Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,820,597 | C→T | 13.8% | intergenic (+398/+114) | PP_2473 → / ← PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,820,597 | 0 | C | T | 13.8% | 144.7 / 12.2 | 58 | intergenic (+398/+114) | PP_2473/PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/24); new base T (5/3); total (31/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 |
GTTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGT > NC_002947/2820449‑2820742 | gtTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAATTTTCTCCTCGTGGGTGAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAAACCGGGTc > 1:50971/1‑149 (MQ=255) aGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCgg < 8:120769/149‑1 (MQ=255) aGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCg < 4:160276/148‑1 (MQ=255) ggATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGt < 8:192767/149‑1 (MQ=255) ggATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGt > 4:286545/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCTGGTCGAACCCGGGTTTTc > 2:334094/1‑149 (MQ=255) cccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGttttt < 8:146564/148‑2 (MQ=255) cccAGGCGTTAGTTCGAAAGTGTCTCCTCTTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAATCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCg < 1:292306/149‑1 (MQ=255) ccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGtttt < 2:216275/146‑1 (MQ=255) ccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGtttt > 1:216275/1‑146 (MQ=255) ccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCgg > 1:192702/1‑149 (MQ=255) gggTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGa < 3:286545/149‑1 (MQ=255) ttCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTc > 3:176442/1‑149 (MQ=255) cGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGTGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCg < 4:176442/148‑1 (MQ=255) aGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGa < 7:142415/149‑1 (MQ=255) ctcGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCtttt > 1:272580/1‑149 (MQ=255) gTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTggg < 5:223451/149‑1 (MQ=255) tatCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGGTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTTATAAAGCATAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGa < 8:58602/148‑1 (MQ=255) tatCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGa < 2:272580/148‑1 (MQ=255) tCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGc > 1:264361/1‑148 (MQ=255) cATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCg > 7:17900/1‑116 (MQ=255) cATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCg < 8:17900/116‑1 (MQ=255) cATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGT‑AAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGCTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAAtgc > 1:113606/1‑149 (MQ=255) aTGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAAtgc > 2:30854/1‑149 (MQ=255) ggtggtCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGctct < 2:50971/149‑1 (MQ=255) gtggtCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTg < 4:2495/99‑1 (MQ=255) gtggtCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTg > 3:2495/1‑99 (MQ=255) gtggtCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCtctc < 2:192702/149‑1 (MQ=255) tAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTgg > 7:99455/1‑149 (MQ=255) aGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTc > 2:35964/1‑149 (MQ=255) aGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTc > 1:177931/1‑149 (MQ=255) tATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTCGTTTCTTGGAGGc > 2:187941/1‑149 (MQ=255) gctgATATAGAGAAAGTGGGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCttttttt < 1:187941/148‑1 (MQ=255) gctgATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGc < 1:334094/149‑1 (MQ=255) ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGc > 1:312054/1‑148 (MQ=255) gagaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGCACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAgg > 3:260216/1‑149 (MQ=255) gagaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAgg > 3:264750/1‑149 (MQ=255) aaaGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGa < 4:166587/125‑1 (MQ=255) aaaGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGa > 3:166587/1‑125 (MQ=255) tGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAAtt < 1:35964/149‑1 (MQ=255) tGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAAtt < 2:264361/149‑1 (MQ=255) tCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCa < 2:177931/149‑1 (MQ=255) tCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCa > 2:144631/1‑149 (MQ=255) aaaaaGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCtata > 8:234025/1‑149 (MQ=255) tcaaccgaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTTGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTatat > 3:34408/8‑149 (MQ=255) aaccgaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATc > 1:112047/6‑148 (MQ=255) aGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATc > 2:2679/1‑147 (MQ=255) aGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCa < 1:2679/149‑1 (MQ=255) ccgaaaaCCCGGGTTAGACCCGGGTTTTAGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTAGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGGTTAATTGGCAGCTATATACAg > 8:237425/4‑149 (MQ=255) gaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGtt < 5:225216/43‑1 (MQ=17) gaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGtt > 6:225216/2‑44 (MQ=17) aaaaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTg > 6:15986/1‑149 (MQ=255) aaaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTATAATTGGCATCTATATCCAGTGc > 2:303856/1‑149 (MQ=255) aCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGtt < 2:13396/93‑1 (MQ=255) aCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGtt > 1:13396/1‑93 (MQ=255) ccGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTg < 4:130874/143‑1 (MQ=255) ccGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTg > 3:130874/1‑143 (MQ=255) gggTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTg < 1:144631/149‑1 (MQ=255) gTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTATTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGt > 5:178412/1‑148 (MQ=255) | GTTATTGAAGGGATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGA‑CCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTTGT > NC_002947/2820449‑2820742 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |