Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,887,559 | G→C | 9.3% | L370L (CTC→CTG) ‡ | PP_2542 ← | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,887,559 | 0 | G | C | 9.3% | 119.6 / 4.1 | 43 | L370L (CTC→CTG) ‡ | PP_2542 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/19); new base C (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 |
AGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCGCA > NC_002947/2887413‑2887701 | aGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGTGCAGGCGCTTGAg > 2:304109/1‑149 (MQ=255) cgGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTg > 4:188576/1‑149 (MQ=255) cTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCa < 8:117149/149‑1 (MQ=255) tCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAgcg < 6:82741/149‑1 (MQ=255) ggAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGccc < 5:179184/149‑1 (MQ=255) gAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCG‑CCAgc < 1:116575/144‑1 (MQ=38) gAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCG‑CCAgc > 2:116575/1‑144 (MQ=38) aaTCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGTGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGt < 1:304109/149‑1 (MQ=255) aaTCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGt < 3:188576/149‑1 (MQ=255) gATGGCGGGTCCCGTTGTACATGCCTTCATCCGCTGCGGTGAACATTTCAAAGCCCAGGCGATGCTGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCTGGCGCTGGCGCTGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATc < 5:329006/149‑1 (MQ=255) tGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATcgc > 6:133389/1‑149 (MQ=255) cAGATGTACTTGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATacac < 5:161400/149‑1 (MQ=255) aGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCCGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGCTCGCCGCATacac > 2:314999/1‑148 (MQ=255) tACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCAcgcg > 1:122026/1‑149 (MQ=255) aCATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACgcgc > 6:313619/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTc < 5:313619/149‑1 (MQ=255) aTGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATAGCCGCATACACCACGCGCTc > 5:204804/1‑149 (MQ=255) gCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCa > 3:240258/1‑149 (MQ=255) ccGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCAAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCCACGCATACACCACGCTCTACATCACCTGc > 8:195231/1‑149 (MQ=255) gttttCGGTTAACATTTCAACGCCCAGTCGTTGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGGTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGc < 7:195231/145‑1 (MQ=255) gATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGc > 4:220775/1‑147 (MQ=255) atttCAACGCCCCGTGGATGCTGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCGTGGGCCTGGGGCTGGGGCCGGGGGTTTAGGTGCTGGCG‑CCTGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGc < 8:92227/146‑1 (MQ=255) aTTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGc > 7:92227/1‑147 (MQ=255) aTTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCt > 7:138687/1‑149 (MQ=255) aaaGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAg < 3:220775/148‑1 (MQ=255) cccAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTgcg‑c > 2:191372/1‑78 (MQ=255) cccAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCCCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTgcg‑c < 1:191372/78‑1 (MQ=255) cAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCt > 3:24954/1‑149 (MQ=255) tctaTGCATAGGCCGGCAAATTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGGTGGCGCTGGCGGTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTc < 8:138687/145‑1 (MQ=255) tGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAg < 4:24954/146‑1 (MQ=255) ggCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGtttt > 1:58906/1‑149 (MQ=255) gCCATCTTCCTGATGCGCCTGGGCCAGGCGCTGGCTCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CAAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGttttt < 4:240258/149‑1 (MQ=255) ccAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAg > 8:150144/1‑108 (MQ=255) ccAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAg < 7:150144/108‑1 (MQ=255) caaaCTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCGGGCGCTTGCGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTg < 3:276159/147‑1 (MQ=255) cTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATc < 5:133389/149‑1 (MQ=255) gcCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGtt < 2:58906/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGGCGCTGGCGCACGCGCTTGACGTGCTTGCG‑CAAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACAACACGCGCTCCATAACCTCCGAGGTTGACACGCCTGACCGCATCTTCAGGTGCAAAAGTTTTTGCATAAGTTAGGCGTTgt > 2:300168/1‑148 (MQ=255) tCGGCCAGGCGCTCGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCGGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGc > 7:123450/1‑149 (MQ=255) cggCGCGGGCGCTGGCGCTTGTGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTg < 2:184723/140‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTg > 1:184723/1‑141 (MQ=255) gcTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCGTCCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTcc > 1:21063/1‑69 (MQ=12) gcTGGCGCAAGCACCTCAAGCGCCTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTcc < 2:21063/68‑1 (MQ=17) gAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCg > 1:88066/1‑62 (MQ=255) gAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCg < 2:88066/62‑1 (MQ=255) gAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCGCa > 2:193316/1‑143 (MQ=255) gAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCCGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCGCa < 1:193316/143‑1 (MQ=255) | AGCAACGCGGCACTGTCGGGAATCGCCGGATGGCGGGTCCAGATGTACATGCCTTCATCCGATTCGGTGAACAATTCAAAGCCCAGTCGATGCAGATGCCGGCCAACTTCCTGATGCGCCTCGGCCAGGCGCTGGCGCAGGCGCTTGAGGTGCTTGCG‑CCAGCGCCCGTCGATGATCGCCGCATACACCACGCGCTCCATCACCTGCGAGGTGGTCAGGCCTGAGCGCATCTTCAGGTGCAGCAGTTTTTGCATCAGTTCGGGGTTGGCCAGCATGTAGCCGACCCGCA > NC_002947/2887413‑2887701 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |