Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,799,186 | C→T | 14.6% | intergenic (‑200/+16) | PP_2452 ← / ← ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,799,186 | 0 | C | T | 14.6% | 112.0 / 10.1 | 48 | intergenic (‑200/+16) | PP_2452/ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/24); new base T (5/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.28e-01 |
ATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCATCCGGCTGT > NC_002947/2799039‑2799334 | aTTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGccc > 5:267615/1‑149 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGGGCCGGTGCGCCGGCTCTGa < 5:18077/148‑1 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAg > 8:34153/1‑149 (MQ=255) cAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAgg < 7:34153/149‑1 (MQ=255) cAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAgg > 2:5691/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAggg > 7:242067/1‑149 (MQ=255) aCAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACATCTGTGTCTACGC‑GGTTCACCTTATGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAgggg > 1:284128/1‑149 (MQ=255) aGCTTGTGAGTAGAAAACCAGCGTGGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGGCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGa < 4:234828/149‑1 (MQ=255) 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aaaGGTAAACGATGTAGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTc > 8:78840/1‑149 (MQ=255) gTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTgg < 4:58283/149‑1 (MQ=255) gTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTgg < 4:65774/149‑1 (MQ=255) gTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTgg > 3:200191/1‑149 (MQ=255) gTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTgg > 3:303977/1‑149 (MQ=255) 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cgc‑gGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGc < 4:200191/148‑1 (MQ=255) gc‑gGTTGAGGAATTGGCACCGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCgg < 7:78840/149‑1 (MQ=255) gAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTACTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAg > 4:212249/1‑149 (MQ=255) ggAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTACTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAgg < 3:212249/148‑1 (MQ=255) ggCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGa < 5:315430/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCATc < 6:267615/149‑1 (MQ=255) ccTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCATCCGGCTGt > 3:232702/1‑149 (MQ=255) | ATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGC‑GGTTGAGGAATTGGCAACGAGGCCCTCAGAGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTCATCCGGCTGT > NC_002947/2799039‑2799334 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |