| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 743,441 | C→A | 7.7% | intergenic (+120/+154) | PP_0635 → / ← PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 743,441 | 0 | C | A | 7.7% | 177.6 / 4.4 | 60 | intergenic (+120/+154) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/27); new base A (2/3); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
GATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGG > NC_002947/743294‑743582 | gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAGCCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCg > 1:236930/1‑149 (MQ=255)gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCg > 5:309895/1‑149 (MQ=255) cGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGt > 1:120799/1‑149 (MQ=255) 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accaCCGTGCGTACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCg > 4:189171/4‑149 (MQ=255) aaCCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCggg < 8:51269/149‑1 (MQ=255) ccGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGa < 1:127528/149‑1 (MQ=255) gttcGCACGGTGGTGTTAGAGGACGGAGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGaaa < 4:61456/146‑1 (MQ=255) gTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGaaa > 3:210263/1‑149 (MQ=255) aCGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACtt > 7:26730/1‑149 (MQ=255) cGGTTGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTg < 5:221558/149‑1 (MQ=255) tgAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCgcggc < 6:128607/149‑1 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTACTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑AAAAAGCGGACACACAGCGTCGTGAATTGCCGGGCAAACTACTTGGTAGCGGCgt > 6:110194/1‑149 (MQ=39) ggACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGtgtg < 2:120799/149‑1 (MQ=255) ggACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGtgtg < 4:129229/149‑1 (MQ=255) cggcggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAg < 5:144139/149‑1 (MQ=255) cggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAg > 4:262164/1‑146 (MQ=255) gggTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCTTCTATGTGTTGTTTTCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 1:280500/149‑1 (MQ=255) gggTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 6:309895/149‑1 (MQ=255) gggTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 3:327533/149‑1 (MQ=255) gtgtGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTTGTTTCCCCGATATGTAAAGCAACATACGGTTGCTTA‑ACTTACCGGAAACACACCTTCTTGACTTACAGGGAAAAATAATTTGTAGAGGCGtttgataca > 1:237442/1‑141 (MQ=255) aTCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAg < 5:15987/149‑1 (MQ=255) gCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGa < 5:276730/149‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGtt > 5:237532/1‑148 (MQ=255) aCTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGa > 1:225249/1‑149 (MQ=255) aCTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGa > 1:323965/1‑149 (MQ=255) aCTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGa > 1:329104/1‑149 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGt > 7:133752/1‑149 (MQ=255) ttGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGTCTGTAGGGGAGCGGTGACAgagt > 8:310293/1‑146 (MQ=255) gcgAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgt < 4:289728/110‑1 (MQ=255) gcgAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGt > 5:308642/1‑149 (MQ=255) gAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTTCCCGCTATGTGAAGCAAACTTCGGTTGCGTT‑AAATAGCGGACACACAGCGTAGTGAATTGCAGGGGAAACTAATTGGTCGCGGCGTGTGGAGAAGATCATGTAGGGGAGCGTTGAAAGTTGCGGtt > 2:158652/1‑148 (MQ=255) aaTCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCa < 3:189171/149‑1 (MQ=255) cc‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTgg < 8:133752/149‑1 (MQ=255) tgtgtgCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCgg > 4:327128/1‑149 (MQ=255) tccGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTC‑ACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGc > 3:36402/2‑149 (MQ=37) aaGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGt < 5:347610/148‑1 (MQ=255) aaGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGt < 4:261780/148‑1 (MQ=255) gCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGt < 6:308737/112‑1 (MQ=255) gCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGt > 5:308737/1‑112 (MQ=255) aaCCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGGCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGGGGTTTCAAGCTAGATTGGCGGTCACGGTAAGCCGAGTGAgg > 6:266627/1‑148 (MQ=255) | GATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCC‑TTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTT‑ACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGG > NC_002947/743294‑743582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |