Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,265,674 | G→T | 10.0% | R245L (CGC→CTC) | folC → | bifunctional folypolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,265,674 | 0 | G | T | 10.0% | 146.1 / 7.2 | 50 | R245L (CGC→CTC) | folC | bifunctional folypolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/27); new base T (3/2); total (21/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 |
ATCTGGATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGTCTCGACCTCCGTAATGT > NC_002947/2265527‑2265821 | aTCTGGATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTgcgc > 4:20651/1‑149 (MQ=255) tCTGGATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTgcgc < 8:313203/148‑1 (MQ=255) tGGATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGAc > 7:96233/1‑149 (MQ=255) gATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACACGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGa < 5:197896/146‑1 (MQ=255) gATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCt < 1:170549/149‑1 (MQ=255) aTCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGCGCAGCTCGACCTg < 2:86052/149‑1 (MQ=255) aTCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTg < 7:194731/149‑1 (MQ=255) aTCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTg > 1:68009/1‑149 (MQ=255) ccGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACCGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGcc > 4:55288/1‑149 (MQ=255) gCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGCGCAGCTCGACCTGcgca < 6:313502/149‑4 (MQ=255) cTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGc < 1:136881/148‑1 (MQ=255) gACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGccc < 4:127380/147‑1 (MQ=255) gACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCAt > 3:29211/1‑149 (MQ=255) cAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATg > 1:246297/1‑148 (MQ=255) ccgccgAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAAc < 2:68009/149‑1 (MQ=255) cgccgAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACg > 4:262508/1‑149 (MQ=255) cgccgAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACg > 4:124711/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTgg < 8:96233/148‑1 (MQ=255) gcCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGc < 2:245018/149‑1 (MQ=255) aCTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAgg < 2:224599/149‑1 (MQ=255) aCTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGAGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAgg > 5:241226/1‑149 (MQ=255) tGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCt > 5:223239/1‑149 (MQ=255) ttCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCttt < 1:6861/149‑1 (MQ=255) tCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCt < 6:281467/133‑1 (MQ=255) tCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCt > 5:281467/1‑133 (MQ=255) tCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTc > 7:219245/1‑149 (MQ=255) cTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCGTTCct > 8:214085/1‑149 (MQ=255) tGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCctg > 7:97829/1‑149 (MQ=255) cgcgGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCctg < 7:148513/147‑1 (MQ=255) tCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATgg < 3:20651/149‑1 (MQ=255) gggAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATgggg < 8:97829/149‑1 (MQ=255) ttCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGcc > 5:58136/1‑120 (MQ=255) ttCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGcc < 6:58136/120‑1 (MQ=255) caCCGGGCCAGGGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGGGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCGTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTg < 3:169182/148‑1 (MQ=255) cAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACgcgg < 3:262508/149‑1 (MQ=255) ccGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCaa < 6:241226/149‑1 (MQ=255) ctgctgGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCTCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGcc < 8:59690/149‑1 (MQ=255) ctgGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAg < 4:282044/148‑1 (MQ=255) tgGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGgc > 4:252021/1‑149 (MQ=255) gAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGgcgc < 5:29479/149‑1 (MQ=255) gAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGgcgc > 6:29479/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCACCAGGCgctg < 4:29211/149‑1 (MQ=255) cGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGa < 2:246297/149‑1 (MQ=255) gTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATAc < 8:219245/148‑1 (MQ=255) gCCGCTGATCGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTCCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCATTCCTGCTGATGGGGCTGCCGAGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGAGCTGCAGGATACCCGTAt > 2:256690/1‑149 (MQ=255) ccGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCGACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCGTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTAt < 1:256690/148‑1 (MQ=255) tGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGc < 3:55288/149‑1 (MQ=255) gcaaaggcAGGTCGCGCAGCTCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGgc > 2:62554/7‑123 (MQ=255) aaggcAGGTCGCGCAGCTCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGtc > 1:214745/4‑149 (MQ=255) aggcAGGTCGCGCAGCTCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGtct > 7:221969/3‑149 (MQ=255) cgcAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGtctc < 3:124711/149‑1 (MQ=255) tGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGTCTCGACCTCCGTAAt > 8:228710/1‑149 (MQ=255) cgcgACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGTCTCGACCTCCGTAAtgt < 3:252021/149‑1 (MQ=255) gcgACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGTCTCGACCTCCGTaa < 1:182484/145‑1 (MQ=255) gcgACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGTCTCGACCTCCGTaa > 2:182484/1‑145 (MQ=255) | ATCTGGATCCGCCCGGGCCGTTGCTGGACAAGGCCGCCGAACTGGCCGCGCCACTGTTCCTGCGCGGTCGGGAATTCGACCTGGCCAGTGCCGAAGGCTGCTGGAGCTGGCGTGGTACTGCCGCTGATGGTGCGCAGGTCGAGCTGCGCGACCTGCCTTTGCTGGACCTGCCCATGGAAAACGCCACGCTGGCCTTGCAGGCTTTCCTGCTGATGGGGCTGCCGTGGAACGCGGCGCAAGTCCGCCAGGCGCTGCTGGATACCCGTATCACTGGGCGTCTCGACCTCCGTAATGT > NC_002947/2265527‑2265821 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |