| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,173,519 | T→C | 5.6% | N374D (AAT→GAT) | glmU ← | bifunctional N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,173,519 | 0 | T | C | 5.6% | 214.0 / 2.1 | 71 | N374D (AAT→GAT) | glmU | bifunctional N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/33); new base C (2/2); total (36/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
GAGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGC > NC_002947/6173374‑6173656 | gAGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGt < 6:204257/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCg < 6:100871/149‑1 (MQ=255) gtggtCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATCAACA‑CGTCTTCACCCATCACGCTCTTGAACTTCTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGCTGATGGTGCCGGCTCCGATATTGGTGCGCGCACCGAt > 6:41717/1‑149 (MQ=255) tCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCg < 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tGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCTCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCagg > 5:47425/1‑149 (MQ=255) gATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCagg > 6:270053/1‑148 (MQ=255) aTTTCCACAGGTGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCTATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCagg > 7:180566/1‑147 (MQ=255) tCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCaggtaggt > 6:232851/1‑149 (MQ=255) cacaGGCGGCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGATCA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCATGTAGGTc < 5:341622/148‑1 (MQ=255) acaGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAg > 6:319734/1‑149 (MQ=255) aGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGt < 7:174777/149‑1 (MQ=255) aGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGt < 7:24039/149‑1 (MQ=255) gcgcCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACATCGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCag > 1:218414/1‑137 (MQ=255) gcgcCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGa > 6:196337/1‑149 (MQ=255) caGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCt > 4:210693/1‑149 (MQ=255) gCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTg < 4:5224/149‑1 (MQ=255) gCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGc < 5:315387/118‑1 (MQ=39) gCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGc > 6:315387/1‑118 (MQ=39) gtgttgttCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGTTGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGc < 5:41717/147‑1 (MQ=255) ttCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCtt > 4:281151/1‑148 (MQ=255) cGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGc > 2:64447/1‑141 (MQ=255) cGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGc < 1:64447/141‑1 (MQ=255) cGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCAc > 1:209067/1‑149 (MQ=255) aaCCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCTCCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCAcc > 4:185167/1‑148 (MQ=255) aaCCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGAc < 2:231880/129‑1 (MQ=255) aaCCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGAc > 1:231880/1‑129 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(MQ=255) aCCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGCGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGtt > 2:18646/1‑149 (MQ=255) cccATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGtt > 4:134047/1‑148 (MQ=255) ccATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTc > 7:184769/1‑148 (MQ=255) cATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCaa < 6:298618/149‑1 (MQ=255) aTCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAAc < 1:24847/149‑1 (MQ=255) aCGGTCTTGAACTTGTTGGCGGCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCACCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGaa < 5:30267/149‑1 (MQ=255) aCGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGTTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCACAAGGTAGGTCAGGTGACCAGCATTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCaaag > 7:305232/1‑145 (MQ=255) aCGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACg > 5:128650/1‑147 (MQ=255) aCGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACg > 4:155556/1‑147 (MQ=255) ggTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGt > 2:112170/1‑149 (MQ=255) gTCTTGAACTTGTTGGCACCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGc < 7:27702/110‑1 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tCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTc < 5:196337/149‑1 (MQ=255) tCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTc < 8:180566/149‑1 (MQ=255) gTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCa < 3:281151/149‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCg < 7:121386/149‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCg > 2:190040/1‑149 (MQ=255) 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ggCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGc > 3:286625/1‑149 (MQ=255) gatgcCGAAATCGGTGCGCGCACCAATATCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGc > 8:131525/4‑149 (MQ=255) | GAGCCGGCTGCGGTGGTCGCGCCGGCCTTGATTTCCACAGGCGCCACCAGCGAGTTGTTCGAACCGATGAACA‑CGTCTTCACCCATCACGGTCTTGAACTTGTTGGCGCCATCGTAGTTGCAGGTGATGGTGCCGGCGCCGATATTGGTGCGCGCACCGATTTCGGCATCCCCCAGGTAGGTCAGGTGACCAGCCTTGGCCCCTTCACCCAGGTGGGCGTTTTTCAGTTCAACGAAGTTACCCACATGGGCCTTGGCGTCCAGTACGCTGCCCGGGCGCAGGC > NC_002947/6173374‑6173656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |