Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,565,125 | C→T | 8.7% | R154H (CGT→CAT) | miaA ← | tRNA (adenosine(37)‑N6)‑dimethylallyltransferase MiaA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,565,125 | 0 | C | T | 8.7% | 126.7 / 2.3 | 46 | R154H (CGT→CAT) | miaA | tRNA (adenosine(37)‑N6)‑dimethylallyltransferase MiaA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/19); new base T (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.02e-01 |
GACAGTATAGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCTTGTAATAG > NC_002947/5564977‑5565271 | gACAGTATAGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATAc < 4:21705/149‑1 (MQ=255) gACAGTATAGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATAc > 2:7657/1‑149 (MQ=255) gACAGTATAGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATAc < 4:326825/149‑1 (MQ=255) aGTATAGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTg < 4:319232/149‑1 (MQ=255) tataGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGcc > 2:107525/1‑149 (MQ=255) ggCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACGTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGa > 1:278881/1‑149 (MQ=255) ggCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGa > 2:5502/1‑149 (MQ=255) ggCAAATGCCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGa > 5:149521/1‑149 (MQ=255) cgccgGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCg > 5:209074/1‑149 (MQ=255) cgGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACt < 6:278050/149‑1 (MQ=255) ggCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACtt < 6:244862/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACttag < 1:107525/149‑3 (MQ=255) cgcCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCg < 4:3119/149‑1 (MQ=255) gTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATATCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACt > 6:166649/1‑149 (MQ=255) gTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTACGGCCAACt > 1:317995/1‑149 (MQ=255) cgccgcGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTgg < 8:298217/146‑1 (MQ=255) cgccgcGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGc < 2:278881/147‑1 (MQ=255) cgccgcGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCgg < 1:7657/149‑1 (MQ=255) cgccgcGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCg < 6:149521/148‑1 (MQ=255) gcgACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTg > 2:176178/1‑147 (MQ=255) tCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGACCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCg < 1:242057/147‑1 (MQ=255) cgcgAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATATGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGc > 7:252758/1‑147 (MQ=255) cgcgAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATATGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGc > 7:257342/1‑147 (MQ=255) gcgAATTGCCGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGGCGGTCCTGGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGCCTTCGGCCAACTGGCGGTGCCGCGCGGCCAg > 7:211923/1‑149 (MQ=255) tctcGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCg > 1:56879/1‑149 (MQ=255) ctcGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGCCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCgg > 8:307001/1‑149 (MQ=255) ggcgcTCACCCGGTTTACCTCCAATGCCCGGATCTGCCGGTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCggg < 2:317995/145‑2 (MQ=255) ccgcTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGgcgcg > 4:226604/1‑149 (MQ=255) tCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCAcc > 4:273688/1‑149 (MQ=255) aCCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCaa < 5:86795/86‑1 (MQ=255) aCCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCaa > 6:86795/1‑86 (MQ=255) aCCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGt > 3:52566/1‑149 (MQ=255) cccGGTATACCTCCAATGCCCGGCTCAGCCGCTGCGGGTCATTGTGGTGGATCCGTGCCGCGGCCGCCGGGTCGACTTCGGCCAACGGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGTGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCGCGGCGCGCACCGTc < 8:211923/149‑1 (MQ=255) cccGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTc > 8:102373/1‑149 (MQ=255) cccGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTc < 1:5502/149‑1 (MQ=255) ccGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCg > 6:295516/1‑149 (MQ=255) aCCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATcggc > 1:243498/1‑149 (MQ=255) aCCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATcggc > 7:247825/1‑149 (MQ=255) tCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCCGCTAGGCGCGCACCGTCGCATCggaggc > 5:131992/1‑149 (MQ=255) cccGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCAt < 2:56879/148‑1 (MQ=255) ccGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGt > 1:35768/1‑149 (MQ=255) ggATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCg < 6:340490/149‑1 (MQ=255) aTCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATATGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCggc < 8:252758/149‑1 (MQ=255) aTCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATATGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCggc < 8:257342/149‑1 (MQ=255) gggTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCtt > 7:104247/1‑149 (MQ=255) ggTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCTTg < 2:243498/149‑1 (MQ=255) gATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCTTGTaa < 7:102373/148‑1 (MQ=255) aTACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCTTGTaa > 5:204840/1‑147 (MQ=255) tACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCTTGTAATAG < 8:104247‑M1/149‑1 (MQ=255) | GACAGTATAGGGCAAATGTCCGCCGGCGCCTGCGTCTGCGCCGCGACTTTCCGCGAATTGACGCCGACGATGAGCTGTCATGCTCTCGCCGCTCACCCGGTATACCTCCAATGCCCGGATCAGCCGCTGCGGGTCATTGGGGTGGATACGTGCCGCGGACTCCGGGTCGACTTCGGCCAACTGGCGGTGCAGCTCGGCCAGGCCCAGGGCTTCAGCCTGCGCTTCCAGCTCGGCGCGCACCGTCGCATCGGCGGCCGGCATGTCGGCCAGGCCATCGATCAACGCCTTGTAATAG > NC_002947/5564977‑5565271 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |