Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,368,319 | C→T | 6.9% | A131T (GCC→ACC) | greA ← | transcription elongation factor GreA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,368,319 | 0 | C | T | 6.9% | 171.1 / 2.5 | 58 | A131T (GCC→ACC) | greA | transcription elongation factor GreA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/30); new base T (2/2); total (26/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
AAACCTGGGCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATCACCTTGCCGGTGTGAGG > NC_002947/5368171‑5368463 | aaaCCTGGGCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGc < 4:297446/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACgg < 5:148366/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGTTGCCAGACGATCCCCTCGAGGGATGGCGGCCGCACGCGTCGGTCAGATGTGCCTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTACGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACgg < 6:109764/149‑1 (MQ=255) gggCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACggg > 7:7468/1‑148 (MQ=255) gggCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACggg > 8:13746/1‑148 (MQ=255) ggCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGc > 8:174362/1‑148 (MQ=255) cAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTgcgc > 8:71134/1‑149 (MQ=255) cAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTgcgc > 5:136747/1‑149 (MQ=255) ggATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCt > 6:215076/1‑149 (MQ=255) gATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTc < 3:212132/149‑1 (MQ=255) cccTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGa > 3:11509/1‑147 (MQ=255) cccTCAATGGATTGCGCCCTCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCCACCGTGCCACTAGCCCTCTTGACCACTACAGTATCACCTTCTTCATTGCCGATGAAAGCACGGGCAAAGCGTGAGCCGATCGAc > 8:113442/1‑148 (MQ=255) ccTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGTACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAg > 6:71689/1‑149 (MQ=255) ccTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGTACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAg > 6:55638/1‑149 (MQ=255) gggATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGcc > 8:68778/1‑149 (MQ=255) ggATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGccc < 4:11509/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTg < 6:136747/148‑1 (MQ=255) cgcCCGCAGGCGGCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTc < 3:239746/149‑1 (MQ=255) cccGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCAc < 3:81588/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTc < 5:205703/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTTGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCa < 7:205685/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCa < 6:330293/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGc < 5:215076/149‑1 (MQ=255) gTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCtt > 5:174895/1‑148 (MQ=255) gTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTc < 7:68778/149‑1 (MQ=255) tCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCa < 3:110337/149‑1 (MQ=255) ggTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATc < 2:257780/149‑1 (MQ=255) gTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATcc > 8:259413/1‑149 (MQ=255) tCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCt > 6:330009/1‑149 (MQ=255) tgtgCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGcc < 7:71134/148‑1 (MQ=255) cTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGa > 6:111661/1‑149 (MQ=255) cTTCACTACGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTACTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGACGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACg > 6:30952/1‑148 (MQ=255) aCTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTg < 2:260513/149‑1 (MQ=255) ttCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGc < 3:299604/137‑1 (MQ=255) ttCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGc > 4:299604/1‑137 (MQ=255) ttCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTgg > 3:89872/1‑148 (MQ=255) ttCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTgg > 4:239362/1‑148 (MQ=255) aCAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGt < 3:239362/149‑1 (MQ=255) aTCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCAc < 6:283276/149‑1 (MQ=255) tctcGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTACCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCAcc > 7:75960/1‑149 (MQ=255) ctcGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACct > 7:8862/1‑149 (MQ=255) tACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTc < 3:313079/149‑1 (MQ=255) cTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCa < 7:174362/148‑1 (MQ=255) gACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATc < 7:113442/147‑1 (MQ=255) gTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTACCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTc < 8:75960/149‑1 (MQ=255) cTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGtt > 7:223373/1‑149 (MQ=255) tAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTg > 2:186607/1‑149 (MQ=255) ggCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTg < 4:89872/147‑1 (MQ=255) gCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGcc < 6:174895/149‑1 (MQ=255) cgacgacAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACg < 8:7468/149‑1 (MQ=255) gacgacAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACgg < 6:163527/149‑1 (MQ=255) tATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTAcc > 2:44696/1‑148 (MQ=255) ccTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGaaaa > 3:328651/1‑148 (MQ=255) ccTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGaaaa > 2:115411/1‑148 (MQ=255) cttcttCCTTGCCGATGATGGTACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGTTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATc < 5:71689/149‑1 (MQ=255) cttcttCCTTGCCGATGATGGTACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATc < 5:55638/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATCACCtt < 1:115411/148‑1 (MQ=255) atgGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATCACCTTGCCGGTGTGAgg < 5:330009/149‑1 (MQ=255) atgGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATCACCTTGCCGGTGTGAg < 7:259413/148‑1 (MQ=255) | AAACCTGGGCCAGTTGCCAGAGGATCCCCTCGAGGGATGGCGCCCGCAGGCGTCGGTCAGATGTGCTTGACTTCGACAATCTCGTACTCGACCGTGCCACTAGGCGTCTTGACGACGACAGTATCACCTTCTTCCTTGCCGATGATGGCACGGGCAATGGGTGCGCCGCTCGACAGCTTGCCCTGCTTCACGTCAGCTTCATCCTCGCCAACGATCTGGTAGGTCACCTCTTCATCGGTTTCGGTGTTGGCCAGTACCACGGTGGTACCGAAAATCACCTTGCCGGTGTGAGG > NC_002947/5368171‑5368463 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |