| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,183,823 | G→C | 7.4% | intergenic (+54/‑120) | PP_5489 → / → PP_5490 | hypothetical protein/site‑specific DNA recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,183,823 | 0 | G | C | 7.4% | 200.1 / 4.6 | 64 | intergenic (+54/‑120) | PP_5489/PP_5490 | hypothetical protein/site‑specific DNA recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/29); new base C (3/2); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
TGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGA > NC_002947/2183676‑2183970 | tGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAg > 2:167724/1‑148 (MQ=255) aaGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCt > 5:103011/1‑149 (MQ=255) aaGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCAACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCt > 8:53783/1‑149 (MQ=255) 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gTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTg < 6:162767/149‑1 (MQ=255) gCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTc > 3:39779/1‑149 (MQ=255) ccTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAATATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCTCATAAGTCTTAAGGTATTCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTTCTGTGTTCGGGTTGTc < 8:65625/148‑1 (MQ=255) ccTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCg > 3:322199/1‑149 (MQ=255) atatCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATaa < 4:39779/149‑1 (MQ=255) tatCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAg > 6:26333/1‑149 (MQ=255) tCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGtt > 5:98942/1‑149 (MQ=255) ctactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGCTACGTCAGGATCTATGTTTACAAACTGTCGCATAACTCTTAAGTTATGAGACAGCCCAAACTCTCGTTATTTTGCTCGGTTAGGGTTGTCGCATAAGTTTg > 4:237861/1‑148 (MQ=255) tactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 5:166011/1‑149 (MQ=255) tactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 8:236095/1‑149 (MQ=255) 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3:123656/149‑1 (MQ=255) | TGAAGTATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGA > NC_002947/2183676‑2183970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |