Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,715,273 | C→T | 7.7% | G73G (GGC→GGT) | PP_1510 → | carboxyvinyl‑carboxyphosphonate phosphorylmutase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,715,273 | 0 | C | T | 7.7% | 145.8 / 2.2 | 52 | G73G (GGC→GGT) | PP_1510 | carboxyvinyl‑carboxyphosphonate phosphorylmutase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/26); new base T (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.12e-01 |
CCCGTGGGATGCCGGCTCCGCCAAGTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGCCGCAGT > NC_002947/1715129‑1715420 | cccGTGGGATGCCGGCTCCGCCAAGTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCgaga < 7:143767/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGCTCCGCCAAGTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGAt < 7:155053/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCgcgc > 6:119030/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGc > 1:326083/1‑121 (MQ=255) gTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGc < 2:326083/121‑1 (MQ=255) ggcAGCCTGGGTTTCGAGTCACTGGCTACGACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACTATGCCGGCGAGATCGTCGATGCGACGGCGCTTCCGGTGgccgc < 8:57092/147‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGgccgc < 6:34844/149‑1 (MQ=255) ccagggTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTAAGCATGGGCCTGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGACATCGTCGATGACACCGCGCTGCCGCTGGCCGCCGATc > 5:342586/4‑149 (MQ=255) ccTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGTGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATc > 5:306362/1‑149 (MQ=255) ccTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGTGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATc > 5:301234/1‑149 (MQ=255) tGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTg > 5:302021/1‑149 (MQ=255) tgTTTCTAGTCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGTCCTTCAGCCTGTGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATTCCACCGCGCTGCCGTTGGCCGCCGATCTg < 6:342586/146‑1 (MQ=255) ggTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGTGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTg < 6:306362/147‑1 (MQ=255) ggTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGTGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTg < 6:301234/147‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCTACCCCCAGTGCAGGCCTGGCCTTCATCCTGGGCCGGCCGGACGCCTAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGc < 6:191294/149‑1 (MQ=255) aGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGc > 5:95271/1‑149 (MQ=255) gCACTGACTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCtt > 7:150426/1‑149 (MQ=255) aCTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTg > 4:35075/1‑149 (MQ=255) cTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTgg < 3:167556/149‑1 (MQ=255) tGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTg < 5:195293/122‑1 (MQ=255) tGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCATTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTg > 6:195293/1‑122 (MQ=255) gCTACCACCAGTGCTGGCCTGGCCTTCTGCCTGTGCCGGCCGTACGCCGAATGCGCCTTGAGGCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCTTCTATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACTGCTTTGGCGa < 4:28490/149‑1 (MQ=255) gCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGa > 5:207118/1‑149 (MQ=255) cTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGAc < 6:243423/149‑1 (MQ=255) caccaGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTCGACAAGGCCGGCAAAATCGACGTTGCCCCCGCGCTCCGGGTGGCGGCCGTGATGCAAAACGGCTTTGGCGAATTGc > 3:130689/1‑149 (MQ=255) ccaGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGccc > 2:149988/1‑149 (MQ=255) cctggcctTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACtgtg < 1:149988/149‑1 (MQ=255) cctggcctTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACtgtg < 5:119030/149‑1 (MQ=255) ctggcctTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGc > 1:108773/1‑149 (MQ=255) gCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCAt > 2:1948/1‑148 (MQ=255) cTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCt < 5:60139/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCt > 1:304062/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCt < 6:207118/149‑1 (MQ=255) ggccggccGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGc < 6:302021/148‑1 (MQ=255) gACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGccgccg > 8:212486/1‑148 (MQ=255) gCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAAt > 2:177585/1‑149 (MQ=255) aaGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGc > 8:233128/1‑149 (MQ=255) aaGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGc < 1:1948/149‑1 (MQ=255) ggtccttgatccttgaCGATACGCTGGACAATGCCGGCGATATCGTCGATGCCAGCGCGCTGACGGTGGCCGCAGATGTGGAAATCGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGGGTGCCGCCGAAATTGGGCtg < 6:95271/146‑1 (MQ=255) cgcCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTg < 7:102728/143‑1 (MQ=255) cgcCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTg > 8:102728/1‑143 (MQ=255) gccttgaCGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGggcggc < 1:177585/149‑1 (MQ=255) ttgaCGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTc > 3:205211/1‑148 (MQ=255) gaCGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCa < 3:35075/148‑1 (MQ=255) aCGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCGAt < 3:243823/148‑1 (MQ=255) gATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGa < 2:236346/149‑1 (MQ=255) aTACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGaa < 8:150426/149‑1 (MQ=255) cTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGc > 3:83632/1‑149 (MQ=255) tGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGc > 7:135465/1‑148 (MQ=255) aaggCCCGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGATATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCg < 3:8119/133‑1 (MQ=255) tGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGcc > 5:188143/1‑149 (MQ=255) tGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGcc < 2:304062/149‑1 (MQ=255) gCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGCCGCAGt < 6:59/149‑1 (MQ=255) gCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGCCGCAGt > 5:59/1‑149 (MQ=255) cGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGCCGCAGt > 8:151449/1‑148 (MQ=255) | CCCGTGGGATGCCGGCTCCGCCAAGTTGCTCGCCAGCCTGGGTTTCGAGGCACTGGCTACCACCAGTGCAGGCCTGGCCTTCAGCCTGGGCCGGCCGGACGCCGAAGGCGCCTTGAGCCTTGACGATACGCTGGACAATGCCGGCGAGATCGTCGATGCCACCGCGCTGCCGGTGGCCGCCGATCTGGAAAACGGCTTTGGCGACTTGCCCGAAGACTGTGCCCAGACCATTCTGCGTGCCGCCGAAATTGGCCTGGTGGGCGGCTCCATCGAAGATGCCAGTGGCCGCAGT > NC_002947/1715129‑1715420 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |