Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,789,596 | C→T | 9.2% | A105V (GCC→GTC) | cdsA → | CTP:phosphatidate cytidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,789,596 | 0 | C | T | 9.2% | 149.9 / 3.7 | 54 | A105V (GCC→GTC) | cdsA | CTP:phosphatidate cytidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/26); new base T (3/2); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GCCTATGCAGCGGTGGTCGCGGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTC > NC_002947/1789451‑1789744 | gCCTATGCAGCGGTGGTCGCGGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAg > 3:3013/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGGTGGTCGCGGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCgg > 3:34462/1‑149 (MQ=255) cGGTGGTCGCGGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTAGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGt > 8:271673/1‑149 (MQ=255) gtCGCGGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGgtt > 1:139127/1‑149 (MQ=255) gcgGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGgttgtt > 2:104640/1‑149 (MQ=255) gcgGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGgttgtt < 8:132376/149‑1 (MQ=255) gcgGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGgttgt < 2:203273/148‑1 (MQ=255) cgGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTAGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGttgttg < 7:271673/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCGCCGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATc < 1:71005/149‑1 (MQ=255) gcgcTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCgg > 2:35240/1‑149 (MQ=255) cgcTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGc < 4:34462/149‑1 (MQ=255) ctgctgcACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGgt < 2:191766/149‑1 (MQ=255) tgctgcACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGgtg > 7:248854/1‑149 (MQ=255) gcACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTtgc > 3:74221/1‑149 (MQ=255) cacaTCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTtgct < 1:104640/149‑1 (MQ=255) cTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGCCCTGTGGGTCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGc > 5:221453/1‑149 (MQ=255) ttCCGGAACTGGCGCCCTGGCTGCTGGGCGCTGCCGTGAACTGGAGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCACCAGCGACCTGTGCGCCAGTGCGGCCTGACGGGTCTTGATCGGCATGCTGGTGTTGCTGCCGGc > 6:10143/1‑148 (MQ=255) ccGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGcc < 6:8443/147‑1 (MQ=255) ccGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTg > 5:323861/1‑149 (MQ=255) cGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTg < 7:285540/148‑1 (MQ=255) cgcCCTGGGTGCTGGGCGCTGGCGTGATCTGGTGGGGGCGGGCCTGCTGGCTGGTGCTTACCTAGCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCGTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTTCCGGCCTGGCAAGGGCTg < 5:10143/149‑1 (MQ=255) ccTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGtg > 4:180449/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCa > 4:26429/1‑149 (MQ=255) gcTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGACCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTg < 4:3013/149‑1 (MQ=255) ccGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGTCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGccc < 4:107801/149‑1 (MQ=255) ccGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGccc > 5:177009/1‑149 (MQ=255) gggATCTGGGGGGGGCGTGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTTATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCtt < 8:237378/147‑1 (MQ=255) gtggGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTggg < 1:35240/144‑1 (MQ=255) gtggGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCaa < 6:177009/147‑1 (MQ=255) gtggGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACt > 8:236923/1‑149 (MQ=255) ggggCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGc < 7:236923/149‑1 (MQ=255) ggggCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGc < 3:180449/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGa < 4:74221/149‑1 (MQ=255) cTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGAt < 2:76124/149‑1 (MQ=255) cACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGTCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTgg > 5:19845/1‑139 (MQ=255) cACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGTCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTgg < 6:19845/139‑1 (MQ=255) cACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGt > 6:243519/1‑149 (MQ=255) tggTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTgg > 8:2897/1‑123 (MQ=255) tggTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTgg < 7:2897/123‑1 (MQ=255) tggTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATg > 3:281132/1‑149 (MQ=255) gggggCTTACCTACCCG‑CGGAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTTGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTGGGTCATg < 8:248854/145‑1 (MQ=255) gttcctaccCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCt < 6:140863/111‑1 (MQ=255) acctaccCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAg < 2:119446/102‑1 (MQ=255) acctaccCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAg > 1:119446/1‑102 (MQ=255) ctaccCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGgtgt > 4:156171/1‑149 (MQ=255) cccG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCTGTGCGGCGTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGtgtg < 6:226142/147‑1 (MQ=255) ccG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGTCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGgc > 4:129067/1‑149 (MQ=255) gcagcaGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGgccgcc < 2:139127/149‑1 (MQ=255) gcagcaGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGGGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGgccgcc < 6:323861/149‑1 (MQ=255) cagcagCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGgccgcc > 2:166487/1‑148 (MQ=255) agcagcGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGa > 3:276880/1‑149 (MQ=255) tgGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACt > 2:54552/1‑82 (MQ=255) tgGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACt < 1:54552/82‑1 (MQ=255) tgGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTa > 5:322188/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTtc > 1:135337/1‑149 (MQ=255) | GCCTATGCAGCGGTGGTCGCGGGGGCGCTGATGCTGCTGCACATCCTTCCGGAACTGGCGCCCTGGGTGCTGGGCGCTGCCGTGATCTGGTGGGGGCTGGCCACCTGGCTGGTGCTTACCTACCCG‑CGCAGCAGCGACCTGTGGGCCAGTGCGGCCTGTCGGTTGTTGATCGGCCTGCTGGTGTTGCTGCCGGCCTGGCAAGGGCTGGTGCTGCTCAAGCACTGGCCCTTGGGCAACTGGCTGATCCTGTCGGTCATGGTGCTGGTGTGGGCCGCCGACATCGGTGCGTACTTC > NC_002947/1789451‑1789744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |