Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,468,849 | G→A | 9.1% | L432F (CTC→TTC) | algK ← | alginate biosynthesis protein AlgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,468,849 | 0 | G | A | 9.1% | 154.4 / 4.5 | 55 | L432F (CTC→TTC) | algK | alginate biosynthesis protein AlgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/19); new base A (3/2); total (34/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
GTCTACTTCTTTTTCGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCTGCCCGC > NC_002947/1468706‑1468992 | gTCTACTTCTTTTTCGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGGTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAgctgct < 8:213073/149‑1 (MQ=255) cTACTTCTTTTTCGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGCCGAActgctg > 7:316292/1‑148 (MQ=255) aCTTCTTTTTCGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAACTGCTgcag > 4:287192/1‑149 (MQ=255) ttcttTTTCGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 4:3829/1‑147 (MQ=255) gtcgtcTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAACTGCTGCAGCAGCTCgacc < 3:287192/148‑4 (MQ=255) gtcgtcTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGCCGAACTGCTGCAGCAGCTCgacca < 8:316292/149‑5 (MQ=255) tcgtcTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTGCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGctgctg < 6:156410/134‑1 (MQ=255) tcgtcTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGctgctg > 5:156410/1‑134 (MQ=255) tcgtcTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGa > 1:1926/1‑149 (MQ=255) ttGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTgcg < 5:275462/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTgcg > 6:275462/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTgcgg < 4:324341/148‑1 (MQ=255) gCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGCTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTgc < 1:31821/146‑1 (MQ=255) gtcTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTAGCGCCCTGCGCCACCCTGCCGCGTGCACGCGTTACCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCAGGTGGCCCTCCTCAGCTGTCAGG‑AGATGGTCGAGCTGATGCAGCAGTGCGTCTGATAgcggcggcg > 6:191247/3‑149 (MQ=255) gAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTg < 7:277705/148‑1 (MQ=255) aGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGc < 2:1926/149‑1 (MQ=255) cAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCg > 6:333929/1‑149 (MQ=255) gTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAg < 5:314965/149‑1 (MQ=255) ttCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGc > 6:338524/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 8:140062/1‑101 (MQ=255) gcgcCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTgcag < 7:140062/101‑1 (MQ=255) cgcCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGaa > 4:49539/1‑148 (MQ=255) gcCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTgcag > 6:314187/1‑99 (MQ=255) gcCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAaca < 1:34996/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGc > 6:304549/1‑99 (MQ=255) cAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGc < 5:304549/99‑1 (MQ=255) tGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGccc > 3:189353/1‑149 (MQ=255) gCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCg > 3:77997/1‑149 (MQ=255) ccGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGccc < 3:3829/147‑1 (MQ=255) cgcgTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGt < 5:333929/149‑1 (MQ=255) gCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTgcgg > 5:106267/1‑149 (MQ=255) aCGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTgg > 5:124615/1‑118 (MQ=255) aCGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTgg < 6:124615/118‑1 (MQ=255) aCGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTgcgggc > 5:304068/1‑149 (MQ=255) aCGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTgcgggc > 3:298312/1‑149 (MQ=255) gCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTgcgggcg > 4:35265/1‑148 (MQ=255) ttttCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGTGTGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGa > 1:85021/1‑149 (MQ=255) tGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTg > 8:266299/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTgg < 3:35265/148‑1 (MQ=255) tCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGcc > 3:230051/1‑149 (MQ=255) gcagTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTgcgggcg < 6:161318/133‑1 (MQ=255) gcagTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTgcgggcg > 5:161318/1‑133 (MQ=255) gcagTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCg < 5:332094/149‑1 (MQ=255) cagTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGc > 7:253818/1‑149 (MQ=255) gCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTg < 6:106267/149‑1 (MQ=255) gcTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCa > 5:46262/1‑149 (MQ=255) aGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGt < 4:189353/148‑1 (MQ=255) aGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGATGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGt > 5:64250/1‑148 (MQ=255) aGT‑TGCTAGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGtt > 4:230404/1‑149 (MQ=255) gT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTc > 5:20261/1‑149 (MQ=255) t‑tGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCt > 1:140559/1‑149 (MQ=255) tGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCTGctc > 7:49371/1‑147 (MQ=255) ggTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCTGCCCg > 7:13622/1‑149 (MQ=255) gccGAACTGCTGCAGCAGCTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCTGCCCGc > 1:244679/3‑149 (MQ=255) gTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCTGCCCGc < 3:230404/149‑1 (MQ=255) cGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAAc > 2:144733/1‑110 (MQ=255) | GTCTACTTCTTTTTCGTCGTCTTGCAGGGCTTCGAGGGCCAGGGTGCTATTCGCGCCCTGCGCCAGGCTGCCGCGTGCACGCTTTTCCTGGTCCAGCAGTTGCTGGGCCTGGTTGCGCTGATCAGGTGTCAGT‑TGCTGGTCGAGCTGCTGCAGCAGTTCGGCTGATTGCGGCGTCGGGTTGGCCTGCGACAGCTGGGCGAACACCCAGGCGTTGCCCGGTTGCGGGCGGATGCCGTGGCCCTCGCTGAACAGCTGGGCCAGGGCATAGTCGGCGCTGTTCTGCCCGC > NC_002947/1468706‑1468992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |