Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 613,444 | T→C | 7.8% | P246P (CCA→CCG) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 613,444 | 0 | T | C | 7.8% | 142.9 / 2.5 | 51 | P246P (CCA→CCG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/23); new base C (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
AGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGTTGGAC > NC_002947/613299‑613585 | aGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGc < 5:153869/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGACCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCAc > 3:284023/1‑148 (MQ=255) tGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCa < 8:301588/147‑1 (MQ=255) ttGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCtt > 7:220940/1‑149 (MQ=255) cacaTGCAGGAACTGCGGGACTTTCATGTCAAGCATGTTTCGCAGGGTGGCGATCAAGGTGTGCAGCTCTTGTCCGTCGATCCGGCCGATGTAGTTAAATCCAAGCACTTAGAACACCCTGCCTGGCACCAGAATGCCCATGGTCTAtt > 6:177501/1‑149 (MQ=255) tGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTc < 4:12558/149‑1 (MQ=255) cAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGGGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCgg < 5:329637/149‑1 (MQ=255) aGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGt > 6:306043/1‑149 (MQ=255) aGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGt < 8:220940/149‑1 (MQ=255) aGGAACTGCGGACCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGt < 4:284023/149‑1 (MQ=255) cGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGATGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTg > 1:216764/1‑142 (MQ=255) cGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGATGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTg < 2:216764/142‑1 (MQ=255) gCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCaa > 5:180323/1‑149 (MQ=255) tttCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAAttt > 2:36540/1‑149 (MQ=255) aGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCa < 5:306043/149‑1 (MQ=255) gTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAgg > 7:202965/1‑149 (MQ=255) aCGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGgcgc > 3:255032/1‑149 (MQ=255) aCGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGgcgc > 1:317016/1‑149 (MQ=255) gCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCCGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCt > 6:136228/1‑149 (MQ=255) cATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTg < 7:17830/149‑1 (MQ=255) cATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCACTTGGCGTATTCATCGGTGAGAAGGGCAATTTCCCAGGCGCATg > 6:96891/1‑149 (MQ=255) gggTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCTCGAc < 5:96891/149‑1 (MQ=255) cGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGAGCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGTGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACt < 5:177501/149‑1 (MQ=255) aTGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCtt < 2:221302/149‑1 (MQ=255) tggtggGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTACTtg > 6:252687/1‑149 (MQ=255) gtggGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTtgct < 2:317016/149‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCCGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTtgctgc < 5:136228/148‑1 (MQ=255) cGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTc < 5:114500/149‑1 (MQ=255) gATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGt < 7:74316/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTg > 5:118180/1‑149 (MQ=255) ggCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCCGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTg > 2:239055/1‑149 (MQ=255) gCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGc < 1:240209/149‑1 (MQ=255) gCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCCGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGc < 1:239055/149‑1 (MQ=255) gATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGc > 3:11161/1‑149 (MQ=255) aGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTg > 8:216562/1‑146 (MQ=255) ttCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGagag > 3:259991/1‑149 (MQ=255) ccagcccagcTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGa > 6:72859/1‑149 (MQ=255) agcccagcTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATc < 5:72859/149‑1 (MQ=255) cccagcTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCtt > 6:228074/1‑149 (MQ=255) ccagcTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTg < 4:255032/149‑1 (MQ=255) ccagcTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTg > 3:301457/1‑149 (MQ=255) ccagcTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTg > 6:159733/1‑149 (MQ=255) ctctTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCa < 4:11161/149‑1 (MQ=255) ctTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTtg > 2:314549/1‑98 (MQ=255) ctTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTtg < 1:314549/98‑1 (MQ=255) cGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTa < 4:259991/148‑1 (MQ=255) gAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGt > 2:31825/1‑149 (MQ=255) gAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGt > 7:81419/1‑149 (MQ=255) aCAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGTTg < 8:81419/149‑1 (MQ=255) gCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGTTGGAc < 6:180323/149‑1 (MQ=255) cGTGCCTGGCACCAGCATGCCCCTAGAGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGACTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGTTGGa > 7:211463/1‑147 (MQ=255) | AGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCTGCCTTCGCGCATGCTCGCGTAGGTGCGGCTGGAGAGGATCTTGGCCAGGTAGTTGGAC > NC_002947/613299‑613585 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |