Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,892,225 | C→A | 9.0% | P156Q (CCG→CAG) | PP_1697 → | transcriptional regulator, GntR family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,892,225 | 0 | C | A | 9.0% | 165.4 / 4.9 | 55 | P156Q (CCG→CAG) | PP_1697 | transcriptional regulator, GntR family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/25); new base A (2/3); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
TCGAGTCGCTGCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTTGCTGCAA > NC_002947/1892078‑1892364 | tCGAGTCGCTGCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCg < 3:179914/149‑1 (MQ=255) tCGAGTCGCTGCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCg < 5:344615/149‑1 (MQ=255) gAGTCGCTGCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCgct > 3:190341/1‑149 (MQ=255) gTCGCTGCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGACGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGTAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCGGAAGACAGCTGGCTGCCGCGCCAAACCTGCCAGCCgctgc > 8:298008/1‑149 (MQ=255) gCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCAGCGGCTGGaag < 7:118192/149‑3 (MQ=255) ccGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGAc < 6:333739/147‑1 (MQ=255) ggCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTgg < 7:67076/149‑1 (MQ=255) cTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTACTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGt < 1:300852/142‑1 (MQ=255) cTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTACTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGt > 2:300852/1‑142 (MQ=255) ttCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGTTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTg > 2:274408/1‑148 (MQ=255) ttCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCt < 5:25248/147‑1 (MQ=255) ttCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCt > 6:25248/1‑147 (MQ=255) tGGGCGAGGCATTGGGGGTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGGTGCCGCGCGAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAg < 5:46621/149‑1 (MQ=255) ggCCGAGTCATTGGGCCTGTCAGGGGATGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAgg < 7:298008/149‑1 (MQ=255) gAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATc < 6:167081/133‑1 (MQ=255) gAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAAACTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATc > 5:167081/1‑133 (MQ=255) aTTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCgctgc > 1:75847/1‑149 (MQ=255) ttGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCgctgct > 8:302709/1‑149 (MQ=255) ccTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTAcc < 2:75847/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTAccc > 5:106376/1‑149 (MQ=255) aGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATc > 2:316165/1‑148 (MQ=255) aGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGTTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGaa < 1:274408/149‑1 (MQ=255) aGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTgg > 3:189121/1‑104 (MQ=255) aGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTgg < 4:189121/104‑1 (MQ=255) ccGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGt > 2:295720/1‑148 (MQ=255) cGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGt > 3:130006/1‑147 (MQ=255) cGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGc > 6:3743/1‑149 (MQ=255) gCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAggtg < 7:199594/143‑1 (MQ=255) gCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAggtg > 8:199594/1‑143 (MQ=255) gCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGc < 4:130006/148‑1 (MQ=255) acacGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTa > 6:33955/1‑149 (MQ=255) acGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACg < 6:99841/149‑1 (MQ=255) acGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACg > 5:99841/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCga < 7:28874/146‑1 (MQ=255) cTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCAGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACTTGGATCTGAACAGCGTGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCgaa < 4:286143/147‑1 (MQ=255) tCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCgaaga > 1:171756/1‑148 (MQ=255) ggCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGaaa < 7:302709/148‑1 (MQ=255) ccAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACACGATCTACGAAgcc > 6:163604/1‑108 (MQ=255) ccGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAAcc > 2:333058/1‑141 (MQ=255) ccGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAAcc < 1:333058/141‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGAccgc < 1:316165/149‑1 (MQ=255) cGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTc > 3:250827/1‑148 (MQ=255) aTCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGt < 2:171756/149‑1 (MQ=255) gCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCAt < 5:33955/148‑1 (MQ=255) tGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAAcc > 3:26537/1‑116 (MQ=255) tGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAAcc < 4:26537/116‑1 (MQ=255) tGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGc > 1:82493/1‑149 (MQ=255) ccAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATg < 4:188689/140‑1 (MQ=255) ccAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATg > 3:188689/1‑140 (MQ=255) ccAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTtgc > 2:39088/1‑149 (MQ=255) cAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTtgct < 4:250827/149‑1 (MQ=255) cgtCCAGCAGCGGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTTGCTGCaa > 1:140304/3‑148 (MQ=255) cgtCCAGCAGCGGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTTGCTGCaa < 2:145285/146‑1 (MQ=255) cgtCCAGCAGCGGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTTGCTGCaa < 2:140304/146‑1 (MQ=255) cgtCCAGCAGCGGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTTGCTGCaa > 1:145285/3‑148 (MQ=255) | TCGAGTCGCTGCCGGCGCCTTCCGCGGTGGCCGAGGCATTGGGCCTGGCAGGGGAGGCAGAAGTGATCCGCATCATTCGCACACGTCTGCTCGGCGCCCAGCCGGTGCTGGCCGAAGAAATCTGGCTGCCGCGCCAAACCTTCCAGCCGCTGCTGGACGTGGATCTGAACAGCGAGGGCCCGCTGCTGTACCCGATCTACGAAGCGCTGTGCGGTCAGGTGGTCGCCTACGCCGAAGAAACCCTGACCGCCGAAGCGGTCGACGCGGTGCATGGCCGCTTGCTGCAA > NC_002947/1892078‑1892364 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |