| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,183,830 | G→C | 6.9% | intergenic (+61/‑113) | PP_5489 → / → PP_5490 | hypothetical protein/site‑specific DNA recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,183,830 | 0 | G | C | 6.9% | 182.3 / 4.2 | 58 | intergenic (+61/‑113) | PP_5489/PP_5490 | hypothetical protein/site‑specific DNA recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/26); new base C (2/2); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
TTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGA > NC_002947/2183683‑2183978 | tttGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAg < 1:167724/148‑1 (MQ=255) tgaGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATg < 7:99312/148‑1 (MQ=255) cctcgGCTGTCGCTCTCCTTGATTGAGTTGCTTGACTTCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAAATGATCAAAATTGGTTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACa < 6:256889/146‑1 (MQ=255) ccGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGa 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ctactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGCTACGTCAGGATCTATGTTTACAAACTGTCGCATAACTCTTAAGTTATGAGACAGCCCAAACTCTCGTTATTTTGCTCGGTTAGGGTTGTCGCATAAGTTTg > 4:237861/1‑148 (MQ=255) tactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 5:166011/1‑149 (MQ=255) tactGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 8:236095/1‑149 (MQ=255) aCTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCaaa > 3:322568/1‑149 (MQ=255) acCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAAtggtg < 2:276862/149‑1 (MQ=255) 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gcTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGc > 8:129196/2‑149 (MQ=255) gcTGTCGCATAACTTAAGACTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGc > 5:240414/2‑149 (MQ=255) tGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGa > 2:64796/1‑112 (MQ=255) aGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGa < 3:123656/149‑1 (MQ=255) gTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGa > 5:306342/1‑149 (MQ=255) | TTTGATGAGCCGCGGCTGTCGCTCGCCTTGAGTGAGTTGCTTGAGTGCCTGAATATCACTACTGACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGA > NC_002947/2183683‑2183978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |