Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,024,469 | G→A | 7.3% | S226S (AGC→AGT) | opdP ← | glycine‑glutamate dipeptide porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,024,469 | 0 | G | A | 7.3% | 159.9 / 2.8 | 55 | S226S (AGC→AGT) | opdP | glycine‑glutamate dipeptide porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGAGGGCAGGGCGCGGTTGCCGATG > NC_002947/1024326‑1024616 | tCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCACTGTa > 3:265071/1‑149 (MQ=255) acaTGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCg < 3:152893/149‑1 (MQ=255) acaTGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCg > 5:233852/1‑149 (MQ=255) caTGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACGTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCg > 1:236503/1‑148 (MQ=255) gTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCACTGTACTCGCTGCGGAAc < 4:265071/148‑1 (MQ=255) ttGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGGCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACtt < 5:16632/149‑1 (MQ=255) ggCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTg < 5:18161/148‑1 (MQ=255) gcCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCt > 2:251969/1‑147 (MQ=255) taCTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTc > 8:276627/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGt < 8:130338/147‑1 (MQ=255) gTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTAc > 5:329452/1‑149 (MQ=255) aGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTTCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGc < 6:133044/149‑1 (MQ=255) aGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGc > 5:100013/1‑149 (MQ=255) aaGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCACTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGc > 6:225045/1‑147 (MQ=255) tCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGAcgcg > 3:120054/1‑149 (MQ=255) gACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGt < 6:233852/149‑1 (MQ=255) ggtggCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAg < 4:120054/148‑1 (MQ=255) gCGTTCTGGGTGGTACTCAGGGTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCGGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGct < 4:258656/113‑1 (MQ=255) gCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGcc > 5:252069/1‑149 (MQ=255) gCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCAAGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGct > 3:258656/1‑113 (MQ=255) gTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGcc > 3:229836/1‑147 (MQ=255) cAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGt < 6:333085/149‑1 (MQ=255) gCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGa > 7:260543/1‑149 (MQ=255) gCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGAGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGa > 8:78013/1‑149 (MQ=255) cTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGAt < 1:251969/149‑1 (MQ=255) gTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAg > 8:32519/1‑132 (MQ=255) cTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCACTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAg < 5:225045/149‑1 (MQ=255) tCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGt < 1:244022/138‑1 (MQ=255) tCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGt > 2:244022/1‑138 (MQ=255) aGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGtt > 6:45037/1‑149 (MQ=255) gCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACg < 3:33294/105‑1 (MQ=255) gCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACg > 4:33294/1‑105 (MQ=255) gCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCTAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGt < 7:78013/149‑1 (MQ=255) ctctTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTc < 6:100013/149‑1 (MQ=255) aaCGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAAtt > 4:234483/1‑148 (MQ=255) aCGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCa < 6:329452/149‑1 (MQ=255) cTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAgtgc > 5:223354/1‑149 (MQ=255) cTGGTAGTTGATGACGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTGGTCGAATTCAgagc > 3:198772/1‑149 (MQ=255) tGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTg > 3:73213/1‑135 (MQ=255) tGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTg < 4:73213/135‑1 (MQ=255) gTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCtg < 3:252883/148‑1 (MQ=255) tAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCtgtg < 7:276627/149‑1 (MQ=255) ccGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAAcgc < 3:234483/149‑1 (MQ=255) cggTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGccc < 8:260543/149‑1 (MQ=255) ggCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCg > 2:41549/1‑64 (MQ=255) ggCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCg < 1:41549/64‑1 (MQ=255) ggCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGc > 1:153989/1‑149 (MQ=255) gCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCt > 7:42514/1‑149 (MQ=255) ggtcggtTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGTGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGag < 6:223354/149‑1 (MQ=255) tcggtTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGaggg > 5:94506/1‑149 (MQ=255) tttCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGac > 2:27384/1‑75 (MQ=255) tttCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCt < 1:99057/132‑1 (MQ=255) tttCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCt > 2:99057/1‑132 (MQ=255) tttCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGagggcagg > 3:201866/1‑149 (MQ=255) cGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGAGGGCAGGGCGCgg < 2:236503/149‑1 (MQ=255) gcgcTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGAGGGCAGGGCGCGGTTGCCGa < 5:45037/148‑1 (MQ=255) gcgcTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGAGGGCAGGGCGCGGTTGCCGAt < 6:94506/149‑1 (MQ=255) cgcTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGAGGGCAGGGCGCGGTTGCCGATg < 2:153989/149‑1 (MQ=255) | TCGCCGAGCACATGGTTGGCGCCGAAGTAGTACTGGTTCCAGAAGTCCTCGACCTTGGTGGCGTACAGGCTGGTACTCAGGCTCTTGAACGGCTGGTAGTTGATGCCGGCGGTGCTGGCACGGTCGGTTTCCACGCCGGTGGCGCTGTACTCGCTGCGGAACTTGCTGAGGCTCTGTTCGGTACGTGGCGAGACGCGGTCGAAGGTGCCCAGGTCGATGCTGAGGTTGTCGAATTCAGCGCTGTGCAGGAACGCGCCCTGGAAGCTCGAGGGCAGGGCGCGGTTGCCGATG > NC_002947/1024326‑1024616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |