Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,989,221 | A→T | 6.1% | intergenic (+515/‑31) | kefB‑III → / → PP_mr64 | glutathione‑regulated potassium/H+ antiporter/C4 ncRNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,989,221 | 0 | A | T | 6.1% | 195.6 / 3.0 | 66 | intergenic (+515/‑31) | kefB‑III/PP_mr64 | glutathione‑regulated potassium/H+ antiporter/C4 ncRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/30); new base T (2/2); total (34/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 |
AGCTGGGTCCTACTTCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTG > NC_002947/5989084‑5989363 | aGCTGGGTCCTACTTCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCgg < 1:176237/146‑1 (MQ=255) cTGGGTCCTACTTCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGtgtg < 4:239267/149‑1 (MQ=255) ggTCCTACTTCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGTGTGTgg < 5:295146/147‑1 (MQ=255) cTTCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGa > 7:232666/1‑149 (MQ=255) ttCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGAt > 2:310252/1‑149 (MQ=255) ccccGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGAt < 6:127634/147‑1 (MQ=255) ccGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGtga > 7:264650/1‑149 (MQ=255) aCCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑AGCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAgg > 1:239120/1‑149 (MQ=255) aCCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGGTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAgg < 8:297291/149‑1 (MQ=255) cTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGt > 7:245932/1‑149 (MQ=255) gTTCACACCACACCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGCGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATg < 4:249294/149‑1 (MQ=255) acacCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAg > 5:261790/1‑149 (MQ=255) acacCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAg > 6:126766/1‑149 (MQ=255) acCAATCCCAAGGAATTATCCTACACGACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGt > 1:177512/1‑149 (MQ=255) acCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGtt > 6:158807/1‑149 (MQ=255) aTCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGCTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGTCAGTTGTgc > 5:83263/1‑149 (MQ=255) cccAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTgcgc > 7:220610/1‑149 (MQ=255) cAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGt < 1:310252/149‑1 (MQ=255) aaGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGt > 5:163773/1‑148 (MQ=255) 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2:156567/1‑138 (MQ=255) tACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGa < 1:156567/138‑1 (MQ=255) tACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCATAACGGCAgccc > 8:85678/1‑126 (MQ=255) tACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCATAACGGCAgccc < 7:85678/129‑4 (MQ=255) acac‑acCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCa > 6:259044/1‑75 (MQ=255) acac‑acCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCa < 5:259044/75‑1 (MQ=255) cac‑acCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGcc > 6:157372/1‑148 (MQ=255) cac‑acCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGcc > 8:57307/1‑148 (MQ=255) tgtCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCt > 2:105788/1‑149 (MQ=255) tCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTTGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTg < 2:239120/149‑1 (MQ=255) gACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCg < 4:280824/104‑1 (MQ=255) gACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCg > 3:280824/1‑104 (MQ=255) gCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTtc > 2:195804/1‑149 (MQ=255) cGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCa < 8:245932/149‑1 (MQ=255) tCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCTGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGtttt < 3:16643/147‑1 (MQ=255) tCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCTGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGtttt < 3:12126/147‑1 (MQ=255) tCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCTGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGAAGTTATGGCAGTTGTGAGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACAGGCTTGCATTCTCACCTGtttt > 4:12126/1‑147 (MQ=255) tCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTc > 2:20402/1‑148 (MQ=255) tCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTc < 8:232666/148‑1 (MQ=255) tCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGCTCGCTGTCGGTTCTGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGtttt > 4:16643/1‑147 (MQ=255) cGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCTCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATCAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGATTGGCCTACCTCCTAGCCTTCACCCCGGTTTTCCAc > 6:192623/1‑149 (MQ=255) cGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCa < 1:222333/148‑1 (MQ=255) aaaGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCcgc < 7:57307/149‑1 (MQ=255) ccAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGca > 2:172884/1‑148 (MQ=255) ggCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGcaca > 5:31177/2‑148 (MQ=255) aGCTCTCGAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGGGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACaa < 5:256030/149‑1 (MQ=255) ctctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTgc > 8:126197/1‑149 (MQ=255) ctctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTgc < 1:20402/149‑1 (MQ=255) tctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGcac > 3:206643/1‑142 (MQ=255) tctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGcac < 4:206643/142‑1 (MQ=255) tctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGca < 6:163377/141‑1 (MQ=255) tctAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGca > 5:163377/1‑141 (MQ=255) tAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTGCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTgc < 8:170458/146‑1 (MQ=255) ggCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTgccg < 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cTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACg > 5:303939/1‑149 (MQ=255) cTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACg > 4:168607/1‑149 (MQ=255) gTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACggg > 3:265002/1‑149 (MQ=255) cGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGggtg < 7:292632/149‑1 (MQ=255) | AGCTGGGTCCTACTTCCCCGCGAACCATTTCCTACGTTCACACCAATCCCAAGGAATTATCCTACAC‑ACCGTGTCGACGCCCGTCTGATTGTCCGGGGAAAGCCAGCTCTCTAGGCTGACCAGGTCGCTGTCGGTTCAGCGATCGGGTGTGGAAACCCGGATGTGATGAAGGGCTGCCGTTATGGCAGTTGTGCGCGTGAGGCCGTTTGGCCTACCGGCTTGCCTTCTCACCGGTTTTCCACCCCGCGCACAACTGCCGCCTTCTGCGTGGAAACGGGTG > NC_002947/5989084‑5989363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |