| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,183,828 | A→G | 6.8% | intergenic (+59/‑115) | PP_5489 → / → PP_5490 | hypothetical protein/site‑specific DNA recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,183,828 | 0 | A | G | 6.8% | 165.3 / 2.6 | 59 | intergenic (+59/‑115) | PP_5489/PP_5490 | hypothetical protein/site‑specific DNA recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/27); new base G (2/2); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
TATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGA > NC_002947/2183681‑2183970 | tATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTaa < 8:154038/149‑1 (MQ=255) aTTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTaa < 3:3723/148‑1 (MQ=255) tttGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAg < 1:167724/148‑1 (MQ=255) tgaGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATg < 7:99312/148‑1 (MQ=255) cctcgGCTGTCGCTCTCCTTGATTGAGTTGCTTGACTTCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAAATGATCAAAATTGGTTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACa < 6:256889/146‑1 (MQ=255) ccGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGa > 5:162767/1‑147 (MQ=255) ccGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGCTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGa > 1:278548/1‑147 (MQ=255) cgGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACAgtt < 3:12041/149‑3 (MQ=255) cTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTGAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCg > 1:276862/1‑148 (MQ=255) tcgctcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAtct < 6:103011/149‑1 (MQ=255) tcgctcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAtc < 8:282032/148‑1 (MQ=255) tcgctcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAt < 1:95265/147‑1 (MQ=255) gctcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCTATTGATCATAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAAGTGTCGGATAAGTCTTATGTTATGCGACAGCCCGAtctct > 8:160364/1‑149 (MQ=255) gctcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAATATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAtctct < 8:184750/149‑1 (MQ=255) ctcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGAtctctc > 6:61262/1‑149 (MQ=255) tcgcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCg > 5:86008/1‑149 (MQ=255) gcCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGt > 5:2133/1‑148 (MQ=255) agtgagtTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGAtttt < 6:2133/148‑1 (MQ=255) gtTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTggg > 4:310806/1‑149 (MQ=255) gtTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTggg > 1:112838/1‑149 (MQ=255) gCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCt < 6:68461/143‑1 (MQ=255) gCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCt > 5:68461/1‑143 (MQ=255) cTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCg < 5:61262/149‑1 (MQ=255) gAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCgg < 2:112838/147‑1 (MQ=255) gTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTg < 6:162767/149‑1 (MQ=255) gCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTc > 3:39779/1‑149 (MQ=255) ccTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAATATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCTCATAAGTCTTAAGGTATTCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTTCTGTGTTCGGGTTGTc < 8:65625/148‑1 (MQ=255) ccTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCg > 3:322199/1‑149 (MQ=255) atatCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATaa < 4:39779/149‑1 (MQ=255) tatCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAg > 6:26333/1‑149 (MQ=255) tCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGtt > 5:98942/1‑149 (MQ=255) ctactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGCTACGTCAGGATCTATGTTTACAAACTGTCGCATAACTCTTAAGTTATGAGACAGCCCAAACTCTCGTTATTTTGCTCGGTTAGGGTTGTCGCATAAGTTTg > 4:237861/1‑148 (MQ=255) tactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 5:166011/1‑149 (MQ=255) tactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 8:236095/1‑149 (MQ=255) aCTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCaaa > 3:322568/1‑149 (MQ=255) acCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAAtggtg < 2:276862/149‑1 (MQ=255) cttACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAAtggtgg < 1:332226/147‑1 (MQ=255) cTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAAtggtgg > 3:122607/1‑148 (MQ=255) tACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTa > 5:139398/1‑149 (MQ=255) tACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTa > 5:44976/1‑149 (MQ=255) aCAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCTTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTAt > 5:14209/1‑149 (MQ=255) cAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTa < 4:322199/147‑1 (MQ=255) aaTTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTaaaa < 3:310806/149‑1 (MQ=255) aTCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTg > 4:314635/1‑96 (MQ=255) aTCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTg < 3:314635/96‑1 (MQ=255) tCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATa > 4:123656/1‑148 (MQ=255) cAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATaaa > 6:339051/1‑149 (MQ=255) aaaaTTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAAc < 6:139398/149‑1 (MQ=255) aaaTTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAAcg < 4:122607/149‑1 (MQ=255) aaTTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAAcgc < 6:44976/149‑1 (MQ=255) aaTTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAAcgc < 2:278548/149‑1 (MQ=255) ttGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGa > 3:137235/1‑149 (MQ=255) ttGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGa < 5:26333/149‑1 (MQ=255) aGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACaaaa < 6:98942/149‑1 (MQ=255) gTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGTTGGTATCATAAAAAGAATAAACGCAACAAAAAAgcc > 7:58827/1‑146 (MQ=255) tACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGcac < 6:86008/149‑1 (MQ=255) ttACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTg < 7:53783/148‑1 (MQ=255) gcTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGc > 8:129196/2‑149 (MQ=255) gcTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGc > 5:240414/2‑149 (MQ=255) tGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGa > 2:64796/1‑112 (MQ=255) aGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGa < 3:123656/149‑1 (MQ=255) | TATTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGA > NC_002947/2183681‑2183970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |