| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,790,143 | A→T | 8.5% | intergenic (+22/+46) | ynfM → / ← PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,143 | 0 | A | T | 8.5% | 199.3 / 7.9 | 71 | intergenic (+22/+46) | ynfM/PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/36); new base T (4/2); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
CGGCGGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTC > NC_002947/5789997‑5790291 | cggcggGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCGGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCAc < 2:322782/148‑1 (MQ=255) gcgggcggGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCCTTGGCAGCGTGCTGGCGGTGGCCTTGCTGGTGGCGTTGCACCTGAGCCAGTTGCCACCCAACACGGTG‑TGATGAATTCGTGGGCACGCCCGCACCca > 7:309141/1‑149 (MQ=255) cgggGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGTTCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCCCCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAAcc > 1:222050/1‑149 (MQ=255) ggggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCt < 4:52793/149‑1 (MQ=255) gggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtg > 1:44032/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt > 3:33964/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt < 1:35987/149‑1 (MQ=255) ggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt < 1:58914/149‑1 (MQ=255) tgtTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACGACCTGTgg < 4:36715/149‑1 (MQ=255) ttCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt > 7:119756/1‑145 (MQ=255) ttCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt < 8:119756/145‑1 (MQ=255) ggCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACACCCGCACCCACAACCTGTgg < 1:61225/143‑1 (MQ=255) ggCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACACCCGCACCCACAACCTGTgg > 2:61225/1‑143 (MQ=255) gCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCggg > 3:32440/1‑149 (MQ=255) gCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCg < 8:75142/147‑1 (MQ=255) gCACCAGGGGGGCGTGAACGGGATCGGGCTTGTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCCTTCTGGTGGCGTTGCACCTTCGCAATTTGCCACCCAAAACGGTGCTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGc < 1:236429/147‑1 (MQ=255) ccAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGgcgt < 1:99192/149‑1 (MQ=39) cAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGgtgt > 4:289175/1‑148 (MQ=255) cAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGtgtg < 6:119271/149‑1 (MQ=255) aGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGa > 3:244664/1‑149 (MQ=255) tGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCACTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGAcc < 7:70853/149‑1 (MQ=255) ggCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACg < 4:32440/149‑1 (MQ=255) ggAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGaa > 1:2746/1‑147 (MQ=255) gAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGCCCACGaat < 3:132744/147‑2 (MQ=255) gAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAagag < 3:318273/149‑1 (MQ=255) aTCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCatca < 2:257622/149‑1 (MQ=255) ttCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGtt < 2:57370/148‑1 (MQ=255) cATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAaga > 7:64062/1‑130 (MQ=255) cATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAaga < 8:64062/130‑1 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtgat < 7:20551/148‑1 (MQ=255) aTTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTtgat < 8:285444/148‑1 (MQ=255) gCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtct < 2:2746/149‑1 (MQ=255) gCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGAtc < 3:289175/148‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGAc < 2:218261/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAACTTTCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTTGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAATAGGCCACCAGATCAGTTGATGATCTCGAc < 7:49909/149‑1 (MQ=255) agtGCTGGCGGGGGTTTTGATGGTGTCGGGTCACCGGAGCAAGTTGACACCCAAACCGGTG‑TGATGCATGCGTGGGCCCGCCCGCACCCACACCATGTGGGAGCGGGGGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCgc < 8:309141/146‑2 (MQ=255) tGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTgg < 6:109677/95‑1 (MQ=255) tGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTgg > 5:109677/1‑95 (MQ=255) ggTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatcca > 8:173655/1‑148 (MQ=255) ttGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACt > 1:173977/1‑149 (MQ=255) aTGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTc < 2:44032/148‑1 (MQ=255) tggtggCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTccc < 4:33964/149‑1 (MQ=255) ttGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCtcatc < 7:173655/149‑1 (MQ=255) cTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGc > 5:245315/1‑149 (MQ=255) gAGCAAGTTGCCACCAAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCAACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGAGCtt > 8:148829/1‑149 (MQ=255) aGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatccaca < 1:304262/122‑1 (MQ=255) aGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATatccaca > 2:304262/1‑122 (MQ=255) aGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCaa < 2:222050/149‑1 (MQ=255) cACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCAc > 2:144567/1‑149 (MQ=255) cACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCAc > 2:155967/1‑149 (MQ=255) aCCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCAcc > 3:243147/1‑149 (MQ=255) cAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGAGCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCCCTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGt > 7:215994/1‑149 (MQ=255) aaaCGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCa > 4:74744/1‑149 (MQ=255) tg‑tgATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCa > 6:24302/1‑149 (MQ=255) tgATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCAcc < 3:74744/149‑1 (MQ=255) aTGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCtt > 5:190974/1‑149 (MQ=255) tGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCtt < 1:144567/148‑1 (MQ=255) cATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTgg < 2:173977/148‑1 (MQ=255) aTTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTc > 3:92385/1‑149 (MQ=255) gTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGCTCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGt > 5:67129/1‑149 (MQ=37) gTGGTCACACCCGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGt > 5:185005/1‑149 (MQ=37) gTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCAGATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGt > 5:98141/1‑149 (MQ=255) tGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCAATACCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTACACAATGGTCTTGTc > 4:304587/1‑149 (MQ=255) gCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGtt < 6:190974/149‑1 (MQ=255) acacccGCTCCCACAGGTTGTGGGAGGGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCttt > 4:53384/4‑109 (MQ=38) acacccGCTCCCACAGGTTGTGGGAGGGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCttt < 3:53384/106‑1 (MQ=38) aCGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTg > 4:119499/1‑148 (MQ=255) gCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAAc < 3:149267/149‑1 (MQ=255) ccGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGt > 3:309093/1‑134 (MQ=255) ccGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGt < 4:309093/134‑1 (MQ=255) cGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGgt > 2:10269/1‑149 (MQ=255) aCCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTc < 5:24302/149‑1 (MQ=255) | CGGCGGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTG‑TGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTC > NC_002947/5789997‑5790291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |