Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,024,592 | A→G | 6.9% | L69P (CTG→CCG) | PP_2640 ← | GNAT family acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,024,592 | 0 | A | G | 6.9% | 164.8 / 2.7 | 58 | L69P (CTG→CCG) | PP_2640 | GNAT family acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/22); new base G (2/2); total (33/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
AGAAGACAATGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGACTGCCTGCATGAAGGCA > NC_002947/3024447‑3024738 | agaagaCAATGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGTGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGcc > 8:11397/1‑149 (MQ=255) agaagaCAATGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGCCGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGcc > 6:19384/1‑149 (MQ=255) agaagaCAATGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGcc > 2:70177/1‑149 (MQ=255) aaTGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGa > 4:47358/1‑148 (MQ=255) aaTGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAATGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCGGCCCCGCGa > 8:252696/1‑148 (MQ=255) aaTGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAATGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCGGCCCCGCGa > 8:248231/1‑148 (MQ=255) ccTTTACCGTCACCACCTCGGTGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGcc < 7:11397/148‑1 (MQ=255) tACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTc < 6:64014/147‑1 (MQ=255) aCCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGa < 4:8616/148‑1 (MQ=255) cGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACa > 8:136906/1‑148 (MQ=255) tCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACaaaa > 6:212418/1‑149 (MQ=255) accaccTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACaaaa > 3:212858/1‑147 (MQ=255) accTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGc < 2:312704/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCa < 8:262817/149‑1 (MQ=255) cgcTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCTCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATg < 1:45347/149‑1 (MQ=255) cTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAg < 7:136906/149‑1 (MQ=255) tGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGCgg > 6:190830/1‑149 (MQ=255) aTGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGt > 5:317578/1‑149 (MQ=255) tGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTc < 5:212418/149‑1 (MQ=255) tCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCACTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCAcc > 7:128199/1‑149 (MQ=255) tGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCa > 7:36970/1‑149 (MQ=255) ttCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTc > 3:30457/1‑149 (MQ=255) catcaAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCGGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCg < 7:248231/148‑1 (MQ=255) catcaAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCGGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCg < 7:252696/148‑1 (MQ=255) catcaAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCg < 4:215959/148‑1 (MQ=255) catcaAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCg < 6:317578/148‑1 (MQ=255) atcaAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGCACTGGTCCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGATCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTAGTAACCCTCCATCCGCTCgt > 4:94959/1‑147 (MQ=255) tcaAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGc > 3:19055/1‑148 (MQ=255) aaaCGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCaaa > 5:41158/1‑149 (MQ=255) aaaCGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCACGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGTCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCTCCCTGCATGCGCTCGGCaa < 2:125641/148‑1 (MQ=255) aaCGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAAc > 1:32296/1‑149 (MQ=255) ttGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTg > 7:171886/1‑149 (MQ=255) gCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTgg < 2:62576/148‑1 (MQ=255) ccTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTgggg < 6:41158/149‑1 (MQ=255) cTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGt > 7:239935/1‑149 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGc < 8:239935/148‑1 (MQ=255) ccTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCCCCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGa > 5:188962/1‑148 (MQ=255) cGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTg > 3:231680/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTaaa < 3:293026/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTa > 7:44654/1‑147 (MQ=255) gCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCTCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAg < 8:128199/148‑1 (MQ=255) cTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGtc > 2:169599/1‑149 (MQ=255) cTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGtc > 1:253850/1‑149 (MQ=255) gTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGtctc < 4:212858/148‑1 (MQ=255) tGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGa < 2:253850/149‑1 (MQ=255) aaTGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCt > 6:202382/1‑131 (MQ=255) aaTGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCt < 5:202382/131‑1 (MQ=255) aGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTgcgc > 1:220685/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGACCAGCCCCGCTATAGCGCCTTCGACAAACCAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAgt < 4:30457/149‑1 (MQ=255) aCGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGgcg > 5:128691/1‑149 (MQ=255) ccttccttGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGAc < 8:44654/149‑1 (MQ=255) cttGAGCTCGATCCGCCCCGCGATAGCGCCTGCGACAAACCCGGCCAGCATGAGGTTGTCCCCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCGGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGActgcct < 5:190830/149‑1 (MQ=255) cttGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGActgcct > 3:263022/1‑149 (MQ=255) cTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGACTGCCTGCATg > 3:311343/1‑148 (MQ=255) cTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGACTGCCTGCATg > 1:248077/1‑148 (MQ=255) cGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTg > 7:143756/1‑84 (MQ=255) cGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTg < 8:143756/84‑1 (MQ=255) tCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGACTGCCTGCATGAAGGCa > 4:49718/1‑149 (MQ=255) | AGAAGACAATGATGCCTTTACCGTCACCACCTCGGCGCTGGCATGCTCCAGTGCGGCGTTCATCAAACGCTTGCCTATGCCCTGGCGTTGCAGGCCTGGTGCAATGAACAGCATCGCAATGTGACGGCCTTCCTTGAGCTCGATCAGCCCCGCGATAGCGCCTTCGACAAAACAGGCCAGCATGAGGTTGTCACCCTGCATGCGCTCGGCAAACGCCTGGGGTGCTGACACCTGGGTAAAGGTCTCGATACCTTGCGCCGACAGTGTGGGCGCGACTGCCTGCATGAAGGCA > NC_002947/3024447‑3024738 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |