Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 502,690 | T→A | 6.9% | F327I (TTC→ATC) | PP_0413 → | polyamine ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 502,690 | 0 | T | A | 6.9% | 173.7 / 2.6 | 58 | F327I (TTC→ATC) | PP_0413 | polyamine ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/28); new base A (2/2); total (28/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
TGGTGTTCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACTTCGTCGCCTTCTAC > NC_002947/502544‑502836 | tGGTGTTCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGAGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTAGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTc > 7:308899/1‑149 (MQ=255) cAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCgg < 4:300027/148‑1 (MQ=255) aCCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGgtg > 7:48264/1‑149 (MQ=255) ccGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGgtg > 7:43292/1‑148 (MQ=255) ccGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGgtg > 4:187828/1‑148 (MQ=255) aGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTACCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTcc > 1:249398/1‑149 (MQ=255) cGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGc < 8:53900/149‑1 (MQ=255) gTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaacg < 6:228405/138‑5 (MQ=255) gTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaacg > 5:228405/1‑134 (MQ=255) cATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGa < 3:187828/146‑1 (MQ=255) cATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGa < 8:43292/146‑1 (MQ=255) tctcGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTAc > 6:171659/1‑149 (MQ=255) ctcGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaac < 8:103597/129‑4 (MQ=255) ctcGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGAAACTGGCgaac > 7:103597/1‑126 (MQ=255) cacaTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTgg < 3:322799/148‑1 (MQ=255) cacaTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTgg < 8:132168/148‑1 (MQ=255) cacaTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTgg > 4:322799/1‑148 (MQ=255) acaTCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGgc < 8:128157/149‑1 (MQ=255) ctgctgCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCg < 8:48264/148‑1 (MQ=255) gTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCctgc < 8:308899/149‑1 (MQ=255) aTGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGgt > 5:212427/1‑149 (MQ=255) aTGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATCTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGgt > 3:91335/1‑149 (MQ=255) tGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTAATTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTCCATGCTGgtg > 8:133308/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGgtgt > 4:97124/1‑148 (MQ=255) ccTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCa > 8:54892/1‑149 (MQ=255) cTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCct > 7:31116/1‑137 (MQ=255) cTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCct < 8:31116/137‑1 (MQ=255) ccGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATcc < 5:171659/148‑1 (MQ=255) ccGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATcc < 3:97124/148‑1 (MQ=255) gCTGTACAGCGTGATTCAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTg < 4:44351/149‑1 (MQ=255) gCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTg < 8:9236/149‑1 (MQ=255) gCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTg < 4:41561/149‑1 (MQ=255) gCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGAc > 1:152103/1‑97 (MQ=255) gCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGAc < 2:152103/97‑1 (MQ=255) cGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGt > 6:293374/1‑148 (MQ=255) gTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTta < 7:54892/149‑1 (MQ=255) tttCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCg > 4:150681/1‑149 (MQ=255) cccGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCtt > 7:89828/1‑121 (MQ=255) cccGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCtt < 8:89828/121‑1 (MQ=255) ccGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCctgct > 7:227819/1‑107 (MQ=255) ccGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCctgct < 8:227819/107‑1 (MQ=255) gCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGctgctg > 6:327597/1‑149 (MQ=255) gCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGctgctg < 2:249398/149‑1 (MQ=255) cATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTCTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTa > 8:169859/1‑149 (MQ=255) aTGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAg > 5:105619/1‑149 (MQ=255) cgtgcgGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTcc < 2:97851/149‑1 (MQ=255) cgtgcgGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTcc < 3:150681/149‑1 (MQ=255) cgtgcgGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTc < 7:169859/148‑1 (MQ=255) ggcgATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAAc > 6:165501/1‑148 (MQ=255) ccACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGCTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATACTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACt > 8:99979/1‑149 (MQ=255) aCCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACTtc < 6:105619/149‑1 (MQ=255) cccGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCg < 6:101233/89‑1 (MQ=255) ccGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATg > 6:131653/1‑135 (MQ=255) ccGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATg < 5:131653/135‑1 (MQ=255) gCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACACCCAGATGGTCAGCTACTTCGTCGccgt > 7:144874/1‑147 (MQ=255) cAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGACAGCTACTTCGTCGCCTTc > 3:23273/1‑148 (MQ=255) aGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACTTCGTCGCCTTCTa < 6:199595/149‑1 (MQ=255) gTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACTTCGTCGCCTTCTac < 5:37627/149‑1 (MQ=255) | TGGTGTTCAACCGCACAGGCGTCTACATCTCGATGGTGCACATCCTGCTGCCGTTCATGATCCTGCCGCTGTACAGCGTGATGAAGGGTATTTCCCCGAGCTACATGCGTGCGGCGATCTCGCTGGGCTGCCACCCGTTCGCCAGTTTCTGGCGGGTGTACTTCCCGCAGACTTACGCCGGTGTGGGCGCCGGTTGCCTGCTGGTGTTCATCCTTGCCATCGGTTACTACATCACCCCGGCGCTGCTGGGTAGTCCGAACGACCAGATGGTCAGCTACTTCGTCGCCTTCTAC > NC_002947/502544‑502836 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |