Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,585,139 | A→T | 8.0% | intergenic (‑126/‑250) | PP_1388 ← / → PP_1389 | EmrB/QacA family drug resistance transporter/oxaloacetate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,585,139 | 0 | A | T | 8.0% | 144.9 / 3.4 | 50 | intergenic (‑126/‑250) | PP_1388/PP_1389 | EmrB/QacA family drug resistance transporter/oxaloacetate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/22); new base T (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
GGGCAGGGCGGCGGTCACGGGAATACCTTGTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGC > NC_002947/1584996‑1585287 | gggCAGGGCGGCGGGCACGGGAATACCTTGTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGgc < 2:140433/149‑1 (MQ=255) cACGGGAATACCTTGTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCTGAGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGt > 1:271623/1‑148 (MQ=255) cACGGGAATACCTTGTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGtgc > 1:143507/1‑149 (MQ=255) ccTTGTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCt < 2:143507/148‑1 (MQ=255) tATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGtt > 7:220499/1‑149 (MQ=255) aTGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTg > 7:171456/1‑149 (MQ=255) tGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTg < 8:220499/148‑1 (MQ=255) ccTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCca > 3:75406/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGat < 5:168008/131‑1 (MQ=255) tCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGat > 6:168008/1‑131 (MQ=255) aGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGaaa > 1:338528/1‑149 (MQ=255) gCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCTTTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCgt > 5:199856/1‑148 (MQ=255) gCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCTTTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCgg > 5:204603/1‑149 (MQ=255) ctctCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCggg < 1:39432/149‑1 (MQ=255) ctcACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGt < 3:183426/123‑1 (MQ=255) ctcACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGt > 4:183426/1‑123 (MQ=255) tcACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCgg < 5:229165/145‑1 (MQ=255) tcACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCgg > 6:229165/1‑145 (MQ=255) acaGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTg > 1:277706/1‑149 (MQ=255) caGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGc < 2:277706/149‑1 (MQ=255) aGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCa > 8:52227/1‑149 (MQ=255) aGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCa > 1:79727/1‑149 (MQ=255) gAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACaga > 1:138433/1‑127 (MQ=255) gAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACaga < 2:138433/127‑1 (MQ=255) aGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCAc > 6:210188/1‑147 (MQ=255) cccT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAgg < 6:222085/149‑1 (MQ=255) cT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGtt < 2:271623/149‑1 (MQ=255) ggATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCTTTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGt < 6:199856/149‑1 (MQ=255) ggATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTg < 5:210188/147‑1 (MQ=255) ggATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTg < 7:52227/147‑1 (MQ=255) aTTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCTTTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGt < 6:204603/147‑1 (MQ=255) aCCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAACCTGGTgcaagcc < 6:294067/148‑5 (MQ=255) cTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATAtt > 4:99283/1‑149 (MQ=255) gCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttt < 2:276297/148‑1 (MQ=255) cTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttttt < 2:79727/149‑1 (MQ=255) cTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGtttt > 8:110865/1‑148 (MQ=255) cTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttt < 8:220709/143‑1 (MQ=255) cTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttt > 7:220709/1‑143 (MQ=255) tGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCg > 3:125340/1‑149 (MQ=255) tACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCt < 4:75406/149‑1 (MQ=255) tACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCt > 6:189620/1‑149 (MQ=255) cTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTACAGTCCGCTGtatc > 1:84349/1‑149 (MQ=255) cATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAg < 8:315548/102‑1 (MQ=255) cATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTccc < 7:110865/147‑1 (MQ=255) aTCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCAGCTGTCTCCcaca > 6:299733/1‑149 (MQ=255) cccTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTATTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCt > 4:209081/1‑149 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTgca < 4:288482/105‑1 (MQ=255) cTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTgca > 3:288482/1‑105 (MQ=255) cAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTc < 2:338528/149‑1 (MQ=255) gCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgcct > 4:255108/1‑149 (MQ=255) aTTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgcctgc < 8:171456/149‑1 (MQ=255) | GGGCAGGGCGGCGGTCACGGGAATACCTTGTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCT‑CGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCAT‑GGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGC > NC_002947/1584996‑1585287 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |