Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,788,011 | C→T | 8.3% | R253H (CGC→CAC) | ynfL ← | DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,788,011 | 0 | C | T | 8.3% | 131.8 / 2.3 | 48 | R253H (CGC→CAC) | ynfL | DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/21); new base T (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.13e-01 |
CCGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATTGTG > NC_002947/5787863‑5788149 | ccGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgc < 4:257583/149‑1 (MQ=255) cACGCCTGACCGACCAACTGCCCTCACAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCAACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGCTGCGCTACACCACCACTTCGatgcgcaagcg > 8:26900/1‑149 (MQ=255) ccTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTgg < 7:113628/149‑1 (MQ=255) accgaccACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAac > 3:322492/1‑148 (MQ=255) accgaccACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGCACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAac < 6:96579/148‑1 (MQ=255) ccgaccACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGCGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTACGATCCGCATGCTCTGGAacga > 4:257357/1‑149 (MQ=255) ccaccTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgcgcatgcg > 1:207851/1‑136 (MQ=255) ccaccTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgcgcatgcg < 2:207851/136‑1 (MQ=255) accTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCgg > 8:6365/1‑149 (MQ=255) ccTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCgg > 6:338285/1‑148 (MQ=255) cTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACAcc > 3:280504/1‑149 (MQ=255) agTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATCACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCAGTCATCGCCTCTTCATAGAGCAACGAGCGCTACACCCCCCCTTCGAAGCGCATGCCCTGGAACCACGCCGCCAACAcc > 8:246782/2‑148 (MQ=255) aacaacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGacac > 1:38362/1‑149 (MQ=255) acaacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGTGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACAcc > 3:108440/1‑149 (MQ=255) aacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGTGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACAcccc > 5:276787/1‑149 (MQ=255) cTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCTAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCa > 5:242448/1‑149 (MQ=255) tCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGCCCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAg > 5:71572/1‑149 (MQ=255) tCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAg > 7:41591/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCgaga < 7:211435/149‑1 (MQ=255) ttGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCCACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGAc > 7:96398/1‑149 (MQ=255) ggCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGAcc < 2:38362/148‑1 (MQ=255) gCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCa < 4:280504/148‑1 (MQ=255) cATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGTGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGc < 6:276787/149‑1 (MQ=255) tGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCTCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCg < 5:254423/149‑1 (MQ=255) ccGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCgat < 4:322492/148‑1 (MQ=255) aCCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGCGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACGCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTc < 3:257357/148‑1 (MQ=255) ccACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCAt < 7:26900/149‑1 (MQ=255) cACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCGAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATc < 4:89816/149‑1 (MQ=255) cACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATgg > 2:152339/1‑144 (MQ=255) cACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATgg < 1:152339/144‑1 (MQ=255) cACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATc > 1:183024/1‑149 (MQ=255) cACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCGCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACGCCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCGGGCAACGCGGGGGCCGCCAGCCCCGCCGGGACGAGGCCGATGATggggttg > 4:37283/1‑144 (MQ=255) gcTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCACGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCt > 8:300401/1‑149 (MQ=255) tGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgc > 4:192404/1‑67 (MQ=255) tGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgc < 3:192404/67‑1 (MQ=255) 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accaccCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCaa > 8:192021/1‑149 (MQ=255) accCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCTAAATGGGGGCTGAACCCCGCATGCCGTGCCCGGCTCCGCAATtg > 4:48483/1‑149 (MQ=255) ccccTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGATACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATtgt < 5:338285/149‑1 (MQ=255) cagttCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATtgtg < 4:329252/146‑1 (MQ=255) | CCGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATTGTG > NC_002947/5787863‑5788149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |