Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 555,765 | T→G | 10.0% | S28A (TCG→GCG) | rplN → | 50S ribosomal protein L14 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 555,765 | 0 | T | G | 10.0% | 175.8 / 10.4 | 60 | S28A (TCG→GCG) | rplN | 50S ribosomal protein L14 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base G (4/2); total (32/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
TGGGCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCCAT > NC_002947/555619‑555910 | tGGGCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCg > 2:35234/1‑149 (MQ=255) gggCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGGTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCg > 4:23766/1‑148 (MQ=255) ggCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAATGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGc < 8:60242/148‑1 (MQ=255) tGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCAccgcc > 7:242004/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCAccgcc < 6:325941/147‑1 (MQ=255) gTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGt > 8:8832/1‑149 (MQ=255) gTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGcc > 6:295676/1‑149 (MQ=255) gTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGcc > 3:182291/1‑149 (MQ=255) tCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCg < 2:323462/149‑1 (MQ=255) ccTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCg < 3:111944/148‑1 (MQ=255) cTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCgg > 3:106428/1‑148 (MQ=255) tCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTa > 6:56572/1‑149 (MQ=255) gAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccga < 6:263856/137‑2 (MQ=255) gAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccga > 5:263856/1‑136 (MQ=255) cgcgCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGt < 5:56572/149‑1 (MQ=255) gcTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGa > 6:11367/1‑148 (MQ=255) ttGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGAcatc < 1:140480/148‑1 (MQ=255) gtctaaggtctaagGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 3:23766/149‑1 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 7:8832/149‑1 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 4:106428/149‑1 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 4:182291/149‑1 (MQ=255) gTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 4:157814/149‑1 (MQ=255) tCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 4:168651/148‑1 (MQ=255) tCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAg > 1:188888/1‑149 (MQ=255) agggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTGCGAAccgccg > 6:41408/1‑116 (MQ=255) gggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGTCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAcc < 1:35234/149‑1 (MQ=255) gggctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAcc < 4:268471/149‑1 (MQ=255) gctaagggTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATAATCAAAGTAACCGt > 8:134782/1‑149 (MQ=255) gTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAcc < 5:171237/140‑1 (MQ=255) gTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAAcc > 6:171237/1‑140 (MQ=255) tCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAg < 5:11367/149‑1 (MQ=255) aaTTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTcc < 1:209445/149‑1 (MQ=255) ttCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAg > 6:161438/1‑149 (MQ=255) aCTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa > 6:130325/1‑111 (MQ=255) aCTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCaaa < 5:130325/111‑1 (MQ=255) tCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTAATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAgg < 5:295676/149‑1 (MQ=255) ccATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGc > 8:78654/1‑149 (MQ=255) cATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGcc < 7:78654/149‑1 (MQ=255) gCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAg > 3:297196/1‑149 (MQ=255) gATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGtgat > 5:21136/1‑149 (MQ=255) gATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGtga < 3:8705/148‑1 (MQ=255) tgGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGAcc > 1:253268/1‑149 (MQ=255) gATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTgt > 7:38652/1‑149 (MQ=255) gcgcTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTgtcgtc > 5:338118/1‑143 (MQ=255) gcgcTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTgtcgtc < 6:338118/143‑1 (MQ=255) gcgTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCAc > 4:76695/1‑149 (MQ=255) tCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTTGTACGTACCCGTCACGgt < 4:297196/149‑1 (MQ=255) cATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTtcgtc > 2:203710/1‑149 (MQ=255) aTCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTtcgtcg < 1:203710/149‑1 (MQ=255) aTCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTtcgtcg > 2:31678/1‑149 (MQ=255) gTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGa > 1:58951/1‑149 (MQ=255) tACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGAc > 6:82819/1‑149 (MQ=255) gtaacggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGa > 5:177303/5‑148 (MQ=255) gtaacggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGAc > 4:229858/5‑149 (MQ=255) cTCGGCGGTTCGCACCTCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTACCCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACg < 3:206850/148‑1 (MQ=255) aacggcggTGCGAACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGa < 6:177303/144‑1 (MQ=255) tCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGt > 4:149531/1‑149 (MQ=255) ggcggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGtt < 2:188888/148‑1 (MQ=255) ggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCcat > 4:109939/1‑149 (MQ=255) ggTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCcat > 4:114701/1‑149 (MQ=255) | TGGGCACTGGTTGAAGTCCTCGAACGCGCTGTTGAAGTCTAAGGGCTAAGGGTCGGAGAAATTTTATGATTCAGACTCAATCCATGCTCGATGTGGCCGATAACAGCGGCGCTCGTCGCGTCATGTGCATCAAGGTACTCGGCGGTTCGCACCGCCGTTACGCCGGTATCGGTGACATCATCAAAGTAACCGTCAAGGAAGCAATTCCGCGCGGTAAGGTCAAAAAAGGCCAAGTGATGACCGCTGTCGTCGTACGTACCCGTCACGGTGTTCGTCGCGCTGACGGTTCCAT > NC_002947/555619‑555910 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |