New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4541305 | 58 (1.080) | 4 (0.080) | 4/254 | NT | 6.7% | coding (22/1503 nt) | nhaB | Na(+)/H(+) antiporter NhaB |
? | NC_002947 | = 4541332 | 55 (1.060) | coding (49/1503 nt) | nhaB | Na(+)/H(+) antiporter NhaB |
CAATGGCCGTACATGTGCCAAAAACGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATGGCCCTGAAAT > NC_002947/4541185‑4541467 | cAATGGCCGTACATGTGCCAAAAACGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCATGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTc < 3:232401‑M2/149‑2 (MQ=255) aTGGCCGTACATGTGCCAAAAACGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTcgc > 3:303844‑M2/1‑146 (MQ=255) ccAAAAACGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAgg < 3:23603/149‑1 (MQ=255) aaaaaCGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAggtg > 5:61436/1‑149 (MQ=255) aaaaaCGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAggtg < 3:28291/149‑1 (MQ=255) aaaaCGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAggtgg < 2:313141/149‑1 (MQ=255) ggACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCt > 6:294260/1‑149 (MQ=255) gACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTg > 6:115274/1‑149 (MQ=255) acggtgCGCCTTGCCTAAGACTCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGc < 8:134360/146‑1 (MQ=255) tgtgCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGCTTGTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGCTCA‑TCTGCCt > 4:34656/1‑149 (MQ=255) tgCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCAGCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑t < 8:229056/149‑1 (MQ=255) cgcCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑ttt < 3:108654/149‑1 (MQ=255) cTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTg < 5:294260/149‑1 (MQ=255) cTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCATGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTg < 4:232401/149‑1 (MQ=255) aGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTgg < 4:300824/114‑1 (MQ=255) aGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTgg > 3:300824/1‑114 (MQ=255) aGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTc < 4:111544/147‑1 (MQ=255) aGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCaa > 2:96231/1‑149 (MQ=255) gACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAAc > 3:258093/1‑149 (MQ=255) gcgTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCg > 6:164184/1‑149 (MQ=255) atCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑t > 2:238755/1‑118 (MQ=255) tCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGTTGCTCAACCCGCtgttgt > 7:248694/1‑149 (MQ=255) tCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCtgttgt < 8:248694/149‑1 (MQ=255) ccGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCtgttgt > 7:171563/1‑148 (MQ=255) ccGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCtgttgt < 8:171563/148‑1 (MQ=255) ccGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTgttgtt > 3:191852/1‑149 (MQ=255) gCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGt > 1:304506/1‑149 (MQ=255) cTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGtt < 4:191852/149‑1 (MQ=255) tGAATTATAAGGATACATATTTATGTCCCGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTg > 1:17418/1‑149 (MQ=255) tGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTg > 1:12127/1‑149 (MQ=255) tataAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGAcc > 1:269958/1‑149 (MQ=255) taAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCgg < 4:258093/149‑1 (MQ=255) taAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCg < 5:164184/148‑1 (MQ=255) gATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTgg < 6:150058/149‑1 (MQ=255) ttacttttttATGTCACGGCCCCTGTCCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGTTTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGGGTGTTTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTgg < 1:259182/142‑1 (MQ=255) atatTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACt > 3:144758/1‑149 (MQ=255) atatTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACt > 3:137550/1‑149 (MQ=255) tatTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTg > 1:37922/1‑92 (MQ=255) tatTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGACTG‑TTTTTg < 2:37922/92‑1 (MQ=255) tttATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTgg < 2:304506/148‑1 (MQ=255) cACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGaa > 4:105338/1‑149 (MQ=255) aCGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGtt < 5:131492/121‑1 (MQ=255) aCGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGtt > 6:131492/1‑121 (MQ=255) aCGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAAt > 7:229614/1‑149 (MQ=255) gCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTc < 8:229614/149‑1 (MQ=255) ccccTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCAt > 8:284427/1‑149 (MQ=255) cccTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTcgccggtcagggggcgtgacataaatatgtatccttataattcagcgatggcgcacggtgccggatatacgcgtcttaggcaaggcgcacagtcccgttttt > 5:32199‑M2/1‑39 (MQ=255) cccTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTcgccggtcagggggcgtgacataaatatgtatccttataattcagcgatggcgcacggtgccggatatacgcgtcttaggcaaggcgcacagtcccgttttt < 6:32199‑M2/141‑103 (MQ=255) cccTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCAGTATGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCAt > 1:272072/1‑149 (MQ=255) ccTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCt > 2:287946/1‑149 (MQ=255) cTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCg < 6:107177/139‑1 (MQ=255) cTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCg > 5:107177/1‑139 (MQ=255) cGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTcgccggtcagggggcgtgacataaatatgtatccttataattcagcgatggcgcacggtgccggatatacgcgtcttaggcaaggcgcacagtcccgtttttggcacatgtacggc < 4:317898‑M2/148‑117 (MQ=255) cTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCGCTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCAt > 1:57235/1‑149 (MQ=255) gCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTcgccggtcagggggcgtgacataaatatgtatccttataattcagcgatggcgcacggtgccggatatacgcgtcttaggcaaggcgcacagtcccgtttttggcacatgtacggccattgggctgg > 3:317898‑M2/1‑22 (MQ=255) ccACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATgg < 6:178008/146‑1 (MQ=255) ccACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATgg > 5:178008/1‑146 (MQ=255) ccACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGCTCA‑TCTCCCTG‑TTTTTCGTCCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTCGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATGGccc > 5:286051/1‑149 (MQ=255) cACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATGGCCCt > 3:159565/1‑149 (MQ=255) ggTTTTCTGGGCATGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGGTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATGGCCCTGaa < 1:287946/149‑1 (MQ=255) ttttCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATGGCCCTGAAAt < 2:269958/149‑1 (MQ=255) | CAATGGCCGTACATGTGCCAAAAACGGGACTGTGCGCCTTGCCTAAGACGCGTATATCCGGCACCGTGCGCCATCGCTGAATTATAAGGATACATATTTATGTCACGCCCCCTGACCGGCGCCCTCGCCCACGGTTTTCTGGGCAAGTCGCCGATTTGGTACAAGGTGGTCA‑TCTGCCTG‑TTTTTGGTGCTCAACCCGCTGTTGTTGGTAACCATTGGCCCGGTTGCGACCGGCTGGGCACTGGTGCTCGAATTCATCTTCACCCTGGCCATGGCCCTGAAAT > NC_002947/4541185‑4541467 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |