (MQ=255) cGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑cgcg < 5:147315/149‑1 (MQ=255) cGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑cgcg > 8:52113/1‑149 (MQ=255) ggCATCCAGAAACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACTCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGTCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCTCCAG‑ctcg < 1:260831/148‑1 (MQ=255) cAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGtt < 7:280060/149‑1 (MQ=255) aGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCgg > 2:153401/1‑141 (MQ=255) aGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCgg < 1:153401/141‑1 (MQ=255) ggCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTc > 4:244874/1‑148 (MQ=255) cGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGaa < 8:83383/149‑1 (MQ=255) gTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGCCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGc > 8:5652/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCTGGACGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGcc > 1:283799/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCg > 2:182865/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGt < 1:182865/149‑1 (MQ=255) gATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAg < 2:31951/139‑1 (MQ=255) gATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAg > 1:31951/1‑139 (MQ=255) aTCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCAtctc > 2:80672/1‑149 (MQ=255) ggCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCg < 7:52113/148‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGca > 8:19563/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGcatc < 7:19563/148‑1 (MQ=255) ggCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGcat < 3:244874/147‑1 (MQ=255) ccAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTTCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCatcatc < 5:107172/149‑1 (MQ=255) ccAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGcatcat > 2:11261/1‑148 (MQ=255) ccAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCatcatc < 4:196899/149‑1 (MQ=255) aGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCAc > 4:45322/1‑149 (MQ=255) tAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTc > 6:223199/1‑149 (MQ=255) aTCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGaa < 7:11490/120‑1 (MQ=255) aTCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGaa > 8:11490/1‑120 (MQ=255) aTCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTcc > 6:229438/1‑148 (MQ=255) tCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCAt > 5:58709/1‑149 (MQ=255) tCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCAt < 5:223199/149‑1 (MQ=255) aTTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCa < 6:58709/149‑1 (MQ=255) ttGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCAtcatca < 1:248867/139‑1 (MQ=255) ttGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCAtcatca > 2:248867/1‑139 (MQ=255) gCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCAT‑GCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCAc < 7:188249/148‑1 (MQ=255) gCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCAT‑GCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCAc < 3:102216/148‑1 (MQ=255) cACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAT‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCAcc < 7:5652/149‑1 (MQ=255) aCCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCAc > 1:189080/1‑147 (MQ=255) ttGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGa > 5:104444/1‑149 (MQ=255) cAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATAtcgtc < 3:45322/149‑1 (MQ=255) gTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTc > 5:269789/1‑147 (MQ=255) ccTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGgcgc > 6:282983/1‑149 (MQ=255) cTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGGGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCCCCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCt > 2:195023/1‑149 (MQ=255) ttCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTc > 5:255654/1‑149 (MQ=255) tGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATg > 6:23926/1‑149 (MQ=255) | GGTGTTGCGTTCGCTAGTCAAATTCGCTCCAGTTGCGGCAGCCAGACACGGATCAACGAGAACAGGCGGTCCAGGTCGATCGGCTTGGCCAGGTAATCATTGGCACCGGCTTGCAGGCAACGCTGCTGGTCATCCTTCATGGCCTTGGCGGTCACGGCGATGATCGGCAGTTTGCGCCAG‑CGCGGTTGCTGGCGGATCAGGCGGGTGGCCTCGAAGCCGTCCATCTCCGGCATCATCACGTCCATCAGCACCAGGTCGATATCGTCGTGCTGCTCCAGGCGCTCGATG > NC_002947/4289102‑4289389 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |