Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,783,955 | A→G | 7.5% | E810E (GAA→GAG) | kefA → | intermediate mechanosensitive channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,783,955 | 0 | A | G | 7.5% | 146.8 / 3.2 | 53 | E810E (GAA→GAG) | kefA | intermediate mechanosensitive channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/24); new base G (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 |
CCAACGCTGGATATCGAACAGGTCAACCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGCCTGAA > NC_002947/5783809‑5784101 | ccAACGCTGGATATCGAACAGGTCAACCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGACTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATa > 1:212876/1‑149 (MQ=255) aaCGCTGGATATCGAATAGGTCAACCAGAAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATaca > 8:242714/1‑149 (MQ=255) gCTGGATATCGAACAGGTCAACCAGCAGTCGCTGAGACTGATCCGCATGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCAGAACTGGGTGAGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTAGCCTACCTCAACAAATAAGTCCTCTACGAATacac > 2:166559/1‑147 (MQ=255) aGGTCAAGCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCTCCTGGCCCTGCTCGGAGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGcgcc < 2:212876/149‑1 (MQ=255) gTCAACCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGcgccgc > 2:212578/1‑149 (MQ=255) tCAACCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGcgccgcc > 4:329622/1‑149 (MQ=255) tCAACCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGcgccgcc > 3:188712/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCa < 4:181315/149‑1 (MQ=255) cagTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCAt > 8:242926/1‑149 (MQ=255) gCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTAc < 4:188712/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTAcc > 7:157809/1‑149 (MQ=255) cTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTAcc < 3:135485/149‑1 (MQ=255) cTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAg < 7:7541/149‑1 (MQ=255) cGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCg < 3:329622/148‑1 (MQ=255) gCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAcc < 1:212578/148‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTc > 4:200800/1‑149 (MQ=255) ggcggcTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCACAACAATTTCGTCATCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGgcgc > 2:17713/1‑149 (MQ=255) gcggcTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAGTACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAc < 7:218363/137‑1 (MQ=255) gcggcTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAGTACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAc < 7:202457/137‑1 (MQ=255) gcggcTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAGTACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAc > 8:202457/1‑137 (MQ=255) gcggcTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAGTACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAc > 8:218363/1‑137 (MQ=255) cATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTg < 8:201979/148‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCTGTACTGGCTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACACTTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCTATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGAtc < 1:166559/149‑1 (MQ=255) cGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGa > 8:166310/1‑126 (MQ=255) cGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGa < 7:166310/126‑1 (MQ=255) gCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGAtcgt < 4:227276/149‑1 (MQ=255) cTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGAtcgtcg > 7:32838/1‑145 (MQ=255) cTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGAtcgtcg < 8:32838/145‑1 (MQ=255) cTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCAt < 2:156204/149‑1 (MQ=255) tACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCa < 3:200800/148‑1 (MQ=255) gggTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGAt < 8:178267/100‑1 (MQ=255) ggTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTc < 7:242714/148‑1 (MQ=255) ggCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTgg < 8:85145/149‑1 (MQ=255) gATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAAAAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACt > 2:177600/1‑149 (MQ=255) gtgtTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAgg > 5:276263/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCtt > 4:221308/1‑149 (MQ=255) gCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAc > 1:142892/1‑84 (MQ=255) gCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGAc < 2:142892/84‑1 (MQ=255) gCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGc < 3:221308/148‑1 (MQ=255) cTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTg > 5:106757/1‑148 (MQ=255) ccTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGGCCCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGaa < 1:177600/149‑1 (MQ=255) ccTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGaa < 7:242926/148‑1 (MQ=255) tCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTa > 5:243668/1‑149 (MQ=255) aacaaTTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACt > 6:51038/1‑149 (MQ=255) caaTTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCa > 3:96429/1‑62 (MQ=255) caaTTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCa < 4:96429/62‑1 (MQ=255) gTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGGAGTACTGGTGCTGt < 6:276263/148‑1 (MQ=255) ccTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGtctc > 6:143199/1‑149 (MQ=255) tctACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGc > 3:56892/1‑149 (MQ=255) ctACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGcc > 6:16116/1‑149 (MQ=255) tACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGc < 8:157809/147‑1 (MQ=255) tACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGCCt > 5:135776/1‑149 (MQ=255) gAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGCCTGaa > 1:337739/1‑149 (MQ=255) | CCAACGCTGGATATCGAACAGGTCAACCAGCAGTCGCTGCGCCTGATCCGCCTGGCCCTGCTCGGCGGCTTCATCGCCGGCCTGTACTGGGTGTGGGCCGACCTGATCTCGGTGTTCGCCTACCTCAACAATTTCGTCCTCTACGAATACACCAGCGGCACCGGCGCCGCCGCCAGCATGGTACCGATCAGCCTCGGCGACCTGCTCGGCGCGCTGGTGATCGTCGGCATCACCTTCGCCCTGG‑CCGGCAACTTGCCAGGCTTGCTGGAAGTACTGGTGCTGTCTCGCCTGAA > NC_002947/5783809‑5784101 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |