Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,238,142 | A→T | 8.0% | F148I (TTC→ATC) | PP_1975 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,238,142 | 0 | A | T | 8.0% | 143.3 / 2.3 | 50 | F148I (TTC→ATC) | PP_1975 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/26); new base T (2/2); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
TTCTTCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCACAG > NC_002947/2237994‑2238286 | ttcttcTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGACCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCAAGTTCTCGGTCAGCCAGCAGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGAGGTCATGGCGaa > 2:111047/1‑149 (MQ=255) cAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGc > 7:25718/1‑148 (MQ=255) gCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATg > 6:97649/1‑149 (MQ=255) gCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATg > 2:200155/1‑149 (MQ=255) cccGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGATGTTCGCCATga < 7:63425/149‑2 (MQ=255) ccGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGATGTTCGCCATga > 8:63425/1‑147 (MQ=255) ccGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGACCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGcc > 7:209984/1‑149 (MQ=255) aGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCgg > 5:199323/1‑149 (MQ=255) ccGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCggtg < 6:44175/149‑1 (MQ=255) ccGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCggtg < 2:80609/149‑1 (MQ=255) aTCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGATCATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTc < 1:27611/149‑1 (MQ=255) ttAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCggg > 1:306665/1‑148 (MQ=255) ggCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTg < 2:174504/149‑1 (MQ=255) gaaaggTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCCGTCAGACAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCCGTGGTGATCGGGCAGCTTGa > 2:341312/5‑149 (MQ=255) ccGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGAt > 5:78936/1‑148 (MQ=255) gTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGc < 1:100660/149‑1 (MQ=255) tAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTTGGTCCGATGGAGGGTGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAgg < 6:341827/148‑1 (MQ=255) tAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAgg < 2:219529/148‑1 (MQ=255) gaagaTGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGc > 5:294843/1‑147 (MQ=255) gaTGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCg < 1:200155/149‑1 (MQ=255) gaTGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCg < 3:43963/149‑1 (MQ=255) aTGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCgg < 5:330132/149‑1 (MQ=255) ttCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGAt > 6:217445/1‑147 (MQ=255) ccAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAgcg > 3:106398/1‑149 (MQ=255) cAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAgcgc < 2:306665/149‑1 (MQ=255) gCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGGCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAgcgcgc < 6:339850/149‑1 (MQ=255) cccAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTg > 4:199966/1‑125 (MQ=255) cccAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTg < 3:199966/125‑1 (MQ=255) cccAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCa > 2:8728/1‑149 (MQ=255) ccAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCAc > 1:34324/1‑149 (MQ=255) ttCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGt > 5:81109/1‑149 (MQ=255) ctcGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTg < 6:199323/148‑1 (MQ=255) ggTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGaaa < 6:294843/148‑1 (MQ=255) ggTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAAc < 5:97649/149‑1 (MQ=255) cagccGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTTCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCaa < 8:209984/149‑1 (MQ=255) 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gtCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATc < 1:295013/149‑1 (MQ=255) cGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGTTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATg < 5:185351/149‑1 (MQ=255) gATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATg > 8:120538/1‑148 (MQ=255) aGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGTTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCAAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGTAACAGGATCATGCTCTcc < 1:341312/149‑1 (MQ=255) ggCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGt < 5:217445/149‑1 (MQ=255) cAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTc < 6:81109/149‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTTATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCGACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAg < 7:120538/149‑1 (MQ=255) aaGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAg < 4:302770/149‑1 (MQ=255) cGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATc < 1:8728/149‑1 (MQ=255) gcATGGCGATGTTCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAg > 4:206682/2‑149 (MQ=255) gCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCAcag > 2:6425/1‑149 (MQ=255) | TTCTTCTCAAGCCCGTATAACAAGCCGGCGATCATTAGCAGGCCCGGTGGGATATTGATGTAGAAGATGTATTCCCAGCCCCAGTTCTCGGTCAGCCAGCCGCCCAGGGTGGGTCCGATGGAGGGGGCAAAAGTGGCGGTCATGGCGAACATCGCCATGCCTTTGGCGCGGTGGTGCTCGGGCAGCTTGATCAGCGTCAGGGTGAAGGCCAGCGGGATCAGCGCGCCACCGGTGAAACCCTGCAAGGCACGGAACAGGATCATGCTCTCCAGGTTCCAGGCCATCGAGCACAG > NC_002947/2237994‑2238286 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |