| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057:1 | +C | 44.8% | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,057 | 1 | . | C | 44.8% | 40.2 / 60.8 | 29 | intergenic (+140/+75) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/12); new base C (5/8); total (9/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
AAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCG > NC_002947/4585916‑4586201 | aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGCTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑ccgtgc < 7:308999/148‑6 (MQ=38) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGa < 7:176383/148‑1 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcgg < 5:117995/149‑1 (MQ=39) cACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcggc > 4:320784/1‑149 (MQ=39) gCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGc < 3:320784/149‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 4:13029/149‑1 (MQ=39) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt > 5:211183‑M1/93‑149 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTa < 3:55379/149‑1 (MQ=39) tgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgggctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAgg > 1:272870‑M1/90‑149 (MQ=255) tGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑c < 8:78360/112‑1 (MQ=38) tGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑c > 7:78360/1‑112 (MQ=38) gcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 3:276774‑M1/56‑1 (MQ=255) gcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg > 4:276774‑M1/89‑144 (MQ=255) ggctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 1:154665/146‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 1:147132/147‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 2:280382/146‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 7:161366/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 5:152351/147‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTACCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 8:261263/135‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTACCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg > 7:261263/1‑135 (MQ=38) gATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 5:146871/124‑1 (MQ=37) gATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg > 6:146871/1‑124 (MQ=37) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAAACCCCTACTACACGGGGC‑C‑CTGGCCGCCTTGGATTGGGCGCGGGCCCTGGTATGAGCGGGTTTTACCGCGAATAGGCCGGCCCCGCCCGCACAGCAACCCCCac > 2:232357/1‑146 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 4:159475‑M1/4‑58 (MQ=255) gGGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg < 3:297045‑M1/148‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc > 3:137538‑M1/1‑65 (MQ=255) CCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 4:137538‑M1/65‑1 (MQ=255) CCGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGTCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt < 6:122518‑M1/148‑1 (MQ=255) CGCTCCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc < 7:189828‑M1/149‑1 (MQ=255) CCTAC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCa < 2:73704‑M1/149‑1 (MQ=255) AC‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGCGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCAGCAATCTCCGCCACTCTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 6:62835‑M1/149‑1 (MQ=255) C‑CAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt < 4:54911‑M1/149‑1 (MQ=255) ggacc‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcg < 1:73704/145‑1 (MQ=255) | AAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTAC‑CAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCG > NC_002947/4585916‑4586201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |