| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,039,014 | C→T | 12.3% | D156N (GAC→AAC) | rffE ← | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,039,014 | 0 | C | T | 12.3% | 166.0 / 11.8 | 65 | D156N (GAC→AAC) | rffE | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/31); new base T (4/4); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.39e-02 | |||||||||||
CTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAGCCG > NC_002947/2038870‑2039160 | gtGCCAGTTATCTTAAGTTGCTGGCGAAACGGGACTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCATCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc < 7:183172/148‑1 (MQ=255)cTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc < 8:296128/149‑1 (MQ=255)cTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc > 7:296128/1‑149 (MQ=255) tGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc > 6:138504/1‑148 (MQ=255) ccAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAg < 1:139368/149‑1 (MQ=255) cAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCGACAACCTGTTGCGCGaag < 6:92051/149‑3 (MQ=255) aGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGt < 2:35232/149‑1 (MQ=255) cTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGt < 4:17895/149‑1 (MQ=255) tGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTg > 6:290738/1‑149 (MQ=255) tGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTg > 3:46361/1‑149 (MQ=255) gAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTgg > 1:281742/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTg < 5:186584/147‑1 (MQ=255) aaGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTCTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTTGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGt < 7:46032/146‑1 (MQ=255) ggctggcGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGgcgc > 1:147974/1‑148 (MQ=255) 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cACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCTGTGGGCGCGATGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCcttctt > 2:139217/1‑149 (MQ=255) cACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCcttctt < 2:294781/149‑1 (MQ=255) cACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCcttctt > 2:140170/1‑149 (MQ=255) aCCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCttcttc > 6:228776/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCgg > 5:228678/1‑149 (MQ=255) cAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCggg < 4:46361/147‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAg < 2:310471/149‑1 (MQ=255) aGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGt < 5:138504/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTg < 2:147974/149‑1 (MQ=255) cGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGaa < 5:228776/149‑1 (MQ=255) aTCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCg > 2:283301/1‑132 (MQ=255) aTCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCg < 1:283301/132‑1 (MQ=255) tgtTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCTGCGCGTCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGttgttg < 5:277304/149‑1 (MQ=255) tgtTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGttgttg < 5:290738/149‑1 (MQ=255) tgtTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGttgttg < 2:319545/149‑1 (MQ=255) tgtTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCCGGCCAGGGTGAATACAGGttgttg < 7:48249/149‑1 (MQ=255) ttACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGt > 1:300054/1‑149 (MQ=255) ccGGT‑GTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTgcg > 2:212811/1‑148 (MQ=255) cGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTgcg > 3:246391/1‑148 (MQ=255) gtgAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGcc > 6:333993/1‑149 (MQ=255) tgAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGAGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTAGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCg > 8:131919/1‑149 (MQ=255) gAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCgg > 7:268891/1‑149 (MQ=255) aaGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGc < 2:114638/149‑1 (MQ=255) aaGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTGCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGc > 5:41669/1‑149 (MQ=255) gttgtgCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGGGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCtt < 7:122531/147‑1 (MQ=255) gcgcCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACa > 6:89100/1‑149 (MQ=255) 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acctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAg < 1:303455/104‑1 (MQ=255) acctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAg > 2:303455/4‑107 (MQ=255) ctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGAttt > 1:63821/2‑149 (MQ=255) gcgcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCt < 5:333993/149‑1 (MQ=255) gcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTgg < 5:83421/149‑1 (MQ=255) cAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTgg > 4:125795/1‑148 (MQ=255) aacctGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGgtagta < 2:63821/145‑1 (MQ=255) gTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAgccg > 8:222652/1‑149 (MQ=255) | CTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGCCAGGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTAGTAAGCCG > NC_002947/2038870‑2039160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |