Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 211,621 | G→C | 6.8% | V5709V (GTG→GTC) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 211,621 | 0 | G | C | 6.8% | 175.8 / 4.5 | 59 | V5709V (GTG→GTC) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/31); new base C (2/2); total (26/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 |
CGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTAC > NC_002947/211474‑211761 | cgCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGa < 7:42697/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTCAc < 2:44984/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACCGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGAc < 5:184687/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGAcc < 6:102090/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGAcc > 8:96528/1‑148 (MQ=255) ggCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCg > 8:184918/1‑148 (MQ=255) aGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAggt > 8:102578/1‑149 (MQ=255) aGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAggt > 6:329834/1‑149 (MQ=255) tCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAggtggt < 1:12313/149‑1 (MQ=255) tCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAggtggt < 7:146632/149‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGTTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGATCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGgtggtg < 8:296451/148‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTga < 1:38602/149‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTCACCGAAggcgtcg < 8:171803/148‑6 (MQ=255) ccTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAggtggt > 5:237866/1‑145 (MQ=255) aTCAACTCGGAGGTGGAAGCCACTGGTGAGAACTTCGAGAACCTCGAGCTTGGCGGTGCGGATTCGGTTCA‑AGTGAACGATACAACCGACGAAGTGTTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGAACGAAGGTGGTGAGATAACCTa > 6:153172/1‑149 (MQ=255) aaCTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTacac > 4:159326/1‑149 (MQ=255) ccACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACcaac < 6:344670/149‑1 (MQ=255) gggCGACCTTCGCTAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCAACACCATCACCCTGACCAACAAAg < 6:237866/145‑1 (MQ=255) cGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGt < 1:171629/149‑1 (MQ=255) gACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCAGAGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGCCCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATgg > 1:65255/1‑148 (MQ=255) ccTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATg < 6:281151/144‑1 (MQ=255) ccTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATg > 5:281151/1‑144 (MQ=255) cTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGc > 7:316076/1‑149 (MQ=255) tCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGcc > 5:106877/1‑148 (MQ=255) gaACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATc > 4:273109/1‑148 (MQ=255) ccTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATcaaca < 1:177011/149‑1 (MQ=255) cTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATcaacaa > 5:198723/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACcaca < 2:251815/149‑1 (MQ=255) gggCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTg > 2:18913/1‑149 (MQ=255) ggCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGt < 6:272229/147‑1 (MQ=255) cGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGATCTGCCGATCAACAACCACAGTGCAt < 5:329834/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATTACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCAtt < 1:74314/149‑1 (MQ=255) cGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGAcc < 3:159326/149‑1 (MQ=255) cGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGAc < 1:18913/148‑1 (MQ=255) cGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGAc < 5:260595/148‑1 (MQ=255) cGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGAc < 7:96528/148‑1 (MQ=255) gCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCtt < 6:262942/149‑1 (MQ=255) ttCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGAt > 1:290355/1‑123 (MQ=255) ttCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGAt < 2:290355/123‑1 (MQ=255) gTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCt < 2:65255/149‑1 (MQ=255) a‑aGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACACTGAGc > 5:296604/1‑149 (MQ=255) accaccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGa < 2:91184/136‑1 (MQ=255) accaccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGa > 1:91184/1‑136 (MQ=255) caccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCg > 6:306518/1‑149 (MQ=255) ccGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGt > 2:254496/1‑148 (MQ=255) cgacgaAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGtc > 3:248879/1‑148 (MQ=255) aGTGGTGGCCAAGCTGACAGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACAACATCACACTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACACTGAGCGACGGCAAAACAGTCATCACCg > 2:114513/1‑149 (MQ=14) tggCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCATCATCACCGTGCCg > 2:264334/1‑149 (MQ=255) gCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGc > 1:328154/1‑149 (MQ=255) aGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAATGTGGTTAGATCACCTACACCATCACCCTGAACAACAAAGATTGTCTGCCGATCAACAACCACAGAGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCAACGTGCCGGCTAAt < 5:153172/149‑1 (MQ=14) aGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAAt < 8:316076/149‑1 (MQ=255) aCCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACTTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCAc < 1:254496/149‑1 (MQ=255) cgACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTg < 7:102578/149‑1 (MQ=255) caccaccTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTg > 4:154827/6‑149 (MQ=255) gACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGttg < 6:296604/149‑3 (MQ=255) gACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTgg < 5:306518/149‑1 (MQ=255) accaccTTCGGTCACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTgg > 8:104104/5‑149 (MQ=255) accaccTTCGGTCACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAACATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTgg > 5:240916/5‑149 (MQ=255) ccTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTAc < 4:154345/149‑1 (MQ=255) | CGCTGGCCAGATCAGCCTGGGCATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCGGCTTCGGTTCA‑AGTGACCGATACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACGCCTTCGGTGACCGAAGGTGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGATGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTAC > NC_002947/211474‑211761 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |