Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,099,839 | C→T | 8.3% | G206G (GGC→GGT) | PP_2709 → | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,099,839 | 0 | C | T | 8.3% | 137.1 / 2.6 | 48 | G206G (GGC→GGT) | PP_2709 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/25); new base T (2/2); total (21/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
CGTGTGCCTGAGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGA > NC_002947/3099692‑3099987 | cGTGTGCCTGAGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGgcg < 8:197808/149‑1 (MQ=255) cGTGTGCCTGAGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGgcg < 8:203145/149‑1 (MQ=255) cGTGTGCCTGAGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTCGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGgcg < 8:197806/149‑1 (MQ=255) tgCCTGAGCGCAGAAACCCTGTTGCGTGTTGCGAATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCtt < 3:223464/148‑1 (MQ=255) ccTGAGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCNCTtgt < 7:107143/148‑1 (MQ=255) aGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGc < 7:103678/148‑1 (MQ=255) tGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTATTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGctc > 1:77983/1‑148 (MQ=255) accccTGTAGCGTGTGGAGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGAGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATc < 8:224029/147‑1 (MQ=255) gCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCgcagcag < 2:193740/148‑1 (MQ=255) ggCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTgg < 8:215095/149‑1 (MQ=255) gcgcATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTggg > 5:164158/1‑149 (MQ=255) aTGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATg > 4:45728/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAg > 1:57129/1‑149 (MQ=255) tGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCgcagca < 6:163072/130‑1 (MQ=255) gAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAaggg > 3:88603/1‑148 (MQ=255) cgccAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGc > 4:174328/1‑148 (MQ=255) gccAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAggg > 7:249013/1‑141 (MQ=255) gccAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAggg < 8:249013/141‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAg < 3:136120/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAg < 2:329635/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAgg > 1:47452/1‑149 (MQ=255) aGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGt < 4:264544/149‑1 (MQ=255) cgccCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAAGGGCAAGCCAGGTCGa < 4:88603/149‑1 (MQ=255) gccCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGAt > 6:106978/1‑149 (MQ=255) cccAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGAtt < 6:164158/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAg < 6:185627/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAg < 5:67295/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGTGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAgcg > 4:301308/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGTGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAgcg > 4:306172/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAgcg > 3:1239/1‑149 (MQ=255) cgccgcAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAgcgc < 2:57129/149‑1 (MQ=255) gCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTgg < 3:174328/149‑1 (MQ=255) ggTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGccc > 5:134409/1‑149 (MQ=255) ggTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGccc > 5:129052/1‑149 (MQ=255) ccACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAgtgg > 5:253050/1‑149 (MQ=255) ccACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCAGCAGCAGCAGTTGGGGAACGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGAGCAATCGCCCTCAgtgg > 5:134213/1‑149 (MQ=255) aCTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAgtggtg < 2:47452/149‑1 (MQ=255) cTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGTGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGa < 3:301308/148‑1 (MQ=255) cTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGTGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGa < 3:306172/148‑1 (MQ=255) tGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATc > 4:6527/1‑149 (MQ=255) tGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATc > 5:243088/1‑149 (MQ=255) aaaaCCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCtt < 5:106978/149‑1 (MQ=255) aaCCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTtgt < 6:319068/149‑1 (MQ=255) aCCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTtgtg < 6:134409/149‑1 (MQ=255) aCCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTtgtg < 6:129052/149‑1 (MQ=255) gggCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCg > 5:145123/1‑148 (MQ=255) cgccgcGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCCGCTGCTGa > 1:301571/1‑149 (MQ=255) cgccgcGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGa < 6:145123/149‑1 (MQ=255) tCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTg > 1:309936/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGTGGGGAAAGGCTGGTCGATTTCAAGCGCGTGTTGGGGGCAATCTACTTGAGTGGTGCTCAGAGGGTGTTACTTTTGCGGCATCTGCTTATGGGGTTGGt < 6:134213/149‑1 (MQ=255) aTGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTg < 7:56680/147‑1 (MQ=255) gctggcGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGa > 5:53495/1‑148 (MQ=255) ctggcGCTTGCGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACa < 4:1239/149‑1 (MQ=255) cgcTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGa < 6:253050/149‑1 (MQ=255) | CGTGTGCCTGAGCGCTGAAACCCTGTTGCGTGTGGCGCATGAGCTGGAGGCCGCCAGCCGCCCAACCGCGCCGCAGCGATATCTGGCGGTACTGCCACTGGGCGTTTTGCTGGAAAACCTGGGCGTCTACGCCGCGCTCATGGCTGGCGCTTGTGTGCAGCTCTATCCGCAGCAGCAGTTGGGGATGGGAGGGGCAAGCCAGGTCGATTTCAAGCGCCTGTTGGGCGCAATCGCCCTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGA > NC_002947/3099692‑3099987 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |